-
Jednojaderné sekvenování RNA
Pokrok v zachycování jedné buňky a technika konstrukce individuální knihovny v kombinaci s vysoce výkonným sekvenováním umožňuje studie genové exprese na bázi buňky po buňce.Umožňuje hlubší a kompletní systémovou analýzu komplexních buněčných populací, ve které se do značné míry vyhne maskování jejich heterogenity tím, že se vezme průměr ze všech buněk.
Některé buňky však nejsou vhodné pro výrobu jednobuněčné suspenze, takže jsou nutné jiné způsoby přípravy vzorků – extrakce jádra z tkání, to znamená, že jádro je přímo extrahováno z tkání nebo buňky a připraveno na jednojadernou suspenzi pro jedno- sekvenování buněk.
BMK poskytuje službu sekvenování jednobuněčné RNA na bázi 10× Genomics ChromiumTM.Tato služba byla široce používána ve studiích studií souvisejících s nemocemi, jako je diferenciace imunitních buněk, heterogenita nádorů, vývoj tkání atd.
Prostorový transkriptomový čip: 10× Genomics
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat
Resekvenování celého genomu, také známé jako WGS, umožňuje odhalit běžné i vzácné mutace v celém genomu včetně jednonukleotidového polymorfismu (SNP), inzerční delece (InDel), strukturní variace (SV) a variace počtu kopií (CNV ).SV tvoří větší část variační báze než SNP a mají větší dopad na genom, což má významný vliv na živé organismy.Resekvenování s dlouhým čtením umožňuje přesnější identifikaci velkých fragmentů a komplikovaných variací, protože dlouhá čtení značně usnadňují chromozomální křížení přes komplikované oblasti, jako jsou tandemové repetice, oblasti bohaté na GC/AT a hypervariabilní oblasti.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Prostorový přepis BMKMANU S1000
Prostorová transkriptomika stojí v popředí vědeckých inovací a umožňuje výzkumníkům ponořit se do složitých vzorců genové exprese v tkáních při zachování jejich prostorového kontextu.Mezi různými platformami vyvinul BMKGene prostorový transkriptomový čip BMKManu S1000, který se může pochlubitvylepšené rozlišení5 uM, dosahující subcelulárního rozsahu a umožňujícívíceúrovňové nastavení rozlišení.Čip S1000, obsahující přibližně 2 miliony bodů, využívá mikrojamky povrstvené kuličkami naplněnými prostorově čárovými snímacími sondami.Z čipu S1000 je připravena knihovna cDNA obohacená o prostorové čárové kódy a následně sekvenována na platformě Illumina NovaSeq.Kombinace prostorově kódovaných vzorků a UMI zajišťuje přesnost a specifičnost generovaných dat.Jedinečná vlastnost čipu BMKManu S1000 spočívá v jeho všestrannosti, která nabízí víceúrovňové nastavení rozlišení, které lze jemně vyladit pro různé tkáně a úrovně detailů.Tato přizpůsobivost řadí čip jako vynikající volbu pro různé studie prostorové transkriptomiky, což zajišťuje přesné prostorové shlukování s minimálním šumem.
Pomocí čipu BMKManu S1000 a dalších technologií prostorové transkriptomiky mohou výzkumníci lépe porozumět prostorové organizaci buněk a komplexním molekulárním interakcím, které se vyskytují v tkáních, a poskytnout neocenitelný pohled na mechanismy, které jsou základem biologických procesů v široké škále oborů, včetně onkologie, neurovědy, vývojová biologie, imunologie a botanická studia.
Platforma: čip BMKManu S1000 a Illumina NovaSeq
-
10x prostorový transkriptom Genomics Visium
Prostorová transkriptomika je špičková technologie, která umožňuje výzkumníkům zkoumat vzorce genové exprese v tkáních při zachování jejich prostorového kontextu.Jednou z výkonných platforem v této doméně je 10x Genomics Visium spojené se sekvenováním Illumina.Princip 10X Visium spočívá na specializovaném čipu s určenou záchytnou oblastí, kam jsou umístěny tkáňové řezy.Tato záchytná oblast obsahuje body s čárovým kódem, z nichž každý odpovídá jedinečnému prostorovému umístění v tkáni.Zachycené molekuly RNA z tkáně jsou pak během procesu reverzní transkripce označeny jedinečnými molekulárními identifikátory (UMI).Tyto čárové kódy a UMI umožňují přesné prostorové mapování a kvantifikaci genové exprese v rozlišení jedné buňky.Kombinace prostorově kódovaných vzorků a UMI zajišťuje přesnost a specifičnost generovaných dat.Pomocí této technologie prostorové transkriptomiky mohou výzkumníci získat hlubší pochopení prostorové organizace buněk a komplexních molekulárních interakcí vyskytujících se v tkáních, což nabízí neocenitelný pohled na mechanismy, které jsou základem biologických procesů v mnoha oblastech, včetně onkologie, neurověd, vývojové biologie, imunologie. a botanické studie.
Platforma: 10X Genomics Visium a Illumina NovaSeq
-
Sekvenování mRNA plné délky - Nanopore
Zatímco sekvenování mRNA na bázi NGS slouží jako všestranný nástroj pro kvantifikaci genové exprese, jeho spoléhání se na krátké čtení omezuje jeho účinnost v komplexních transkriptomických analýzách.Nanopore sekvenování na druhé straně využívá technologii dlouhého čtení, která umožňuje sekvenování mRNA transkriptů plné délky.Tento přístup usnadňuje komplexní průzkum alternativního sestřihu, genových fúzí, polyadenylaci a kvantifikaci izoforem mRNA.
Sekvenování nanopórů se opírá o elektrické signály s jednou molekulou nanopórů v reálném čase.Dvouvláknová DNA vedená motorickými proteiny se váže na nanopórové proteiny vložené do biofilmu a odvíjí se, když prochází nanopórovým kanálem pod rozdílem napětí.Charakteristické elektrické signály generované různými bázemi na řetězci DNA jsou detekovány a klasifikovány v reálném čase, což usnadňuje přesné a nepřetržité sekvenování nukleotidů.Tento inovativní přístup překonává omezení krátkého čtení a poskytuje dynamickou platformu pro složitou genomickou analýzu, včetně komplexních transkriptomických studií.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekvenování mRNA plné délky - PacBio
Zatímco sekvenování mRNA na bázi NGS je všestranným nástrojem pro kvantifikaci genové exprese, jeho spoléhání se na krátké čtení omezuje jeho použití v komplexních transkriptomických analýzách.PacBio sekvenování (Iso-Seq) na druhé straně využívá technologii dlouhého čtení, která umožňuje sekvenování mRNA transkriptů plné délky.Tento přístup usnadňuje komplexní průzkum alternativního sestřihu, genových fúzí a polyadenylaci, i když to není primární volba pro kvantifikaci genové exprese kvůli velkému množství požadovaných dat.
Technologie sekvenování PacBio se spoléhá na sekvenování jedné molekuly v reálném čase (SMRT), což poskytuje výraznou výhodu při zachycování transkriptů mRNA v plné délce.Tento inovativní přístup zahrnuje použití vlnovodů s nulovým režimem (ZMW), mikrovyrobených jamek, které umožňují pozorování aktivity DNA polymerázy během sekvenování v reálném čase.V rámci těchto ZMW syntetizuje DNA polymeráza PacBio komplementární řetězec DNA a generuje dlouhé čtení, které zahrnuje celé transkripty mRNA.Operace PacBio v režimu Circular Consensus sequencing (CCS) zvyšuje přesnost opakovaným sekvenováním stejné molekuly.Generovaná HiFi čtení mají přesnost srovnatelnou s NGS, což dále přispívá ke komplexní a spolehlivé analýze komplexních transkriptomických funkcí.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekvenování eukaryotické mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA umožňuje komplexní profilování všech transkriptů mRNA v buňkách za specifických podmínek.Tato špičková technologie slouží jako účinný nástroj odhalující složité profily genové exprese, genové struktury a molekulární mechanismy spojené s různými biologickými procesy.Sekvenování mRNA, široce používané v základním výzkumu, klinické diagnostice a vývoji léků, nabízí pohled do složitosti buněčné dynamiky a genetické regulace.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferenční sekvenování mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA umožňuje komplexní profilování všech transkriptů mRNA v buňkách za specifických podmínek.Tato špičková technologie slouží jako účinný nástroj odhalující složité profily genové exprese, genové struktury a molekulární mechanismy spojené s různými biologickými procesy.Sekvenování mRNA, široce používané v základním výzkumu, klinické diagnostice a vývoji léků, nabízí pohled do složitosti buněčné dynamiky a genetické regulace.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Dlouhé nekódující sekvenování-Illumina
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou RNA delší než 200 nukleotidů, které mají minimální kódovací potenciál a jsou klíčovými prvky v nekódující RNA.Tyto RNA, které se nacházejí v jádře a cytoplazmě, hrají zásadní roli v epigenetické, transkripční a post-transkripční regulaci, což podtrhuje jejich význam při utváření buněčných a molekulárních procesů.Sekvenování LncRNA je mocný nástroj v buněčné diferenciaci, ontogenezi a lidských onemocněních.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Malé sekvenování RNA-Illumina
Malé molekuly RNA (sRNA), obvykle o délce pod 200 nukleotidů, zahrnují mikroRNA (miRNA), malé interferující RNA (siRNA) a RNA interagující s piwi (piRNA).Mezi nimi jsou miRNA, dlouhé přibližně 20-24 nukleotidů, zvláště pozoruhodné pro svou klíčovou regulační roli v různých buněčných procesech.Díky tkáňově specifickým a stádiově specifickým expresním vzorům vykazují miRNA vysokou ochranu napříč různými druhy.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
sekvenování circRNA-Illumina
Cirkulární sekvenování RNA (circRNA-seq) má profilovat a analyzovat kruhové RNA, třídu molekul RNA, které tvoří uzavřené smyčky kvůli nekanonickým sestřihovým událostem, což těmto RNA poskytuje zvýšenou stabilitu.Zatímco se ukázalo, že některé circRNA působí jako mikroRNA houby, sekvestrují mikroRNA a brání jim v regulaci jejich cílových mRNA, jiné circRNA mohou interagovat s proteiny, modulovat genovou expresi nebo hrát roli v buněčných procesech.Analýza exprese circRNA poskytuje pohled na regulační role těchto molekul a jejich význam v různých buněčných procesech, vývojových stádiích a chorobných stavech, což přispívá k hlubšímu pochopení složitosti regulace RNA v kontextu genové exprese.
-
Celé sekvenování transkriptomu – Illumina
Sekvenování celého transkriptomu nabízí komplexní přístup k profilování různých molekul RNA, který zahrnuje jak kódující (mRNA), tak nekódující RNA (lncRNA, circRNA a miRNA).Tato technika zachycuje úplný transkriptom specifických buněk v daném okamžiku, což umožňuje holistické pochopení buněčných procesů.Také známý jako „celkové sekvenování RNA“ má za cíl odhalit složité regulační sítě na úrovni transkriptomu, což umožňuje hloubkovou analýzu, jako je konkurenční endogenní RNA (ceRNA) a společná analýza RNA.To znamená počáteční krok směrem k funkční charakterizaci, zejména při odhalování regulačních sítí zahrnujících interakce ceRNA na bázi circRNA-miRNA-mRNA.
