Snížené zastoupení bisulfitového sekvenování (RRBS)
Specifikace služby
Platforma: platforma NovaSeq, PE150
Typ knihovny: 200-400bp insert bisulfitově upravená DNA knihovna
Strategie sekvenování: Paired-End 150 bp
Doporučený datový výstup: 10 Gb nezpracovaných dat/vzorek
Vzorové požadavky
Množství DNA: ≥ 2 ug
Koncentrace DNA: ≥ 20 ng/μl.
Čistota: OD260/280 = 1,8 až 2,0 bez degradace nebo kontaminace RNA
Bioinformatická analýza
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
a.Referenční statistika zarovnání genomu
Statistika čtení mapování
Sstatistiky hloubky sekvenování a pokrytí místa C
Akumulované krytí
Dúčinnost žíhání každého vzorku
b.Detekce místa methylace
Seznam úrovní methylace v místě C
BS konverze
Methylovaný cytosin
Distribuce úrovně methylace
c.Methylační mapa
Gcelosvětový
Genome element
d.Porovnání úrovní methylace mezi vzorky
Pairwise Korelace CG metylace
PCA-CG methylace
Clesk methylace CG
d.Diferenciálně methylační analýza
Sstatistiky DMR
Distribuce délek DMR
Hjíst mapu
DDistribuce MR v cílové oblasti
