BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat

Resekvenování celého genomu, také známé jako WGS, umožňuje odhalit běžné i vzácné mutace v celém genomu včetně jednonukleotidového polymorfismu (SNP), inzerční delece (InDel), strukturní variace (SV) a variace počtu kopií (CNV ).SV tvoří větší část variační báze než SNP a mají větší dopad na genom, což má významný vliv na živé organismy.Resekvenování s dlouhým čtením umožňuje přesnější identifikaci velkých fragmentů a komplikovaných variací, protože dlouhá čtení značně usnadňují chromozomální křížení přes komplikované oblasti, jako jsou tandemové repetice, oblasti bohaté na GC/AT a hypervariabilní oblasti.

Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore


Podrobnosti o službě

Demo výsledek

Doporučená publikace

1. Výhody služby

Rozsáhlé zkušenosti se sekvenováním genomu pro více než 1000 druhů.

Více než 800 publikovaných případů s kumulativním dopadovým faktorem přes 4000.

Komplexní bioinformatická analýza na volání variací a funkční analýza.

2. Specifikace služby

Plošina

Knihovna

Doporučená seq hloubka

Illumina

PE 150

Pro SNP, volání InDel ≥ 10x

Pro SV, volání CNY ≥ 30x

 

 

Nanopore

 

8 kb

Pro SV, volání CNY ≥ 20x

Pacbio

CCS

15 kb

Pro volání SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x

3. Vzorové požadavky

Plošina

Konc.(ng/μL)

 

Částka (ng)

 

Čistota

 

Agarózový gel

 

OD260/280

OD260/230

1. Jasné hlavní pásmo s žádným nebo omezenýmdegradace pozorovaná na gelu.

2. Žádná nebo omezená kontaminace RNA nebo proteiny

 

Illumina

≥1

≥30

 

-

-

Nanopore

 

≥30

Závisí na výnosu dat

10 μg/buňku

1,7-2,2

≥1,5

Pacbio

CCS

≥50

1,7-2,2

1,8-2,5

4. Bioinformační analýza

wps_doc_3

5. Tok servisních prací

dodání vzorku

Vzorová dodávka

Pilotní experiment

Extrakce DNA

Příprava knihovny

Stavba knihovny

Sekvenování

Sekvenování

Analýza dat

Analýza dat

数据上传-03

Doručování dat


  • Předchozí:
  • Další:

  • 1) Statistika mapování genomu

    Tabulka 1 Statistika výsledku mapování

    wps_doc_5

    Obrázek 1 Rozložení velikosti vložky a pokrytí čtení.

    wps_doc_14 wps_doc_6

     

    2) Variate Detection

    Obrázek 2 Statistika a anotace SNP/INDEL/SV mezi vzorky

    wps_doc_7 wps_doc_8

     

    Obrázek 3 Distribuce vatiací v celém genomu

    wps_doc_9

    3) Funkční anotace variací

    wps_doc_10 wps_doc_11 wps_doc_12

     

    2019

    Příroda komunikace

    Resekvenování celého genomu odhaluje původ Brassica napus a genetická lokusy podílející se na jeho zlepšení

    2020

    PNAS

    Evoluční původ a historie domestikace zlaté rybky (Carassius auratus)

    2021

    Plant Biotechnology Journal

    Referenční genomy dvou pěstovaných druhů juty

    2021

    Plant Biotechnology Journal

    Genomické znaky rostlinného a olejnatého allopolyploidu Brassicajuncea a genetické lokusy kontrolující akumulaci glukosinolátů

    2019

    Molekulární rostlina

    Resekvenování celého genomu celosvětové sbírky přírůstků řepky odhaluje genetický základ jejich ekotypové divergence

    2022

    Zahradnický výzkum

    Analýza asociací v rámci celého genomu poskytuje molekulární pohledy na přirozené variace velikosti semen melounu

    2021

    Časopis experimentální botaniky

    Celogenomová asociační studie identifikuje varianty GhSAD1, které udělují bavlnu toleranci vůči chladu

    2021

    Časopis experimentální botaniky

    Celogenomová asociační studie a srovnání transkriptomů odhalují nové QTL a kandidátní geny, které kontrolují velikost okvětních lístků v řepkovém semenu

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: