BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

Sekvence zesíleného fragmentu specifického lokusu (SLAF-Seq)

Vysoce výkonné genotypování, zejména na velké populaci, je základním krokem v genetických asociačních studiích, které poskytují genetický základ pro objev funkčních genů, evoluční analýzu atd. Namísto hlubokého resekvenování celého genomu je sekvenování genomu se sníženou reprezentací (RRGS) ) je zaveden s cílem minimalizovat náklady na sekvenování na vzorek a zároveň zachovat rozumnou účinnost při objevování genetických markerů.Toho se běžně dosahuje extrakcí restrikčních fragmentů v daném rozsahu velikostí, který se nazývá knihovna redukované reprezentace (RRL).Sekvenování fragmentů amplifikovaných na specifickém lokusu (SLAF-Seq) je samostatně vyvinutá strategie pro genotypování SNP s nebo bez referenčního genomu.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform


Podrobnosti o službě

Výsledky ukázky

Doporučené publikace

Podrobnosti o službě

Technické schéma

111

Pracovní postup

流程图

Výhody služby

Vysoká účinnost objevování markerů- Vysoce výkonná sekvenační technologie pomáhá SLAF-Seq při objevování stovek tisíc značek v celém genomu.

Nízká závislost na genomu- Může být aplikován na druhy s referenčním genomem nebo bez něj.

Flexibilní návrh schématu- Jednoenzymové, dvouenzymové, multienzymové štěpení a různé typy enzymů, všechny lze vybrat tak, aby vyhovovaly různým výzkumným cílům nebo druhům.K zajištění optimálního návrhu enzymu se používá předběžné vyhodnocení in silico.

Efektivní enzymatické trávení- Předexperiment byl proveden za účelem optimalizace podmínek, díky čemuž je formální experiment stabilní a spolehlivý.Účinnost sběru fragmentů může dosáhnout více než 95 %.

Rovnoměrně rozmístěné značky SLAF- Tagy SLAF jsou v největší míře rovnoměrně rozmístěny ve všech chromozomech a dosahují v průměru 1 SLAF na 4 kb.

Efektivní zamezení opakování- Opakující se sekvence v datech SLAF-Seq je snížena na méně než 5 %, zejména u druhů s vysokou úrovní opakování, jako je pšenice, kukuřice atd.

Bohaté zkušenosti-Více než 2000 uzavřených projektů SLAF-Seq na stovkách druhů zahrnujících rostliny, savce, ptáky, hmyz, vodní organismy atd.

Samostatně vyvinutý bioinformatický pracovní postup- Integrovaný bioinformatický pracovní postup pro SLAF-Seq byl vyvinut společností BMKGENE, aby byla zajištěna spolehlivost a přesnost konečného výstupu.

 

Specifikace služby

 

Plošina

Konc. (ng/gl)

Celkem (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Svazek>15μl)

1,6-2,5

Poznámka: Pro předexperimentaci budou provedeny tři vzorky, každý se třemi enzymovými schématy.

Doporučená strategie sekvenování

Hloubka sekvence: 10X/Tag

Velikost genomu

Doporučené značky SLAF

< 500 Mb

100K nebo WGS

500 Mb - 1 Gb

100 tis

1 Gb - 2 Gb

200 K

Obří nebo složité genomy

300–400 tis

 

Aplikace

 

Doporučeno

Populační měřítko

 

Strategie sekvenování a hloubka

 

Hloubka

 

Označ číslo

 

GWAS

 

Číslo vzorku ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Podle

velikost genomu

 

Genetická evoluce

 

Jednotlivci každého

podskupina > 10;

celkový počet vzorků ≥ 30

 

10X

 

Doporučené doručení vzorku

Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka

U většiny vzorků doporučujeme nekonzervovat v etanolu.

Označení vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a shodné s předloženým formulářem informací o vzorku.

Zásilka: Suchý led: Vzorky je třeba nejprve zabalit do sáčků a uložit do suchého ledu.

Pracovní postup služby

Ukázka kontroly kvality
Pilotní experiment
Experiment SLAF
Příprava knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby

Ukázka kontroly kvality

Pilotní experiment

SLAF-experiment

Příprava knihovny

Sekvenování

Analýza dat

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • 1. Statistika výsledku mapy

    obrázek1

    A1

    2. Vývoj markerů SLAF

    A2

    3. Anotace variace

    A3

    Rok

    Časopis

    IF

    Titul

    Aplikace

    2022

    Příroda komunikace

    17,694

    Genomický základ giga-chromozomů a giga-genomu stromové pivoňky

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Nový fytolog

    7,433

    Stopy domestikace ukotvují genomické oblasti agronomického významu

    sójové boby

    SLAF-GWAS

    2022

    Journal of Advanced Research

    12,822

    Genomové umělé introgrese Gossypium barbadense do G. hirsutum

    odhalují vynikající lokusy pro současné zlepšení kvality bavlněných vláken a výtěžnosti

    rysy

    SLAF-Evoluční genetika

    2019

    Molekulární rostlina

    10,81

    Populační genomická analýza a De Novo Assembly odhalují původ Weedy

    Rýže jako evoluční hra

    SLAF-Evoluční genetika

    2019

    Genetika přírody

    31,616

    Sekvence genomu a genetická diverzita kapra obecného, ​​Cyprinus carpio

    Mapa spojení SLAF

    2014

    Genetika přírody

    25,455

    Genom kultivovaných arašídů poskytuje pohled na karyotypy luštěnin, polyploidní

    evoluce a domestikace plodin.

    Mapa spojení SLAF

    2022

    Plant Biotechnology Journal

    9,803

    Identifikace ST1 odhaluje selekci zahrnující stopování morfologie semen

    a obsah oleje během domestikace sóji

    Vývoj SLAF-Marker

    2022

    International Journal of Molecular Sciences

    6.208

    Identifikace a vývoj DNA markerů pro Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Dizomická chromozomová substituce

    Vývoj SLAF-Marker

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: