BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

Jednojaderné sekvenování RNA

Pokrok v zachycování jedné buňky a technika konstrukce individuální knihovny v kombinaci s vysoce výkonným sekvenováním umožňuje studie genové exprese na bázi buňky po buňce.Umožňuje hlubší a kompletní systémovou analýzu komplexních buněčných populací, ve které se do značné míry vyhne maskování jejich heterogenity tím, že se vezme průměr ze všech buněk.

Některé buňky však nejsou vhodné pro výrobu jednobuněčné suspenze, takže jsou nutné jiné způsoby přípravy vzorků – extrakce jádra z tkání, to znamená, že jádro je přímo extrahováno z tkání nebo buňky a připraveno na jednojadernou suspenzi pro jedno- sekvenování buněk.

BMK poskytuje službu sekvenování jednobuněčné RNA na bázi 10× Genomics ChromiumTM.Tato služba byla široce používána ve studiích studií souvisejících s nemocemi, jako je diferenciace imunitních buněk, heterogenita nádorů, vývoj tkání atd.

Prostorový transkriptomový čip: 10× Genomics

Platforma: Illumina NovaSeq Platform


Podrobnosti o službě

Bioinformatika

Výsledky ukázky

Technický princip

Izolace jader je dosaženo pomocí 10× Genomics ChromiumTM, což je osmikanálový mikrofluidní systém s dvojitým křížením.V tomto systému jsou gelové kuličky s čárovými kódy a primerem, enzymy a jediné jádro zapouzdřeny v kapce oleje o velikosti nanolitrů, čímž se vytváří gelová kulička v emulzi (GEM).Po vytvoření GEM se v každém GEM provede buněčná lýza a uvolnění čárových kódů.mRNA jsou reverzně transkribovány do molekul cDNA s 10× čárovými kódy a UMI, které dále podléhají standardní konstrukci sekvenační knihovny.

wps_doc_0
wps_doc_1

Tkáň není vhodná pro přípravu jednobuněčné suspenze

Buňka / tkáň

Důvod

Nečerstvě zmrazenou tkáň

Nelze získat nové nebo dlouho uložené organizace

Svalové buňky, megakaryocyty, tuk…

Průměr buňky je příliš velký pro vstup do přístroje

Játra…

Příliš křehké na rozbití, neschopné rozlišit jednotlivé buňky

Neuronová buňka, mozek…

Citlivější, snadno podléhající stresu, změní výsledky sekvenování

Slinivka, štítná žláza…

Bohaté na endogenní enzymy ovlivňující produkci suspenze jednotlivých buněk

Jednojádro vs jednobuněčné

Jednojádro

Jediná buňka

Neomezený průměr buňky

Průměr buňky: 10-40 μm

Materiálem může být zmrazená tkáň

Materiál musí být čerstvý tkáň

Nízký stres zmrazených buněk

Enzymová léčba může způsobit buněčnou stresovou reakci

Není třeba odstraňovat žádné červené krvinky

Je třeba odstranit červené krvinky

Nukleární vyjadřuje bioinformace

Celá buňka exprimuje bioinformace

Specifikace služby

Knihovna

Strategie sekvenování

Objem dat

Vzorové požadavky

Tkáň

10× Genomics single-nuclei library

10x Genomics -Illumina PE150

Přibližně 100 000 čtení/buňku.100-200 Gb

Počet buněk: >2×105

Buňka konc.při 700-1200 buňkách/μl

≥ 200 mg

Chcete-li získat další podrobnosti o pokynech pro přípravu vzorků a pracovním postupu služeb, neváhejte se obrátit na a

Tok servisní práce

Ukázka kontroly kvality

Návrh experimentu

dodání vzorku

Vzorová dodávka

jaderná.suspenze

Izolace jader

Příprava knihovny

Stavba knihovny

Sekvenování

Sekvenování

Analýza dat

Analýza dat

Poprodejní služby

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • wps_doc_9

    1.Shlukování skvrn

    wps_doc_10

    2. Tepelná mapa shlukování výrazu markerů

    wps_doc_113. Distribuce tvůrců genů v různých shlucích

    wps_doc_12

    4. Analýza buněčné trajektorie/pseudočas

    wps_doc_13

     

     

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: