-
Analýza asociace v celém genomu
Cílem celogenomových asociačních studií (GWAS) je identifikovat genetické varianty (genotypy) spojené se specifickými znaky (fenotypy). Prozkoumáním genetických markerů napříč celým genomem u velkého počtu jedinců GWAS extrapoluje asociace genotyp-fenotyp prostřednictvím statistických analýz na úrovni populace. Tato metodologie nachází rozsáhlé uplatnění při výzkumu lidských onemocnění a zkoumání funkčních genů souvisejících se složitými znaky u zvířat nebo rostlin.
V BMKGENE nabízíme dvě možnosti provádění GWAS na velkých populacích: využití celogenomového sekvenování (WGS) nebo volbu metody sekvenování genomu s redukovanou reprezentací, interně vyvinuté metody Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Zatímco WGS je vhodný pro menší genomy, SLAF se jeví jako cenově efektivní alternativa pro studium větších populací s delšími genomy, čímž se efektivně minimalizují náklady na sekvenování a zároveň se zaručuje vysoká účinnost objevování genetických markerů.
-
Sekvenování celého genomu rostlin/živočichů
Sekvenování celého genomu (WGS) je technika používaná k určení celé sekvence DNA genomu organismu najednou.
Služba se obvykle dělí do dvou různých skupin v závislosti na existenci referenčního genomu:
- De novosekvenování celého genomu.V této situaci genom, který má být sekvenován, nemá k dispozici referenční genom, a proto je cílem tohoto sekvenování jeho generování (nebo vylepšení stávajícího genomu). Tato technika vyžaduje využití dat z Illuminy i sekvenování dlouhých čtecích dat k vylepšení sestavení genomu vytvořením překrytí mezi čtenými daty.
- Opakované sekvenování.Vztahuje se na sekvenování celého genomu různých jedinců druhů se známými referenčními genomy. Na tomto základě lze dále identifikovat genomové rozdíly jedinců nebo populací.
-
Evoluční genetika
Evoluční genetika je komplexní sekvenční služba navržená tak, aby nabídla hlubokou interpretaci evoluce v rámci velké skupiny jedinců na základě genetických variací, včetně SNP, InDels, SV a CNV. Tato služba zahrnuje všechny základní analýzy potřebné k objasnění evolučních posunů a genetických charakteristik populací, včetně posouzení populační struktury, genetické diverzity a fylogenetických vztahů. Navíc se zabývá studiemi toku genů, což umožňuje odhadnout efektivní velikost populace a dobu divergence. Studie evoluční genetiky poskytují cenné poznatky o původu a adaptacích druhů.
V BMKGENE nabízíme dvě možnosti pro provádění evolučních genetických studií na velkých populacích: využití sekvenování celého genomu (WGS) nebo volbu metody sekvenování genomu s redukovanou reprezentací, interně vyvinuté metody Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Zatímco WGS je vhodný pro menší genomy, SLAF se jeví jako cenově výhodná alternativa pro studium větších populací s delšími genomy, čímž se efektivně minimalizují náklady na sekvenování.
-
Srovnávací genomika
Srovnávací genomika zahrnuje zkoumání a srovnávání celých genomových sekvencí a struktur mezi různými druhy. Tato oblast se snaží odhalit evoluci druhů, dekódovat genové funkce a objasnit genetické regulační mechanismy identifikací konzervovaných nebo divergentních sekvenčních struktur a prvků napříč různými organismy. Komplexní studie srovnávací genomiky zahrnuje analýzy, jako jsou genové rodiny, evoluční vývoj, duplikační události celého genomu a dopad selekčních tlaků.
-
Sestavení genomu na bázi Hi-C
Hi-C je metoda navržená k zachycení konfigurace chromozomů kombinací interakcí založených na blízkosti a vysokokapacitního sekvenování. Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí negativně koreluje s fyzickou vzdáleností na chromozomech. Data Hi-C se proto používají k vedení shlukování, řazení a orientace sestavených sekvencí v návrhu genomu a k jejich ukotvení na určitý počet chromozomů. Tato technologie umožňuje sestavení genomu na úrovni chromozomů bez genetické mapy založené na populaci. Každý jednotlivý genom potřebuje Hi-C.
-
Rostlinné/zvířecí sekvenování genomu De Novo
De NovoSekvenování označuje konstrukci celého genomu druhu pomocí sekvenčních technologií bez referenčního genomu. Zavedení a široké přijetí sekvenování třetí generace, které zahrnuje delší čtení, významně zlepšilo sestavování genomu zvýšením překrývání mezi čteními. Toto vylepšení je obzvláště důležité při práci s náročnými genomy, jako jsou ty, které vykazují vysokou heterozygotnost, vysoký poměr repetitivních oblastí, polyploidy a oblasti s repetitivními prvky, abnormálním obsahem GC nebo vysokou složitostí, které se obvykle špatně sestavují pouze pomocí sekvenování s krátkým čtením.
Naše komplexní řešení poskytuje integrované sekvenční služby a bioinformatickou analýzu, které zajišťují vysoce kvalitní de novo sestavený genom. Počáteční genomový průzkum pomocí Illuminy poskytuje odhady velikosti a složitosti genomu a tyto informace se používají k vedení dalšího kroku sekvenování dlouhých čtecích sekvencí pomocí PacBio HiFi, po kterém následuje...de novosestavení kontigů. Následné použití HiC sestavení umožňuje ukotvení kontigů ke genomu, čímž se získá sestavení na úrovni chromozomů. Nakonec je genom anotován genovou predikcí a sekvenováním exprimovaných genů, s využitím transkriptomů s krátkými a dlouhými čtecími sekvencemi.
-
Sekvenování celého lidského exomu
Sekvenování celého lidského exomu (hWES) je široce uznáváno jako cenově efektivní a účinný sekvenční přístup k přesnému určení mutací způsobujících onemocnění. Přestože exony tvoří pouze asi 1,7 % celého genomu, hrají klíčovou roli tím, že přímo odrážejí profil celkových funkcí proteinů. Je pozoruhodné, že v lidském genomu se více než 85 % mutací souvisejících s onemocněními projevuje v oblastech kódujících proteiny. BMKGENE nabízí komplexní a flexibilní službu sekvenování celého lidského exomu se dvěma různými strategiemi zachycení exonů, které jsou k dispozici pro splnění různých výzkumných cílů.
-
Sekvenování amplifikovaných fragmentů se specifickým lokusem (SLAF-Seq)
Tuto metodu, nezávisle vyvinutou společností BMKGene, lze zařadit do sekvenování genomu s redukovanou reprezentací. Optimalizuje sadu restrikčních enzymů pro každý projekt. To zajišťuje generování značného počtu SLAF značek (oblasti sekvenovaného genomu o délce 400–500 bps), které jsou rovnoměrně rozloženy po celém genomu a zároveň se efektivně vyhýbají opakujícím se oblastem, čímž se zajišťuje nejlepší možný objev genetických markerů.
Poskytuje rychlé genotypování a vytváří základ pro funkční objevování genů nebo evoluční analýzu, čímž snižuje náklady na vzorek a zároveň zachovává efektivitu při objevování genetických markerů. RRGS toho dosahuje štěpením DNA restrikčními enzymy a zaměřením se na specifický rozsah velikostí fragmentů, čímž sekvenuje pouze zlomek genomu. Mezi různými metodologiemi RRGS je Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) přizpůsobitelným a vysoce kvalitním přístupem.
