-
PacBio - Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS v plné délce
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinuta s dlouholetými zkušenostmi v oblasti analýzy mikrobiální diverzity a obsahuje standardizovanou základní analýzu a personalizovanou analýzu: základní analýza pokrývá hlavní obsah analýzy současného mikrobiálního výzkumu, obsah analýzy je bohatý a komplexní a výsledky analýzy jsou prezentovány ve formě projektových zpráv; obsah personalizované analýzy je rozmanitý. Vzorky lze vybírat a parametry lze flexibilně nastavit podle základní analytické zprávy a účelu výzkumu, aby bylo možné realizovat personalizované požadavky. Operační systém Windows, jednoduchý a rychlý.
-
PacBio-Plný transkriptom (nereferenční)
Tato aplikace je schopna identifikovat transkriptové sekvence v plné délce, které využívají data sekvenování izoforem od Pacific Biosciences (PacBio) jako vstup. Mapováním sekvencí v plné délce oproti referenčnímu genomu lze transkripty optimalizovat pomocí známých genů, transkriptů, kódujících oblastí atd. V tomto případě lze dosáhnout přesnější identifikace struktur mRNA, jako je alternativní sestřih atd. Společná analýza s transkriptomovými sekvenčními daty NGS umožňuje komplexnější anotaci a přesnější kvantifikaci exprese na úrovni transkriptu, což do značné míry prospívá následné diferenciální expresi a funkční analýze.
-
Sady nástrojů
BMKCloud je přední bioinformatická platforma poskytující komplexní řešení pro genomické programy, které důvěřují výzkumníci v různých oblastech, včetně lékařství, zemědělství, životního prostředí atd. BMKCloud se zavázal poskytovat integrované, spolehlivé a efektivní služby, včetně platforem a nástrojů pro bioinformatickou analýzu, výpočetních zdrojů, veřejných databází, online kurzů bioinformatiky atd. BMKCloud nabízí různé často používané bioinformatické nástroje, jako je anotace genů, evoluční genetické nástroje, ncRNA, kontrola kvality dat, sestavování, zarovnávání, extrakce dat, mutace, statistiky, generátor čísel, sekvenční analýza atd.
-
Malá RNA
Malé RNA jsou typem krátkých nekódujících RNA s průměrnou délkou 18-30 nt, včetně miRNA, siRNA a piRNA. Bylo masivně popsáno, že se tyto malé RNA podílejí na různých biologických procesech, jako je degradace mRNA, inhibice translace, tvorba heterochromatinu atd. Analýza sekvenováním malých RNA se široce používá ve studiích vývoje zvířat/rostlin, onemocnění, virů atd. Platforma pro analýzu sekvenováním malých RNA se skládá ze standardní analýzy a pokročilé dolování dat. Na základě dat RNA-seq může standardní analýza dosáhnout identifikace a predikce miRNA, predikce cílových genů miRNA, anotace a analýzy exprese. Pokročilá analýza umožňuje přizpůsobené vyhledávání a extrakci miRNA, generování Vennových diagramů, budování sítě miRNA a cílových genů.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma pro analýzu resekvenování celého genomu, která je vyvinuta na základě bohatých zkušeností s technologiemi biomarkerů. Tato snadno použitelná platforma umožňuje rychlé odeslání integrovaného analytického pracovního postupu pouhým nastavením několika základních parametrů, které jsou vhodné pro data sekvenování DNA generovaná jak z platformy Illumina, tak z platformy sekvenování BGI. Tato platforma je nasazena na vysoce výkonném výpočetním serveru, který umožňuje vysoce efektivní analýzu dat ve velmi omezeném čase. Personalizovaná data mining je k dispozici na základě standardní analýzy, včetně dotazování na mutované geny, návrhu PCR primerů atd.
-
mRNA (referenční)
Transkriptom je spojnicí mezi genomickou genetickou informací a proteomem biologické funkce. Regulace na transkripční úrovni je nejdůležitějším a nejvíce studovaným regulačním způsobem organismů. Sekvenování transkriptomu dokáže sekvenovat transkriptom v jakémkoli časovém okamžiku nebo za jakýchkoli podmínek s rozlišením přesným na jeden nukleotid. Dokáže dynamicky odrážet úroveň genové transkripce, současně identifikovat a kvantifikovat vzácné a normální transkripty a poskytovat strukturní informace o transkriptech specifických pro daný vzorek.
V současné době se technologie sekvenování transkriptomů široce používá v agronomii, medicíně a dalších oblastech výzkumu, včetně regulace vývoje živočichů a rostlin, adaptace na prostředí, imunitní interakce, lokalizace genů, genetické evoluce druhů a detekce nádorů a genetických onemocnění.
-
Metagenomika (NGS)
Tato analytická platforma je navržena pro analýzu metagenomických dat metodou shotgun na základě dlouholetých zkušeností. Skládá se z integrovaného pracovního postupu zahrnujícího různé běžně potřebné metagenomické analýzy, včetně zpracování dat, studií na úrovni druhů, studií na úrovni genových funkcí, metagenomového binningu atd. Kromě toho jsou k dispozici přizpůsobené nástroje pro dolování dat, které jsou součástí standardního analytického pracovního postupu, včetně dotazování na geny a druhy, nastavení parametrů, generování personalizovaných čísel atd.
-
LncRNA
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou typem transkriptů s délkou delší než 200 nt, které nejsou schopny kódovat proteiny. Souhrnné důkazy naznačují, že většina lncRNA je s velkou pravděpodobností funkční. Vysoce výkonné sekvenční technologie a bioinformatické analytické nástroje nám umožňují efektivněji odhalovat sekvence lncRNA a informace o jejich poloze a vedou nás k objevování lncRNA s klíčovými regulačními funkcemi. BMKCloud s hrdostí poskytuje svým zákazníkům platformu pro analýzu sekvenování lncRNA, která jim umožňuje dosáhnout rychlé, spolehlivé a flexibilní analýzy lncRNA.
-
GWAS
Celogenomová asociační studie (GWAS) se zaměřuje na identifikaci genetických variant (genotypů), které jsou spojeny se specifickými znaky (fenotypy). Studie GWA zkoumají genetické markery napříč celým genomem velkého počtu jedinců a predikují asociace genotyp-fenotyp pomocí statistické analýzy na úrovni populace. Celogenomové resekvenování může potenciálně odhalit všechny genetické varianty. Ve spojení s fenotypovými daty lze GWAS zpracovat k identifikaci SNP, QTL a kandidátních genů souvisejících s fenotypem, což silně podporuje moderní šlechtění zvířat/rostlin. SLAF je samostatně vyvinutá zjednodušená strategie sekvenování genomu, která objevuje celogenomové distribuované markery, SNP. Tyto SNP, jako molekulárně genetické markery, lze zpracovat pro asociační studie s cílenými znaky. Jedná se o nákladově efektivní strategii pro identifikaci komplexních znaků spojených s genetickými variacemi.
-
Nanoporé transkriptomiky plné délky
Komplexní a variabilní alternativní izoformy v organismech jsou důležitými genetickými mechanismy pro regulaci genové exprese a diverzity proteinů. Přesná identifikace transkriptových struktur je základem pro hloubkové studium vzorců regulace genové exprese. Platforma pro sekvenování Nanopore úspěšně posunula transkriptomické studie na úroveň izoforem. Tato analytická platforma je navržena k analýze dat RNA-Seq generovaných na platformě Nanopore na základě referenčního genomu, což umožňuje kvalitativní i kvantitativní analýzy jak na úrovni genů, tak na úrovni transkriptů.
-
circ-RNA
Kruhová RNA (circRNA) je typ nekódující RNA, u které bylo nedávno zjištěno, že hraje zásadní roli v regulačních sítích zapojených do vývoje, odolnosti vůči vlivům prostředí atd. Na rozdíl od lineárních molekul RNA, např. mRNA, lncRNA, jsou 3' a 5' konce circRNA spojeny dohromady a tvoří kruhovou strukturu, která je chrání před štěpením exonukleázou a jsou stabilnější než většina lineárních RNA. Bylo zjištěno, že CircRNA má rozmanité funkce v regulaci genové exprese. CircRNA může fungovat jako ceRNA, která se kompetitivně váže na miRNA, známá jako miRNA houba. Platforma pro sekvenování CircRNA umožňuje analýzu struktury a exprese circRNA, predikci cílů a společnou analýzu s jinými typy molekul RNA.
-
BSA
Platforma pro hromadnou segregační analýzu (BSA) se skládá z jednokrokové standardní analýzy a pokročilé analýzy s přizpůsobeným nastavením parametrů. BSA je technika používaná k rychlé identifikaci genetických markerů asociovaných s fenotypem. Hlavní pracovní postup BSA zahrnuje: 1. výběr dvou skupin jedinců s extrémně odlišnými fenotypy; 2. sloučení DNA, RNA nebo SLAF-seq (vyvinutých společností Biomarker) všech jedinců za účelem vytvoření dvou skupin DNA; 3. identifikaci diferenciálních sekvencí oproti referenčnímu genomu nebo mezi nimi, 4. predikci kandidátských propojených oblastí pomocí algoritmu ED a SNP-index; 5. funkční analýzu a obohacení genů v kandidátských oblastech atd. K dispozici je také pokročilejší dolování dat, včetně screeningu genetických markerů a návrhu primerů.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinuta s dlouholetými zkušenostmi v oblasti analýzy mikrobiální diverzity a obsahuje standardizovanou základní analýzu a personalizovanou analýzu: základní analýza pokrývá hlavní obsah analýzy současného mikrobiálního výzkumu, obsah analýzy je bohatý a komplexní a výsledky analýzy jsou prezentovány ve formě projektových zpráv; obsah personalizované analýzy je rozmanitý. Vzorky lze vybírat a parametry lze flexibilně nastavit podle základní analytické zprávy a účelu výzkumu, aby bylo možné realizovat personalizované požadavky. Operační systém Windows, jednoduchý a rychlý.
