Sekvenování amplifikovaných fragmentů se specifickým lokusem (SLAF-Seq)
Pracovní postup
Služba má předběžný návrh in silico, aby byla zaručena optimální volba enzymů při přípravě knihovny.
Technické schéma
Funkce služby
● Sekvenování na NovaSeq s PE150.
● Příprava knihovny s dvojitým čárovým kódováním, umožňující shromažďování více než 1000 vzorků.
● Nezávisle na referenčním genomu:
S referenčním genomem: objev SNP a InDel
Bez referenčního genomu: shlukování vzorků a objevování SNP
● Vin-silicoVe fázi před návrhem se testují vícenásobné kombinace restrikčních enzymů, aby se našly ty, které generují rovnoměrné rozložení SLAF značek v genomu.
● Během předběžného experimentu jsou testovány tři kombinace enzymů ve 3 vzorcích za účelem generování 9 SLAF knihoven a tyto informace jsou použity k výběru optimální kombinace restrikčních enzymů pro daný projekt.
Výhody služby
●Objev vysoce genetických markerůIntegrujeme vysoce výkonný systém dvojitých čárových kódů, který umožňuje simultánní sekvenování velkých populací a zvyšuje účinnost amplifikace specifické pro dané místo, čímž zajišťujeme, že čísla značek splňují rozmanité požadavky různých výzkumných otázek.
● Nízká závislost na genomuLze jej aplikovat na druhy s referenčním genomem i bez něj.
●Flexibilní návrh schématuPro uspokojení různých výzkumných cílů nebo druhů lze zvolit jednoenzymové, dvouenzymové, víceenzymové štěpení a různé typy enzymů.
● Vysoká účinnost enzymatického tráveníVedeníin-silicoPředběžný návrh a předběžný experiment zajišťují optimální návrh s rovnoměrným rozložením SLAF značek na chromozomu (1 SLAF značka/4Kb) a sníženou repetitivní sekvencí (<5%).
●Rozsáhlé odborné znalostiDo každého projektu vnášíme bohaté zkušenosti a máme za sebou více než 5000 projektů SLAF-Seq na stovkách druhů, včetně rostlin, savců, ptáků, hmyzu a vodních organismů.
● Vlastní vývoj bioinformatického pracovního postupuVyvinuli jsme integrovaný bioinformatický pracovní postup pro SLAF-Seq, abychom zajistili spolehlivost a přesnost konečného výstupu.
Specifikace služby
| Typ analýzy | Doporučené populační měřítko | Strategie sekvenování | |
| Hloubka sekvence značek | Číslo štítku | ||
| Genetické mapy | 2 rodiče a >150 potomků | Rodiče: 20x WGS Potomci: 10x | Velikost genomu: <400 Mb: Doporučuje se WGS <1 GB: 100 tisíc tagů 1–2 GB: 200 tisíc tagů >2 GB: 300 tisíc tagů Max. 500 tisíc tagů |
| Celogenomové asociační studie (GWAS) | ≥200 vzorků | 10x | |
| Genetická evoluce | ≥30 vzorků, s >10 vzorky z každé podskupiny | 10x | |
Požadavky na služby
Koncentrace ≥ 5 ng/µl
Celkové množství ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarózový gel: žádná nebo jen omezená degradace či kontaminace
Doporučené dodání vzorku
Nádoba: 2ml centrifugační zkumavka
(U většiny vzorků doporučujeme neuchovávat v ethanolu.)
Označování vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a musí být identické s předloženým formulářem s informacemi o vzorku.
Doprava: Suchý led: Vzorky je třeba nejprve zabalit do pytlů a uložit do suchého ledu.
Pracovní postup služby
Kontrola kvality vzorku
Pilotní experiment
SLAF-experiment
Příprava knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Naše bioinformatická analýza zahrnuje:
Kontrola kvality dat a ořezávání dat za účelem odstranění čtení bohatých na N, čtení s adaptéry nebo čtení nízké kvality.
Druhá kontrola kvality čistých čtení pro kontrolu distribuce bází, kvality sekvencí a vyhodnocení dat, ale také pro kontrolu účinnosti digesce a získaných inzertů.
Jakmile jsou přečtené hodnoty zkontrolovány, existují dvě možnosti:
- Mapování na referenční genom
- Bez referenčního genomu: shlukování
Poté se analýza SLAF tagů použije k provedení volání variant, které pomohou s objevováním markerů: volání SNP, InDel, SNV, CV a anotace.
Distribuce SLAF značek na chromozomech:
Distribuce SNP na chromozomech:
Anotace SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X a Shi C (2023) Mapování QTL a transkriptomová analýza obsahu cukru během zrání plodůPyrus pyrifolia.Přední strana. Rostlinná věda.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikace st1 odhaluje selekci zahrnující změnu morfologie semen a obsahu oleje během domestikace sóji.Časopis o rostlinné biotechnologii, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.a kol.Sekvence genomu a genetická diverzita kapra obecného,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.a kol.Genom pěstovaných arašídů poskytuje vhled do karyotypů luštěnin, polyploidní evoluce a domestikace plodin.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Rok | Časopis | IF | Titul | Aplikace |
| 2022 | Komunikace v přírodě | 17 694 | Genomický základ gigachromozomů a gigagenomu pivoňky stromové Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nový fytolog | 7,433 | Domestikační stopy ukotvují genomické oblasti agronomického významu v sójové boby | SLAF-GWAS |
| 2022 | Časopis pokročilého výzkumu | 12 822 | Celogenomové umělé introgrese Gossypium barbadense do G. hirsutum odhalují vynikající lokusy pro současné zlepšení kvality bavlněného vlákna a výtěžnosti vlastnosti | SLAF - Evoluční genetika |
| 2019 | Molekulární rostlina | 10,81 | Analýza populačního genomu a De Novo sestavení odhalují původ plevele Rýže jako evoluční hra | SLAF - Evoluční genetika |
| 2019 | Přírodní genetika | 31,616 | Sekvence genomu a genetická diverzita kapra obecného, Cyprinus carpio | Mapa propojení SLAF |
| 2014 | Přírodní genetika | 25,455 | Genom pěstovaných arašídů poskytuje vhled do karyotypů luštěnin a polyploidních organismů. evoluce a domestikace plodin. | Mapa propojení SLAF |
| 2022 | Časopis o rostlinné biotechnologii | 9,803 | Identifikace ST1 odhaluje selekci zahrnující stopování morfologie semen a obsah oleje během domestikace sóji | Vývoj SLAF-Markeru |
| 2022 | Mezinárodní časopis molekulárních věd | 6.208 | Identifikace a vývoj DNA markerů pro pšenici Leymus mollis 2Ns (2D) Disomická chromozomální substituce | Vývoj SLAF-Markeru |
| Rok | Časopis | IF | Titul | Aplikace |
| 2023 | Hranice ve vědě o rostlinách | 6,735 | Mapování QTL a transkriptomová analýza obsahu cukru během zrání plodů Pyrus pyrifolia | Genetická mapa |
| 2022 | Časopis o rostlinné biotechnologii | 8.154 | Identifikace ST1 odhaluje selekci zahrnující stopování morfologie semen a obsahu oleje během domestikace sóji.
| Volání SNP |
| 2022 | Hranice ve vědě o rostlinách | 6,623 | Mapování celogenomových asociací fenotypů Hulless Barely v prostředí sucha.
| GWAS |
