-
Chromatinové imunoprecipitační sekvenování (ChIP-seq)
ChIP-Seq poskytuje celogenomové profilování DNA cílů pro modifikaci histonů, transkripční faktory a další proteiny asociované s DNA.Kombinuje selektivitu chromatinové imunoprecipitace (ChIP) k získání specifických komplexů protein-DNA se silou sekvenování nové generace (NGS) pro vysoce výkonné sekvenování získané DNA.Navíc, protože se komplexy protein-DNA získávají z živých buněk, vazebná místa mohou být srovnávána v různých typech buněk a tkáních nebo za různých podmínek.Aplikace sahají od regulace transkripce přes vývojové dráhy k mechanismům onemocnění a dále.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomické sekvenování -NGS
Metagenom označuje sbírku celkového genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako je environmentální metagenom, lidský metagenom atd. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů.Metagenomické sekvenování je molekulární nástroj používaný k analýze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků životního prostředí, který poskytuje podrobné informace o druhové diverzitě a početnosti, struktuře populace, fylogenetickém vztahu, funkčních genech a korelační síti s faktory prostředí.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomické sekvenování-Nanopore
Metagenomika je molekulární nástroj používaný k analýze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků životního prostředí, který poskytuje podrobné informace o druhové diverzitě a početnosti, struktuře populace, fylogenetických vztazích, funkčních genech a korelační síti s faktory prostředí atd. Nedávno byly zavedeny platformy pro sekvenování nanoporů k metagenomickým studiím.Jeho vynikající výkon v délce čtení značně zlepšil následnou metagenomickou analýzu, zejména sestavení metagenomu.S využitím výhod délky čtení je metagenomická studie založená na Nanopore schopna dosáhnout kontinuálnějšího sestavení ve srovnání s metagenomikou brokovnice.Bylo publikováno, že metagenomika založená na nanoporech úspěšně vytvořila kompletní a uzavřené bakteriální genomy z mikrobiomů (Moss, EL, et. al,Příroda Biotech, 2020)
Plošina:Nanopore PromethION P48
-
Bisulfitové sekvenování celého genomu
Methylace DNA na páté pozici v cytosinu (5-mC) má zásadní vliv na expresi genů a buněčnou aktivitu.Abnormální methylační vzorce byly spojeny s několika stavy a nemocemi, jako je rakovina.WGBS se stal zlatým standardem pro studium methylace v celém genomu při rozlišení jedné báze.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Test na chromatin přístupný transposáze s vysoce výkonným sekvenováním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysoce výkonná sekvenační metoda pro analýzu dostupnosti chromatinu v celém genomu, která je důležitá pro globální epigenetickou kontrolu genové exprese.Sekvenační adaptéry jsou vloženy do otevřených chromatinových oblastí hyperaktivní Tn5 transpozázou.Po PCR amplifikaci je konstruována sekvenační knihovna.Všechny otevřené chromatinové oblasti lze získat za specifických časoprostorových podmínek, nejen omezených na vazebná místa transkripčního faktoru nebo určitou histonem modifikovanou oblast.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjednotka na 16S a 18S rRNA obsahující vysoce konzervované i hypervariabilní oblasti je dokonalým molekulárním otiskem pro identifikaci prokaryotických a eukaryotických organismů.S využitím sekvenování lze tyto amplikony zacílit na základě konzervovaných částí a hypervariabilní oblasti lze plně charakterizovat pro mikrobiální identifikaci, což přispívá ke studiím zahrnujícím analýzu mikrobiální diverzity, taxonomii, fylogenezi atd. Jedna molekula v reálném čase (SMRT ) sekvenování platformy PacBio umožňuje získat vysoce přesná dlouhá čtení, která by mohla pokrýt amplikony plné délky (cca 1,5 Kb).Rozšířený pohled na genetické pole výrazně zvýšil rozlišení v druhové anotaci ve společenství bakterií nebo hub.
Plošina:Pokračování PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplikonové sekvenování-NGS
Sekvenování amplikonů 16S/18S/ITS se zaměřuje na odhalení fylogeneze, taxonomie a četnosti druhů v mikrobiální komunitě zkoumáním produktů PCR provozních genetických markerů, které obsahují jak vysoce konverzní, tak hypervariabilní části.Zavedení těchto dokonalých molekulárních otisků od Woesese a kol., (1977) umožňuje profilování mikrobiomu bez izolace.Sekvenování 16S (bakterie), 18S (houby) a Internal transkribovaného spaceru (ITS, houby) umožňuje identifikaci jak hojných druhů, tak i vzácných a neidentifikovaných druhů.Tato technologie se stala široce používaným a hlavním nástrojem při identifikaci rozdílného mikrobiálního složení v různých prostředích, jako jsou lidská ústa, střeva, výkaly atd.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Resekvenování celého genomu bakterií a hub
Resekvenování celého genomu bakterií a hub je kritickým nástrojem pro dokončení genomů známých bakterií a hub, stejně jako pro porovnání více genomů nebo pro mapování genomů nových organismů.Je velmi důležité sekvenovat celé genomy bakterií a hub, aby bylo možné vytvořit přesné referenční genomy, provést mikrobiální identifikaci a další srovnávací genomové studie.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplikon Sequencing
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinuta s dlouholetými zkušenostmi v projektové analýze mikrobiální diverzity, která obsahuje standardizovanou základní analýzu a personalizovanou analýzu: základní analýza pokrývá hlavní proud analýzy obsahu současného mikrobiálního výzkumu, obsah analýzy je bohatý a komplexní, a výsledky analýz jsou prezentovány ve formě projektových zpráv;Obsah personalizované analýzy je různorodý.Vzorky mohou být vybrány a parametry mohou být flexibilně nastaveny podle základní zprávy o analýze a účelu výzkumu, aby bylo možné realizovat personalizované požadavky.Operační systém Windows, jednoduchý a rychlý.
-
PacBio-Full-length Transscriptome (Nereferenční)
Tato aplikace, která jako vstup vezme data sekvenování izoformy Pacific Biosciences (PacBio) jako vstup, dokáže identifikovat sekvence transkriptů v plné délce (bez sestavení).Mapováním sekvencí plné délky proti referenčnímu genomu mohou být transkripty optimalizovány známými geny, transkripty, kódujícími oblastmi atd. V tomto případě lze dosáhnout přesnější identifikace struktur mRNA, jako je alternativní sestřih atd.Společná analýza s daty sekvenování transkriptomu NGS umožňuje komplexnější anotaci a přesnější kvantifikaci v expresi na úrovni transkriptu, což do značné míry prospívá následné diferenciální expresi a funkční analýze.
-
Snížené zastoupení bisulfitového sekvenování (RRBS)
Výzkum metylace DNA byl vždy horkým tématem ve výzkumu nemocí a úzce souvisí s genovou expresí a fenotypickými rysy.RRBS je přesná, účinná a ekonomická metoda pro výzkum metylace DNA.Obohacení oblastí promotoru a CpG ostrovů enzymatickým štěpením (Msp I), v kombinaci s bisulfitovým sekvenováním, poskytuje detekci metylace DNA s vysokým rozlišením.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Sekvenování prokaryotické mRNA
Sekvenování mRNA umožňuje komplexní profilování všech transkriptů mRNA v buňkách za specifických podmínek.Tato špičková technologie slouží jako účinný nástroj, který odhaluje složité profily genové exprese, genové struktury a molekulární mechanismy spojené s různými biologickými procesy.Široce přijaté v základním výzkumu, klinické diagnostice a vývoji léků, sekvenování mRNA nabízí vhled do složitosti buněčné dynamiky a genetické regulace.Naše zpracování vzorků prokaryotické mRNA je přizpůsobeno pro prokaryotické transkriptomy, včetně deplece rRNA a přímé přípravy knihovny.
Platforma: Illumina NovaSeq X
