BMKCloud Log in
条形 baner-03

Cynhyrchion

Dilyniant mRNA hyd llawn -PacBio

De novodilyniannu trawsgrifiad hyd llawn, a elwir hefyd ynDe novoMae Iso-Seq yn cymryd manteision dilyniannydd PacBio o ran hyd darllen, sy'n galluogi dilyniannu moleciwlau cDNA hyd llawn heb unrhyw doriadau.Mae hyn yn llwyr osgoi unrhyw wallau a gynhyrchir yn y camau cydosod trawsgrifio ac yn adeiladu setiau unigene gyda chydraniad lefel isoform.Mae'r set unigene hwn yn darparu gwybodaeth enetig bwerus fel "genom cyfeirio" ar lefel trawsgrifiad.Yn ogystal, gan gyfuno â data dilyniannu cenhedlaeth nesaf, mae'r gwasanaeth hwn yn galluogi meintioliad cywir o fynegiant lefel isoform.

Llwyfan: PacBio Sequel II
Llyfrgell: llyfrgell gloch SMRT

  • :
  • Manylion Gwasanaeth

    Canlyniadau Demo

    Astudiaeth Achos

    Manteision Gwasanaeth

    2

    ● Darlleniad uniongyrchol o foleciwl cDNA hyd llawn o 3'- pen i ben 5'-

    ● Cydraniad lefel iso-ffurf yn strwythur dilyniant

    ● Trawsgrifiadau gyda chywirdeb a chywirdeb uchel

    ● Hynod gydnaws i rywogaethau vaiours

    ● Capasiti dilyniannu mawr gyda 4 platfform dilyniannu PacBio Sequel II wedi'u cyfarparu

    ● Profiadol iawn gyda dros 700 o brosiectau dilyniannu RNA yn seiliedig ar Pacbio

    ● Cyflwyno canlyniadau seiliedig ar BMKCloud: Mwyngloddio data wedi'i deilwra ar gael ar y platfform.

    ● Gwasanaethau ôl-werthu yn ddilys am 3 mis ar ôl cwblhau'r prosiect

    Manylebau Gwasanaeth

    Llwyfan: PacBio Sequel II

    Llyfrgell ddilyniannu: Llyfrgell mRNA poly A-gyfoethog

    Cynnyrch data a argymhellir: 20 Gb/sampl (yn dibynnu ar rywogaethau)

    FLNC (%) : ≥75%

    *FLNC: trawsgrifiadau hyd llawn anchimerig

    Dadansoddiadau biowybodeg

    ● Prosesu data amrwd
     
    ● Adnabod trawsgrifiad
     
    ● Strwythur dilyniant
     
    ● Meintioli Mynegiant
     
    ● Anodi Swyddogaeth

    pacbio hyd llawn

    Gofynion Sampl a Chyflenwi

    Gofynion Sampl:

    Niwcleotidau:

    Conc.(ng/μl)

    Swm (μg)

    Purdeb

    Uniondeb

    ≥ 120

    ≥ 0.6

    OD260/280=1.7-2.5

    OD260/230=0.5-2.5

    Dangosir halogiad protein neu DNA cyfyngedig neu ddim o gwbl ar y gel.

    Ar gyfer planhigion: RIN≥7.5;

    Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥8.0;

    5.0≥ 28S/18S≥1.0;

    drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

    Meinwe: Pwysau (sych):≥1 g
    * Ar gyfer meinwe llai na 5 mg, rydym yn argymell anfon sampl meinwe wedi'i rewi â fflach (mewn nitrogen hylifol).

    Ataliad cell:Cyfrif celloedd = 3×106- 1×107
    * Rydym yn argymell llongio lysate cell wedi'i rewi.Rhag ofn bod y gell honno'n cyfrif llai na 5 × 105, argymhellir fflach wedi'i rewi mewn nitrogen hylifol, sy'n well ar gyfer echdynnu micro.

    Samplau gwaed:Cyfrol≥1 mL

    Micro-organeb:Màs ≥ 1 g

    Cyflwyno Sampl a Argymhellir

    Cynhwysydd:
    Tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
    Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3;B1, B2, B3......

    Cludo:

    1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
    2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

    Llif Gwaith Gwasanaeth

    Sampl QC

    Dyluniad arbrawf

    cyflwyno sampl

    Cyflwyno sampl

    Arbrawf peilot

    echdynnu RNA

    Paratoi Llyfrgell

    Adeiladu llyfrgell

    Dilyniannu

    Dilyniannu

    Dadansoddi data

    Dadansoddi data

    Gwasanaethau ar ôl gwerthu

    Gwasanaethau ôl-werthu


  • Pâr o:
  • Nesaf:

  • Dosbarthiad hyd 1.FLNC

    Mae hyd y darlleniad anchimerig hyd llawn (FLNC) yn dynodi hyd cDNA wrth adeiladu llyfrgelloedd.Mae dosbarthiad hyd FLNC yn ddangosydd hanfodol wrth werthuso ansawdd adeiladu llyfrgelloedd.

    mRNA-FLNC-darllen-hyd-dosbarthiad

    Dosbarthiad hyd darllen FLNC

    2.Complete dosbarthiad hyd rhanbarth ORF

    Rydym yn defnyddio TransDecoder i ragfynegi rhanbarthau codio protein a dilyniannau asid amino cyfatebol i gynhyrchu setiau unigene, sy'n cynnwys gwybodaeth trawsgrifiad cyflawn nad yw'n ddiangen ym mhob sampl.

    mRNA-Cyflawn-ORF-hyd-dosbarthiad

    Cwblhau dosbarthiad hyd rhanbarth ORF

    Dadansoddiad cyfoethogi llwybr 3.KEGG

    Gellir nodi trawsgrifiadau a fynegir yn wahaniaethol (DETs) trwy alinio data dilyniannu RNA yn seiliedig ar NGS ar setiau trawsgrifiadau hyd llawn a gynhyrchir gan ddata dilyniannu PacBio.Gellir prosesu'r DETs hyn ymhellach ar gyfer dadansoddiadau swyddogaethol amrywiol, ee dadansoddiad cyfoethogi llwybr KEGG.

    mRNA-DEG-KEGG-llwybr-cyfoethogi

    Cyfoethogi llwybr DET KEGG - Plot dot

    Achos BMK

    Mae dynameg datblygiadol trawsgrifiad coesyn Populus

    Cyhoeddwyd: Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion, 2019

    Strategaeth ddilyniannu:
    Casgliad sampl:rhanbarthau bôn: apex, internode cyntaf (IN1), ail internod (IN2), trydydd internod (IN3), internode (IN4) ac internode (IN5) o Nanlin895
    Dilyniant NGS:Cyfunwyd RNA o 15 o unigolion fel un sampl biolegol.Proseswyd tri atgynhyrchiad biolegol o bob pwynt ar gyfer dilyniant NGS
    Dilyniant TGS:Rhannwyd rhanbarthau coesyn yn dri rhanbarth, hy apex, IN1-IN3 ac IN4-IN5.Proseswyd pob rhanbarth ar gyfer dilyniannu PacBio gyda phedwar math o lyfrgelloedd: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb a 3-10 kb.

    Canlyniadau allweddol

    1. Nodwyd cyfanswm o 87150 o drawsgrifiadau hyd llawn, lle nodwyd 2081 o isofformau newydd a 62058 o isoformau sbleis amgen newydd.
    Nodwyd 2.1187 lncRNA a 356 o enynnau ymasiad.
    3.O dwf cynradd i dwf eilaidd, adnabuwyd 15838 o drawsgrifiadau a fynegwyd yn wahaniaethol o 995 o enynnau a fynegwyd yn wahaniaethol.Ym mhob DEG, roedd 1216 yn ffactorau trawsgrifio, ac nid yw'r rhan fwyaf ohonynt wedi'u hadrodd eto.
    Datgelodd dadansoddiad cyfoethogi 4.GO bwysigrwydd rhaniad celloedd a phroses lleihau ocsidiad mewn twf cynradd ac uwchradd.

    • PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

      Digwyddiadau splicing amgen a gwahanol isoformau

    • PB-llawn-hyd-RNA-amgen-splicing

      Dadansoddiad WGCNA ar ffactorau trawsgrifio

    Cyfeiriad

    Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Mae dynameg datblygiadol trawsgrifiad coesyn Populus.Biotechnol Planhigion J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958

    cael dyfynbris

    Ysgrifennwch eich neges yma a'i hanfon atom

    Anfonwch eich neges atom: