Sekvenování prokaryotické RNA
Funkce
● Zpracování vzorku RNA zahrnovalo depleci rRNA s následnou přípravou směrové RNA knihovny.
● Bioinformatická analýza založená na porovnání s referenčním genomem
● Analýza zahrnuje genovou expresi a diferenčně exprimované geny (DEG), ale také analýzu struktury transkriptů a sRNA
Výhody služby
●Přísná kontrola kvalityVe všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku, implementujeme klíčové kontrolní body. Toto pečlivé monitorování zajišťuje konzistentně vysoce kvalitní výsledky.
●Sekvenční data specifická pro daný řetězec: vzhledem k tomu, že příprava RNA knihovny je směrová, což umožňuje identifikaci antisense transkriptů.
●Kompletní analýza přizpůsobená prokaryotickým transkriptomůmBioinformatický proces zahrnuje nejen analýzu genové exprese, ale také analýzu struktury transkriptu, včetně identifikace operonů, UTR a promotorů. Zahrnuje také analýzu sRNA, konkrétně anotaci a predikci sekundární struktury a cílů.
●Poprodejní podporaNáš závazek sahá i nad rámec dokončení projektu a zahrnuje 3měsíční poprodejní servis. Během této doby nabízíme následnou podporu projektu, pomoc s řešením problémů a diskuze s otázkami a odpověďmi, kde zodpovíme veškeré dotazy týkající se výsledků.
Požadavky na vzorky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučená data | Kontrola kvality |
| Směrová knihovna s deplecí rRNA | Illumina PE150 | 1–2 GB | Q30≥85% |
Požadavky na vzorek:
| Koncentrace (ng/μl) | Množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Na gelu je patrná omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA. | RIN ≥ 6,5 |
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Ukázkové označení: Seskupit + replikovat, např. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Zásilka:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
2. Zkumavky pro stabilizaci RNA: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Pracovní postup bioinformatické analýzy
Zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Zarovnání s referenčním genomem
● Hodnocení kvality knihovny: náhodnost fragmentace RNA, velikost inzertu a saturace sekvenování
● Funkční anotace předpokládaných kódujících genů
● Analýza exprese: korelace a analýza hlavních komponent (PCA)
● Diferenciální genová exprese (DEG)
● Funkční anotace a obohacení stupňů diverzity
● Analýza sRNA: predikce, anotace, cíl a predikce sekundární struktury
● Analýza struktury transkriptu: operony, počáteční a koncové pozice, nepřekládaná oblast (UTS), promotor a analýza SNP/InDel
Sekvenční saturace
Funkční anotace kódujících genů
Korelace mezi vzorky
Analýza diferenciálně exprimovaných genů (DEG)
Analýza funkčního obohacení
anotace sRNA
V této publikaci se podívejte na pokroky, které umožnily služby sekvenování mRNA v plné délce Nanopore od společnosti BMKGene.
Guan, CP a kol. (2018) „Globální změny transkriptomu biofilm tvořícího Staphylococcus epidermidis v reakci na celkové alkaloidy Sophorea alopecuroides“,Polský časopis mikrobiologie, 67(2), str. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
