Pacbio transkriptom v plné délce

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, umožňuje přesnou identifikaci izoforem transkriptů, osvětluje alternativní polyadenylaci a sestřih a vede k přesnější analýze genové exprese. Systém BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome je navržen k analýze knihoven cDNA sekvenovaných v režimu cirkulárního konsenzuálního sekvenování (CCS) a identifikuje sekvence Full-Length Non-Chimeric (FLNC), které jsou poté seskupeny do neredundantních transkriptů. Následná analýza BUSCO hodnotí úplnost sestavení transkriptomu. Ze sestaveného transkriptomu se provádí několik analýz: alternativní sestřih, jednoduchá sekvenční repetice (SSR), predikce lncRNA a odpovídajících cílových genů, predikce nových genů, analýza genových rodin, analýza transkripčních faktorů a funkční anotace transkriptů.