16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Manteision Gwasanaeth
● Darlleniadau hir yn datgelu dilyniant hyd llawn o 16S/18S/ITS
● Galw sylfaen hynod gywir gyda dilyniannu modd PacBio CCS
● Cydraniad lefel rhywogaeth mewn anodiad OTU/ASV
● QIIME2 diweddaraf yn dadansoddi llif gyda dadansoddiadau amrywiol o ran cronfa ddata, anodi, OTU/ASV.
● Yn berthnasol i astudiaethau cymunedol microbaidd amrywiol
● Mae gan BMK brofiad helaeth gyda dros 100,000 o samplau / blwyddyn, yn cwmpasu pridd, dŵr, nwy, llaid, feces, coluddion, croen, cawl eplesu, pryfed, planhigion, ac ati.
● Hwylusodd BMKCloud ddehongli data yn cynnwys 45 o offer dadansoddi personol
Manylebau Gwasanaeth
| DilyniannuPlatfform | Llyfrgell | Data a argymhellir | Amser Turnaround |
| PacBio Sequel II | SMRT-gloch | Tagiau 5K/10K/20K | 44 Diwrnod gwaith |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Rheoli ansawdd data crai
● Clystyru OTU/Dad-sŵn (ASV)
● Anodi OTU
● Amrywiaeth Alffa
● Amrywiaeth beta
● Dadansoddiad rhwng grwpiau
● Dadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol
● Rhagfynegiad genynnau swyddogaeth
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
CanysEchdynion DNA:
| Math Sampl | Swm | Crynodiad | Purdeb |
| Echdynion DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ar gyfer samplau amgylcheddol:
| Math o sampl | Y weithdrefn samplu a argymhellir |
| Pridd | Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw. |
| Feces | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw. |
| Cynnwys berfeddol | Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP. |
| Llaid | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw |
| Corff dwr | Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint. |
| Croen | Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint. |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
1. Cyfradd anodi proffilio cymunedol microbaidd V3+V4(Illumina) yn erbyn proffilio seiliedig ar hyd llawn (PacBio).
(Cymhwyswyd data o 30 o brosiectau a ddewiswyd ar hap ar gyfer ystadegau)
2. Cyfradd anodi dilyniannu amplicon hyd llawn ar lefel rhywogaeth mewn gwahanol fathau o samplau
Dosbarthiad 3.Species
Coeden 4.Phylogenetic
Achos BMK
Mae datguddiad arsenig yn achosi difrod rhwystr berfeddol ac o ganlyniad yn actifadu echelin yr afu perfedd gan arwain at lid a pyroptosis yr afu mewn hwyaid
Cyhoeddwyd:Gwyddoniaeth yr Amgylchedd Cyfanswm,2021
Strategaeth ddilyniannu:
Samplau: Rheolaeth yn erbyn 8 mg/kg grŵp agored ATO
Cynnyrch data dilyniannu: 102,583 o ddilyniannau CCS amrwd i gyd
Rheolaeth: 54,518 ± 747 CCS effeithiol
ATO-agored : 45,050 ± 1675 CCS effeithiol
Canlyniadau allweddol
Amrywiaeth alffa:Newidiodd amlygiad ATO gyfoeth microbaidd berfeddol ac amrywiaeth yr hwyaid yn sylweddol.
Dadansoddiad metastats:
Ar lefel ffylwm: 2 ffyla bacteriol wedi'u canfod mewn grwpiau rheoli yn unig
Yn lefel genws: canfuwyd 6 genera yn sylweddol wahanol mewn digonedd cymharol
O ran lefel y rhywogaeth: nodwyd cyfanswm o 36 o rywogaethau, gyda 6 ohonynt yn sylweddol wahanol o ran niferoedd adfywiol
Cyfeiriad
Thingholm, LB , et al.“Mae Unigolion Gordew sydd â Diabetes Math 2 a hebddynt yn Dangos Gallu a Chyfansoddiad Swyddogaethol Microbaidd Gwahanol y Perfedd.”Gwesteiwr Cell a Microb26.2(2019).
