Sekvenování bisulfitů s redukovanou reprezentací (RRBS)
Sekvenování s redukovanou reprezentací bisulfitů (RRBS) se spoléhá na obohacení oblastí bohatých na CpG ostrovy štěpením MspI a následnou selekcí fragmentů o velikosti 200-500/600 bps. V důsledku toho jsou sekvenovány pouze oblasti proximálně k CpG ostrovům, zatímco oblasti se vzdálenými CpG ostrovy jsou z analýzy vyloučeny. Tento proces v kombinaci s bisulfitovým sekvenováním umožňuje detekci methylace DNA s vysokým rozlišením a sekvenční přístup PE150 se zaměřuje konkrétně na konce inzertů, nikoli na střed, což zvyšuje účinnost profilování methylace.
Tato technika se ukázala jako cenově efektivní a účinná alternativa k sekvenování celého genomu s bisulfitovým siřičitanem (WGBS) ve výzkumu methylace DNA. WGBS sice poskytuje komplexní poznatky zkoumáním celého genomu s rozlišením jedné báze, ale jeho vysoká cena může být limitujícím faktorem. RRBS tuto výzvu strategicky zmírňuje selektivní analýzou reprezentativní části genomu. Tato metodologie je neocenitelným nástrojem, který umožňuje cenově efektivní výzkum methylace DNA a prohlubuje znalosti epigenetických mechanismů.
Funkce služby
● Sekvenování na přístroji Illumina NovaSeq.
● Vyžaduje referenční genom.
● Lambda DNA se používá k monitorování účinnosti konverze bisulfitu.
● Sleduje se také účinnost trávení MspI.
● Dvojité enzymatické štěpení rostlinných vzorků.
Výhody služby
●Cenově výhodná a efektivní alternativa k WGBSUmožňuje provádět analýzu s nižšími náklady a s nižšími požadavky na vzorek.
●Kompletní platforma:Poskytujeme komplexní služby od zpracování vzorků, přes konstrukci knihovny a sekvenování až po bioinformatickou analýzu.
●Rozsáhlé odborné znalostiMáme úspěchy v široké škále druhů. BMKGENE má více než deset let zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
Specifikace služby
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| Knihovna štěpená MspI a ošetřená bisulfitem | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85 % Konverze bisulfitu > 99 % Účinnost řezání MspI > 95 % |
Požadavky na vzorek
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) |
| |
| Genomová DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Omezená degradace nebo kontaminace |
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Analýza BI zahrnuje:
● Kontrola kvality sekvenování v surovém stavu;
● Mapování na referenční genom;
● Detekce methylovaných bází 5mC a identifikace motivu;
● Analýza distribuce methylace a srovnání vzorků;
● Analýza diferencovaně methylovaných oblastí (DMR);
● Funkční anotace genů spojených s DMR.
Kontrola kvality: účinnost trávení (při mapování genomu)
Kontrola kvality: konverze bisulfitu (při extrakci methylačních informací)
Mapa methylace: distribuce methylace 5mC v celém genomu
Porovnání vzorků: Analýza hlavních komponent
Analýza diferencovaně methylovaných oblastí (DMR): tepelná mapa
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování celého genomu bisulfitovými sekvenátory společnosti BMKGene prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Li, Z. a kol. (2022) „Vysoce přesné přeprogramování do Leydigových buněk aktivací CRISPR a parakrinními faktory“,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. a kol. (2023) „Analýza metylace DNA v celém genomu tělesného složení u čínských monozygotních dvojčat“,Evropský časopis klinického výzkumu, 53(11), str. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. a kol. (2022) „Metylace DNA a poměr obvodu pasu k obvodu boků: celoepigenomová asociační studie u čínských monozygotních dvojčat“,Časopis endokrinologického vyšetřování, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
