Proteomika
Funkce
●Kvalitativní proteomika: Využívá LC-MS/MS k identifikaci složení proteinů ve složitých vzorcích (SDS-PAGE gelové stripy, IP, Co-IP, Pull-down). Výhody: Žádné omezení počtu vzorků, rychlá detekce, jednoduché zpracování vzorků, vysoká propustnost a schopnost detekovat proteiny s nízkým výskytem.
● Kvantitativní proteomika bez značení: Technologie bez značení s detekcí jednotlivých vzorků. Kvantifikuje proteiny porovnáním intenzit peptidových signálů v datech hmotnostní spektrometrie. Výhody: Jednoduchá obsluha, vysoká propustnost (bez omezení počtu vzorků) a široká použitelnost (vhodné pro diferenciální srovnání proteinů „přítomnosti/nepřítomnosti“ napříč druhy).
● DIA Kvantitativní proteomika: Využívá režim sběru dat nezávislý na datech (DIA), skenuje všechny ionty v segmentovaných oknech pro zachycení kompletních informací o iontech. Výhody: Lepší opakovatelnost, vyšší pokrytí proteinů a přesnější kvantifikace než režim DDA (TMT/Label Free), ideální pro studie s velkým počtem vzorků.
● 4D-Label Free Kvantitativní proteomika/4D-DIA Kvantitativní proteomika: Založena na hmotnostním spektrometru Bruker timsTOF, která k tradiční 3D separaci přidává mobilitu iontů (kolizní průřez). Výhody: Zlepšené využití a přesnost iontů, komplexní zvýšení hloubky pokrytí, citlivosti a propustnosti; vyšší hloubka identifikace než u tradiční 3D metody.
● Kvantitativní proteomika Astral Label Free/Kvantitativní proteomika Astral DIA: Založena na hmotnostním spektrometru s vysokým rozlišením Orbitrap™ Astral™. Výhody: Vyšší propustnost (více než 100 vzorků/den s 8minutovým gradientem), hlubší pokrytí (více než 8 000 proteinů detekováno v buňkách Hela za 8 minut) a vyšší citlivost (potřeba menšího množství vzorku).
● Kvantitativní proteomika TMT: Využívá 18 izotopových značek k značení peptidů pro simultánní detekci 18 vzorků. Výhody: Vysoká stabilita (minimální interference se stabilitou přístroje, malá systémová chyba) a vysoká citlivost (frakcionace snižuje složitost vzorku a zlepšuje detekci proteinů s nízkým výskytem).
● Cílená proteomika PRM: Technologie cílené proteomiky s vysokým rozlišením pro selektivní detekci cílových proteinů/peptidů. Výhody: Umožňuje relativní/absolutní kvantifikaci a ověření výsledků kvantitativní proteomiky; žádné omezení protilátek, širší použitelnost než Western blot a ELISA.
Výhody
● Pokročilé vybavení: Vybavení jak konvenčními proteomickými platformami, tak pokročilými hmotnostními spektrometry s vysokou hloubkou měření (např. 4D, Astral).
● Stabilní detekce: Přísné systémy kontroly kvality zajišťují konzistentní a stabilní testovací procesy.
● Spolehlivé výsledky: Současná kvalitativní a kvantitativní analýza poskytuje relativní expresi, molekulovou hmotnost, početnost a další klíčové údaje pro každou skupinu.
● Vysoká automatizace: Automatizované systémy LC-MS umožňují rychlou analýzu a vynikající separační výkon.
Specifikace služby
| Porovnání technik necílené proteomiky | ||||
| Bez označení | DIA | TMT | ||
| Označování | NO | NO | ANO | |
| Režim skenování dat | DDA (distribuce) | DDA (distribuce) | DIA | DDA (distribuce) |
| Reprodukovatelnost | Spodní | Vysoký | Vysoký | |
| Citlivost | Spodní | Vysoký | Vysoký | |
| Multiplexování | NO | ANO | NO | ANO |
| Aplikace | Porovnání přítomnosti/nepřítomnosti proteinů | Vzorky ve velkém měřítku | Analýza různých šarží vzorků | Porovnání diferenciální exprese proteinů u stejného druhu a tkáně |
| Přesnost | ★ | ★★(4D/Astrální DlA ★★★) | ★★ | |
| Počet detekcí | ★ | ★★(4D/Astrální D|A★★★) | ★★ | |
Požadavky na vzorek
Zajímá vás, zda vaše vzorky splňují naše kritéria? Klikněte zde a získejte našenejnovější požadavky na vzorky.
Pracovní postup služby
Sběr vzorků
Extrakce proteinů
Enzymatické štěpení
Oddělení
Sběr dat
Analýza dat
Doručování dat
Kvalitativní proteomika
1. Proteinový roztok/gel: tabulka kvalitativních výsledků
2. Výsledky vyhledávání v databázi
2.1 Seznam peptidových segmentů nalezených v databázi
2.2 Seznam proteinů nalezených v databázi
2.3 Seznam modifikací nalezených v databázi (fosforylace, ubikvitinace atd.)
3. Nezpracovaná data
Kvantitativní proteomika(Bez značení/DIA/TMT)
1. Předzpracování dat
1.1 Vyhledávání v databázi proteinů
2. Analýza exprese proteinů
2.1 Analýza hlavních komponent (PCA)
2.2 Relativní směrodatná odchylka (RSD)
2.3 Trendové rozdělení K-průměrů
2.4 Hodnocení reprodukovatelnosti
2.5 Teplotní mapa exprese proteinů
3. Funkční anotace
3.1 Funkční anotace GO
3.2 Funkční anotace KEGG
3.3 Funkční anotace COG
3.4 Funkční anotace GOslim
3.5 Anotace domény struktury proteinu Pfam
4. Analýza proteinové diferenciace (biologické replikáty ≥ 3)
4.1 Výsledky diferenciální analýzy proteinů
4.2 Distribuce diferenciálních změn proteinového záhybu (FC)
4.3 Statistická analýza diferenciálního množství proteinů
4.4 Diferenciální proteinový sopkový graf
4.5 Diferenciální tepelná mapa shlukování proteinů
4.6 Funkční anotace a obohacovací analýza diferenciálních proteinových GO
4.7 Funkční anotace a obohacovací analýza diferenciálních proteinů KEGG
4.8 Funkční anotace diferenciálního proteinového COG
4.9 Analýza anotací a obohacení diferenciálních proteinů v GOslimu
4.10 Anotace a analýza obohacení domén diferenciální struktury proteinů
5. Analýza interakcí proteinových sítí
6. Anotace dráhy proteinového reaktomu
7. Predikce signálních peptidů
8. Subcelulární lokalizace proteinů
Kvantitativní proteomika(Osobní registr)
1. Výsledky kvantifikace proteinů PRM
1.1 Přehled výsledků kvantifikace
1.2 Rozložení ploch píků fragmentových iontů pro peptidové segmenty
Kvantitativní proteomika
1.Analýza exprese proteinů
↑Analýza hlavních komponent (PCA)↑Relativní směrodatná odchylka (RSD)
↑K-průměry Trendové rozdělení ↑KorelaceAanalýzaPproteinEvýrazLúrovně
↑ Teplotní mapa exprese proteinů
2. Funkční anotace
↑Funkční anotace GO↑Funkční anotace KEGG
↑ Funkční anotace COG ↑ Funkční anotace GOslim
↑ Anotace domény struktury proteinu Pfam
3.Analýza interakcí proteinových sítí
↑ Analýza interakcí proteinových sítí
4.Predikce signálních peptidů
↑ Predikce signálních peptidů
5. Subcelulární lokalizace proteinů
↑Subcelulární lokalizace proteinů
| 2025 | Apoptotické vezikuly odvozené z mezenchymálních kmenových buněk zmírňují reakce přecitlivělosti indukcí apoptózy CD8+ T buněk s přetížením vápníkem a mitochondriální dysfunkcí | Pokročilá věda |
| 2024 | Integrovaná multi-omika prokazuje zvýšenou protinádorovou účinnost | Translační onkologie |
| 2024 | Multi-omická analýza odhaluje charakteristické rysy metabolických drah podporujících Velikost plodů a barevné variace obří dýně | Mezinárodní časopis molárních věd. |
| 2024 | Profilování transkriptomu a metabolomu poskytuje nové poznatky o atrofii svalové hmoty z nečinnosti v kuřeti: Potenciální role rychlých svalových vláken | Mezinárodní časopis molárních věd. |
| 2023 | Multi-omická analýza odhaluje vliv tetracyklinu na růst kořene jílku. | Časopis o nebezpečných materiálech |
