Sekvenování celého genomu bisulfitem (WGBS)
Tato technika, založená na ošetření DNA bisulfitem za účelem indukce přeměny nemetylovaných cytosinů na uracil (C na U), přičemž metylované cytosiny zůstávají nezměněny, představuje zlatý standard pro hloubkové zkoumání metylace DNA, konkrétně páté pozice v cytosinu (5-mC), klíčovém regulátoru genové exprese a buněčné aktivity.
Tato technika nabízí rozlišení jednotlivých bází, což umožňuje vědcům komplexně prozkoumat methylom a odhalit abnormální metylační vzorce ve vzorcích. Využitím WGBS mohou vědci získat bezkonkurenční vhled do metylačních krajin v celém genomu a poskytnout tak podrobné pochopení epigenetických mechanismů, které jsou základem různých biologických procesů a onemocnění.
Funkce služby
● Sekvenování na přístroji Illumina NovaSeq.
● Vyžaduje referenční genom.
● Pro sledování účinnosti konverze bisulfitu se přidává lambda DNA.
Výhody služby
●Zlatý standard pro výzkum methylace DNATato vyspělá technologie se vyznačuje vysokou přesností a dobrou reprodukovatelností.
●Široké pokrytí a rozlišení jedné báze:Detekce metylačních míst probíhá na úrovni celého genomu.
●Kompletní platforma:Poskytujeme komplexní služby od zpracování vzorků, přes konstrukci knihovny a sekvenování až po bioinformatickou analýzu.
●Rozsáhlé odborné znalostiMáme za sebou široké spektrum dokončených projektů napříč nejrůznějšími druhy. BMKGENE nabízí více než deset let zkušeností, vysoce kvalifikovaný analytický tým, komplexní obsah a vynikající poprodejní podporu.
●Možnost zapojení se do transkriptomické analýzyUmožnění integrované analýzy WGBS s dalšími omickými daty, jako je RNA-sekvenování.
Ukázkové specifikace
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučený výstup dat | Kontrola kvality |
| Ošetřeno bisulfitem | Illumina PE150 | 30násobná hloubka | Q30 ≥ 85 % Konverze bisulfitu > 99 % |
Požadavky na vzorek
| Koncentrace (ng/µL) | Celkové množství (µg) | Další požadavky | |
| Genomová DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Omezená degradace nebo kontaminace |
Pracovní postup služby
Dodání vzorku
Extrakce DNA
Výstavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Doručování dat
Služba zahrnuje následující analýzu:
● Kontrola kvality sekvenování v surovém stavu;
● Mapování na referenční genom;
● Detekce methylovaných bází 5mC;
● Analýza distribuce methylace a anotace;
● Analýza diferencovaně methylovaných oblastí (DMR);
● Funkční anotace genů spojených s DMR.
Detekce metylace 5mC: typy metylovaných míst
Mapa methylace. Distribuce methylace 5mC v celém genomu.
Anotace vysoce metylovaných oblastí
Diferenciálně metylované oblasti: asociované geny
Diferenciálně metylované oblasti: anotace asociovaných genů (genová ontologie)
Prozkoumejte výzkumné pokroky usnadněné službami sekvenování celého genomu bisulfitovými sekvenátory společnosti BMKGene prostřednictvím kurátorsky uspořádané kolekce publikací.
Fan, Y. a kol. (2020) „Analýza profilů metylace DNA během vývoje kosterního svalstva ovcí s využitím sekvenování celého genomu bisulfitem“,Genomika BMC, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. a kol. (2022) „Nové poruchy metylace deoxyribonukleové kyseliny u pracovníků vystavených vinylchloridu“,Toxikologie a průmyslové zdraví, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. a kol. (2020) „Vztahy mezi metylací genomu, hladinami nekódujících RNA, mRNA a metabolitů v dozrávajících plodech rajčat“,Rostlinný časopis, 103(3), s. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
