Genomeg Gymharol
Manteision Gwasanaeth
● Pecyn dadansoddiadau cynhwysfawr, yn cynnwys yr wyth dadansoddiad mwyaf cyffredin sydd eu hangen
● Dibynadwyedd uchel wrth ddadansoddi gyda dehongliad manwl a hawdd ei ddeall o'r canlyniadau
● Ffigurau parod i'w cyhoeddi wedi'u dylunio'n dda
● Mae tîm biowybodeg tra medrus yn bodloni gofynion dadansoddi personol amrywiol
● Amser troi byrrach gyda chywirdeb uwch wrth ddadansoddi
● Profiad helaeth gyda dros 90 o achosion llwyddiannus gyda ffactor effaith cronnus wedi'i gyhoeddi o dros 900
Manylebau Gwasanaeth
| Amcangyfrif o amser troi o gwmpas | Nifer y rhywogaethau | Dadansoddiadau |
| 30 diwrnod gwaith | 6 - 12 | Clystyru teulu genynnau Teulu genynnau ehangu a chrebachu Adeiladu coed ffylogenetig Amcangyfrif amser dargyfeirio (angen graddnodi ffosil) Amser mewnosod LTR (Ar gyfer planhigion) Dyblygu genom cyfan (Ar gyfer planhigion) Pwysau dethol Dadansoddiad synteny |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Teulu genynnau
● Ffylogeneteg
● Amser dargyfeirio
● Pwysau dethol
● Dadansoddiad synteny
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
Meinwe neu DNA ar gyfer dilyniannu a chydosod genom
Am Meinwe
| Rhywogaeth | Meinwe | Arolwg | PacBio CCS |
| Anifail | Meinwe visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Meinwe cyhyrau | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| gwaed mamaliaid | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Gwaed dofednod/pysgod | |||
| Planhigyn | Deilen Ffres | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal/Coesyn | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Gwraidd/Had | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Celloedd | Cell ddiwylliedig | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Ffeiliau dilyniant genom (. fasta) a ffeiliau anodi (. Gff3) o rywogaethau sy'n perthyn yn agos
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
*Daw'r canlyniadau demo a ddangosir yma o genomau a gyhoeddwyd gyda Biomarker Technologies
Amcangyfrif amser mewnosod 1.LTR: Mae'r ffigur yn dangos dosbarthiad bimodal unigryw mewn amseroedd mewnosod LTR-RTs yn genom rhyg Weining, o'i gymharu â rhywogaethau eraill.Ymddangosodd y brig diweddaraf tua 0.5 miliwn o flynyddoedd yn ôl.
Li Guang et al.,Geneteg Natur, 2021
2. Ffylogeni a dadansoddiad teulu genynnau ar chayote (Sechium edule) : Trwy ddadansoddi chayote a'r 13 rhywogaeth arall sy'n gysylltiedig yn y teulu genynnau, canfuwyd bod Chayote yn perthyn agosaf i gourd neidr (Trichosanthes anguina).Chayote sy'n deillio o gourd neidr mewn tua 27-45 Mya a gwelwyd dyblygu genom cyfan (WGD) mewn chayote yn 25±4 Mya, sef y trydydd digwyddiad WGD mewn cucuibitaceae.
Fu A et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Dadansoddiad 3.Synteny: Canfuwyd rhai genynnau sy'n gysylltiedig â ffytohormonau wrth ddatblygu ffrwythau mewn chayote, cicaion neidr a sboncen.Mae'r gydberthynas rhwng chayote a sboncen ychydig yn uwch na'r gydberthynas rhwng chayote a cicaion neidr.
Fu A et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Dadansoddiad teulu 4.Gene: dangosodd cyfoethogi KEGG ar ehangu a chrebachiad teulu genynnau mewn genomau G.thurberi a G.davidsonii fod biosynthesis steroid a genynnau biosynthesis brassinosteroid yn cael eu hehangu.
Yang Z et al.,Bioleg BMC, 2021
Dadansoddiad dyblygu genom 5.Whole: Dangosodd dadansoddiad dosbarthiad 4DTV a Ks ddigwyddiad dyblygu genom cyfan.Roedd copaon o fewnrywogaethau yn dangos digwyddiadau dyblygu.Roedd uchafbwyntiau rhyngrywogaeth yn dangos digwyddiadau rhywogaethau rhywogaethau.Dangosodd y dadansoddiad bod cymharu â'r tair rhywogaeth arall sydd â chysylltiad agos, O. europaea wedi mynd trwy ddyblygiad genynnau ar raddfa fawr yn fwy diweddar.
Rao G et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Achos BMK
Rhosyn heb bigiad: mewnwelediadau genomig sy'n gysylltiedig ag addasu lleithder
Cyhoeddwyd: Adolygiad Gwyddoniaeth Cenedlaethol, 2021
Strategaeth ddilyniannu:
'Basye'sDi-drain' (R.Wichurainan) genom:
Tua.93 X PacBio + tua.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Canlyniadau allweddol
1. Adeiladwyd genom R.wichuraiana o ansawdd uchel gan ddefnyddio technegau dilyniannu darllen hir, sy'n cynhyrchu cynulliad o 530.07 Mb (maint y genom amcangyfrifedig oedd tua 525.9 Mb yn ôl cytometreg llif a 525.5 yn ôl arolwg genom; Heterosygosity oedd tua 1.03%).Sgôr amcangyfrifedig BUSCO oedd 93.9%.O gymharu â “Hen gochi” (haploOB), cadarnhawyd ansawdd a chyflawnrwydd y genom hwn gan gywirdeb sylfaen un sylfaen a mynegai cynulliad LTR (LAI = 20.03).Mae genom R.wichuraiana yn cynnwys 32,674 o enynnau codio protein.
Datgelodd dadansoddiad ar y cyd 2.Multi-omics, sy'n cynnwys genomeg gymharol, trawsgrifomeg, dadansoddiad QTL o boblogaeth enetig, y rhywogaethau hanfodol rhwng R. wichuraiana a Rosa chinensis.Hefyd, roedd amrywiad mynegiant genynnau cysylltiedig yn QTL yn debygol o fod yn gysylltiedig â phatrymau pigo coesyn.
Datgelodd dadansoddiad genomeg cymharol rhwng Basye;s Thornless a Rosa chinensis gan gynnwys dadansoddiad synteny, clwstwr teulu genynnau, ehangu a dadansoddiad crebachu, nifer fawr o amrywiadau, a oedd yn ymwneud â nodweddion hanfodol mewn rhosod.Roedd yr ehangiad unigryw yn nheulu genynnau NAC a FAR1/FRS yn debygol iawn o fod yn gysylltiedig ag ymwrthedd i smotyn du.
Dadansoddiad genomeg cymharol rhwng genomau BT a haploOB.
Zhong, M. , et al.“Rhosyn heb bigiad: mewnwelediadau genomig yn gysylltiedig ag addasu lleithder”Adolygiad Gwyddoniaeth Cenedlaethol, 2021;, nwab092.
