-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplikon Sequencing
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinuta s dlouholetými zkušenostmi v projektové analýze mikrobiální diverzity, která obsahuje standardizovanou základní analýzu a personalizovanou analýzu: základní analýza pokrývá hlavní proud analýzy obsahu současného mikrobiálního výzkumu, obsah analýzy je bohatý a komplexní, a výsledky analýz jsou prezentovány ve formě projektových zpráv;Obsah personalizované analýzy je různorodý.Vzorky mohou být vybrány a parametry mohou být flexibilně nastaveny podle základní zprávy o analýze a účelu výzkumu, aby bylo možné realizovat personalizované požadavky.Operační systém Windows, jednoduchý a rychlý.
-
PacBio-Full-length Transscriptome (Nereferenční)
Tato aplikace, která jako vstup vezme data sekvenování izoformy Pacific Biosciences (PacBio) jako vstup, dokáže identifikovat sekvence transkriptů v plné délce (bez sestavení).Mapováním sekvencí plné délky proti referenčnímu genomu mohou být transkripty optimalizovány známými geny, transkripty, kódujícími oblastmi atd. V tomto případě lze dosáhnout přesnější identifikace struktur mRNA, jako je alternativní sestřih atd.Společná analýza s daty sekvenování transkriptomu NGS umožňuje komplexnější anotaci a přesnější kvantifikaci v expresi na úrovni transkriptu, což do značné míry prospívá následné diferenciální expresi a funkční analýze.
-
Sady nástrojů
BMKCloud je přední bioinformatická platforma poskytující komplexní řešení pro genomické programy, které široce důvěřují výzkumníci v různých oblastech včetně lékařství, zemědělství, životního prostředí atd. BMKCloud se zavazuje poskytovat integrované, spolehlivé a efektivní služby včetně platforem a nástrojů pro bioinformatické analýzy. , výpočetní zdroje, veřejná databáze, bioinformační online kurzy atd. BMKCloud má různé často používané bioinformatické nástroje včetně genové anotace, evolučních genetických nástrojů, ncRNA, kontroly kvality dat, sestavení, zarovnání, extrakce dat, mutace, statistiky, generátor obrázků, sekvence analýzy atd.
-
malá RNA
Malé RNA jsou typem krátké nekódující RNA s průměrnou délkou 18-30 nt, včetně miRNA, siRNA a piRNA.Uvádí se, že tyto malé RNA se masivně podílejí na různých biologických procesech, jako je degradace mRNA, inhibice translace, tvorba heterochromatinu atd. Sekvenační analýza malých RNA byla široce používána ve studiích vývoje zvířat/rostlin, nemocí, virů atd. Malá RNA platforma sekvenční analýzy se skládá ze standardní analýzy a pokročilého dolování dat.Na základě dat RNA-seq lze standardní analýzou dosáhnout identifikace a predikce miRNA, predikce cílového genu miRNA, anotace a analýzy exprese.Pokročilá analýza umožňuje přizpůsobené vyhledávání a extrakci miRNA, generování Vennových diagramů, miRNA a budování sítě cílových genů.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma pro analýzu resekvenování celého genomu, která je vyvinuta na základě bohatých zkušeností v Biomarker Technologies.Tato snadno použitelná platforma umožňuje rychlé odeslání integrovaného analytického pracovního postupu jednoduchým nastavením několika základních parametrů, které se hodí pro data sekvenování DNA generovaná z platformy Illumina i sekvenační platformy BGI.Tato platforma je nasazena na vysoce výkonném výpočetním serveru, který umožňuje vysoce efektivní analýzu dat ve velmi omezeném čase.Personalizované dolování dat je dostupné na základě standardní analýzy, včetně dotazu na mutovaný gen, návrhu PCR primerů atd.
-
mRNA (referenční)
Transkriptom je spojením mezi genomickou genetickou informací a proteomem biologické funkce.Regulace na úrovni transkripce je nejdůležitějším a nejvíce studovaným způsobem regulace organismů.Sekvenování transkriptomu může sekvenovat transkriptom v libovolném okamžiku nebo za jakýchkoli podmínek s rozlišením přesným na jeden nukleotid. Dokáže dynamicky odrážet úroveň genové transkripce, současně identifikovat a kvantifikovat vzácné a normální transkripty a poskytnout strukturní informace ukázkové specifické přepisy.
V současné době je technologie transkriptomového sekvenování široce používána v agronomii, medicíně a dalších oblastech výzkumu, včetně regulace vývoje zvířat a rostlin, adaptace prostředí, imunitní interakce, lokalizace genů, genetické evoluce druhů a detekce nádorů a genetických chorob.
-
Metagenomika (NGS)
Tato analytická platforma je navržena pro brokovnicovou metagenomickou analýzu dat na základě dlouholetých zkušeností.Skládá se z integrovaného pracovního postupu obsahujícího různé běžně potřebné metagenomické analýzy včetně zpracování dat, studií na úrovni druhů, studií na úrovni genových funkcí, sdružování metagenomů atd. Kromě toho jsou při standardním pracovním postupu analýzy k dispozici přizpůsobené nástroje pro dolování dat, včetně dotazů na geny a druhy. , nastavení parametrů, generování personalizovaných čísel atd.
-
LncRNA
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou typem transkriptů delších než 200 nt, které nejsou schopny kódovat proteiny.Hromadné důkazy naznačují, že většina lncRNA je velmi pravděpodobně funkční.Vysoce výkonné sekvenační technologie a nástroje bioinformatické analýzy nám umožňují efektivněji odhalovat sekvence lncRNA a informace o poloze a vedou nás k objevování lncRNA s rozhodujícími regulačními funkcemi.BMKCloud je hrdý na to, že našim zákazníkům poskytuje platformu pro sekvenační analýzu lncRNA, aby bylo možné dosáhnout rychlé, spolehlivé a flexibilní analýzy lncRNA.
-
GWAS
Genomová asociační studie (GWAS) se zaměřuje na identifikaci genetických variant (genotypů), které jsou spojeny se specifickými vlastnostmi (fenotyp).Studie GWA zkoumá genetické markery napříč celým genomem velkého počtu jedinců a předpovídá asociace genotyp-fenotyp statistickou analýzou na úrovni populace.Resekvenování celého genomu může potenciálně objevit všechny genetické varianty.Ve spojení s fenotypovými daty může být GWAS zpracován k identifikaci SNP, QTL a kandidátních genů souvisejících s fenotypem, což silně podporuje moderní šlechtění zvířat/rostlin.SLAF je samostatně vyvinutá strategie zjednodušeného sekvenování genomu, která objevuje markery distribuované v celém genomu, SNP.Tyto SNP, jako molekulárně genetické markery, mohou být zpracovány pro asociační studie s cílenými znaky.Je to nákladově efektivní strategie při identifikaci komplexních vlastností spojených s genetickými variacemi.
-
Nanopore Transkriptomika v plné délce
Komplexní a variabilní alternativní izoformy v organismech jsou důležitými genetickými mechanismy pro regulaci genové exprese a diverzity proteinů.Přesná identifikace transkriptových struktur je základem pro hloubkové studium vzorců regulace genové exprese.Platforma pro sekvenování Nanopore úspěšně přivedla transkriptomickou studii na úroveň izoforem.Tato analytická platforma je navržena pro analýzu dat RNA-Seq generovaných na platformě Nanopore na základě referenčního genomu, což umožňuje kvalitativní i kvantitativní analýzy jak na úrovni genů, tak na úrovni transkriptů.
-
circ-RNA
Cirkulární RNA (circRNA) je typ nekódující RNA, o které se v poslední době zjistilo, že hraje zásadní roli v regulačních sítích zapojených do vývoje, odolnosti vůči prostředí atd. Na rozdíl od lineárních molekul RNA, např. mRNA, lncRNA, 3′ a 5′ konce circRNA jsou spojeny dohromady za vzniku kruhové struktury, která je chrání před trávením exonukleázy a jsou stabilnější než většina lineární RNA.Bylo zjištěno, že CircRNA má různé funkce při regulaci genové exprese.CircRNA může fungovat jako ceRNA, která kompetitivně váže miRNA, známá jako houba miRNA.Platforma pro analýzu sekvenování CircRNA umožňuje analýzu struktury a exprese circRNA, predikci cíle a společnou analýzu s jinými typy molekul RNA
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis se skládá z jednokrokové standardní analýzy a pokročilé analýzy s přizpůsobeným nastavením parametrů.BSA je technika používaná k rychlé identifikaci genetických markerů spojených s fenotypem.Hlavní pracovní postup BSA obsahuje: 1. výběr dvou skupin jedinců s extrémně protichůdnými fenotypy;2. spojení DNA, RNA nebo SLAF-seq (vyvinuto Biomarkerem) všech jedinců za vzniku dvou objemů DNA;3. identifikace rozdílných sekvencí proti referenčnímu genomu nebo mezi nimi, 4. predikce kandidátních spojených oblastí pomocí ED a SNP-indexového algoritmu;5. Funkční analýza a obohacení genů v kandidátských oblastech atd. K dispozici je také pokročilejší dolování dat včetně screeningu genetických markerů a návrhu primerů.
