Sekvenování celého genomu rostlin/živočichů
Funkce služby
De novo
Tato technika je obzvláště užitečná u náročných genomů, jako jsou ty s vysokým stupněm heterozygotnosti, repetitivními oblastmi, polypoloidními genomy, abnormálním obsahem CG atd.
Naše komplexní řešení poskytuje integrované sekvenční služby a bioinformatickou analýzu, které zajišťují vysoce kvalitní de novo sestavený genom. Počáteční genomový průzkum pomocí Illuminy poskytuje odhady velikosti a složitosti genomu a tyto informace se používají k vedení dalšího kroku sekvenování dlouhých čtecích sekvencí pomocí PacBio HiFi, po kterém následuje...de novosestavení kontigů. Následné použití HiC sestavení umožňuje ukotvení kontigů ke genomu, čímž se získá sestavení na úrovni chromozomů. Nakonec je genom anotován genovou predikcí a sekvenováním exprimovaných genů, s využitím transkriptomů s krátkými a dlouhými čtecími sekvencemi.
-- Integrace více sekvenčních a bioinformatických služeb v jednom komplexním řešeníSlužba vhodná pro začínající román
-- genomy nebo vylepšení stávajících referenčních genomů pro sledované druhy.
Resekvencování
-- Příprava knihovny může být standardní nebo bez PCR
-- K dispozici na 4 sekvenačních platformách: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 nebo PacBio Revio.
-- Bioinformatická analýza zaměřená na volání variant: SNP, InDel, SV a CNV
Výhody služby
●Rozsáhlé odborné znalosti a publikační činnostProde novoDíky našim službám jsme nashromáždili rozsáhlé zkušenosti s vysoce kvalitním sestavováním genomů různých druhů, včetně diploidních genomů a vysoce komplexních genomů polyploidních a alopolyploidních druhů. Od roku 2018 jsme přispěli k více než 300 publikacím s vysokým dopadem, z nichž více než 20 je publikováno v časopise Nature Genetics. Při resekvenování genomu jsme nashromáždili přes 1000 druhů, což vedlo k více než 1000 publikovaným případům s kumulativním impakt faktorem přes 5000.
●Řešení na jednom místě: Zapnutode novosekvenování, náš integrovaný přístup kombinuje několik technologií sekvenování a bioinformatických analýz do uceleného pracovního postupu a poskytuje vysoce kvalitní sestavený genom.
●Přizpůsobeno vašim potřebámNáš pracovní postup je přizpůsobitelný a umožňuje adaptaci na genomy s různými vlastnostmi a specifickými výzkumnými potřebami.
●Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiků a laboratorních pracovníkůAť už je to prode novoAť už se jedná o sekvenování nebo re-sekvenování, náš tým má k dispozici sadu kvalifikovaných nástrojů a znalostí, které zaručují úspěch projektu. To lze doložit řadou patentů a autorských práv k softwaru, které vyvinuli.
● Poprodejní podpora:Náš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
●Komplexní bioinformatická analýzaVčetně volání variant a anotací funkcí.
●Komplexní anotace pro sekvenováníPoužíváme více databází k funkční anotaci genů s identifikovanými variacemi a k provedení odpovídající analýzy obohacení, což nám poskytuje informace o vašich výzkumných projektech.
Specifikace služby
| Varianty k identifikaci | Strategie sekvenování | Doporučená hloubka |
| SNP a InDel | Illumina NovaSeq PE150 nebo MGI T7 | 10x |
| SV a CNV (méně přesné) | 30x | |
| SV a CNV (přesnější) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indely, SV a CNV | PacBio Revio | 10x |
Požadavky na vzorek
| Tkáňové nebo extrahované nukleové kyseliny | Illumina/MGI | Nanopóry | PacBio
| ||
| Zvířecí vnitřnosti | 0,5–1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Zvířecí svaly | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Savčí krev | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Drůbeží/rybí krev | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Rostlina - čerstvý list | 1–2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivované buňky |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Měkká tkáň hmyzu/Jedinec | 0,5–1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extrahovaná DNA
| Koncentrace: ≥ 1 ng/µl Množství: ≥ 30 ng Omezená nebo žádná degradace či kontaminace
| Koncentrace Množství
OD260/280
OD260/230
Omezená nebo žádná degradace či kontaminace
| ≥ 40 ng/µl 4 µg/průtoková cela/vzorek
1,7–2,2
≥1,5 | Koncentrace Množství
OD260/280
OD260/230
Omezená nebo žádná degradace či kontaminace | ≥ 50 ng/µl 10 µg/průtoková cela/vzorek
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| Příprava knihovny bez PCR: Koncentrace ≥ 40 ng/µl Množství ≥ 500 ng | |||||
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Extrakce DNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Doručování dat
De novobioinformatický kanál
Pokud si chcete prohlédnout přehled našich různých potrubí pro montáž:
Kompletní bioinformatická analýza, rozdělená do 4 kroků:
1. Genomový průzkum založený na analýze k-merů s využitím NGS čtení.Poskytne nám informace o:
- Odhad velikosti genomu
- Odhad heterozygotnosti
- Odhad opakujících se oblastí
2. Sestavení genomu s PacBio HiFi.Použití dlouhých textů nám dá:
- De novoshromáždění
- Posouzení sestavy: včetně analýzy BUSCO pro úplnost genomu a mapování zpětných dat NGS a PacBio HiFi
3. Sestava Hi-C.Jakmile máme sestavu, informace o 3D struktuře genomu prohloubí znalosti a obohatí referenční genom, který vytváříme.
- Kontrola kvality knihovny Hi-C pro odhad platných interakcí Hi-C.
- Hi-C sestavení. Provedeme shlukování kontigů do skupin, následně provedeme jejich uspořádání v rámci každé skupiny a přiřadíme jim jejich orientaci.
- Hodnocení Hi-C
4. Anotace genomu:
- Predikce nekódující RNA
- Identifikace repetitivní sekvence (transpozony a tandemové repetice)
- Predikce genů
- De novoalgoritmy ab initio
- Na základě homologie
- Na základě transkriptomu, s dlouhými a krátkými čteními: čtení jsoude novosestaveno nebo namapováno na návrh genomu
- Anotace predikovaných genů s využitím více databází
Opětovné sekvenováníbioinformatický kanál
Zahrnuje následující analýzu:
- Kontrola kvality nezpracovaných dat
- Statistiky zarovnání s referenčním genomem
- Identifikace variant: SNP, InDel, SV a CNV
- Funkční anotace variant
Statistika zarovnání s referenčním genomem – distribuce hloubky sekvenování
Volání SNP mezi více vzorky
Identifikace InDel – statistiky délky InDel v oblasti CDS a v oblasti celého genomu
Distribuce variant v genomu – Circosův graf
Funkční anotace genů s identifikovanými variantami – Genová ontologie
Chai, Q. a kol. (2023) „Glutathion-S-transferáza GhTT19 určuje pigmentaci květních okvětních lístků regulací akumulace antokyanů v bavlně“,Časopis o rostlinné biotechnologii, 21(2), str. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. a kol. (2023) „Genom divoké Hevea brasiliensis na úrovni chromozomů poskytuje nové nástroje pro genomicky asistované šlechtění a cenné lokusy pro zvýšení výtěžnosti kaučukovníku“,Časopis o rostlinné biotechnologii, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. a kol. (2021) „Genomové sekvence odhalují globální cesty šíření a naznačují konvergentní genetické adaptace v evoluci mořských koníků“,Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. a kol. (2023) „Rozsáhlé chromozomální změny vedou ke změnám v expresi na úrovni genomu, adaptaci na prostředí a speciaci u gayala (Bos frontalis)“,Molekulární biologie a evoluce, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. a kol. (2023) „Sestavení genomu a genetická disekce významné zárodečné plazmy kukuřice odolné vůči suchu“,Přírodní genetika 202355:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. a kol. (2023) „Odhalení evoluce biosyntézy tropanových alkaloidů analýzou dvou genomů z čeledi Solanaceae“,Nature Communications2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. a kol. (2022) „Analýza změn genomu a metylace u čínských původních kuřat v průběhu času poskytuje vhled do ochrany druhů“,Komunikační biologie, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Náročné případové studie:
Sestavení telomer s telomerou:Fu, A. a kol. (2023) „Sestavení telomerového genomu hořkého melounu (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) odhaluje genetické charakteristiky vývoje, složení a zrání plodů“,Výzkum v zahradnictví, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Sestavení haplotypu:Hu, W. a kol. (2021) „Alelicky definovaný genom odhaluje bialelickou diferenciaci během evoluce manioku“,Molekulární rostlina, 14(6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Sestavení obřího genomu:Yuan, J. a kol. (2022) „Genomický základ gigachromozomů a gigagenomu stromové pivoňky Paeonia ostii“,Nature Communications2022 13:1, 13(1), s. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Sestavení polyploidního genomu:Zhang, Q. a kol. (2022) „Genomické poznatky o nedávné redukci chromozomů u autopolyploidní cukrové třtiny Saccharum spontaneum“,Přírodní genetika 202254:6, 54(6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
