BMKCloud Mewngofnodi

Cynhyrchion

Dilyniant mRNA hyd llawn -PacBio

Dilyniant mRNA hyd llawn - Delwedd dan Sylw PacBio

Er bod dilyniannu mRNA yn seiliedig ar NGS yn arf amlbwrpas ar gyfer mesur mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei ddefnydd mewn dadansoddiadau trawsgrifio cymhleth. Ar y llaw arall, mae dilyniannu PacBio (Iso-Seq) yn defnyddio technoleg darllen hir, gan alluogi dilyniannu trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o splicing amgen, ymasiadau genynnau, ac aml-adynyliad. Fodd bynnag, mae dewisiadau eraill ar gyfer meintioli mynegiant genynnau oherwydd y swm uchel o ddata sydd ei angen. Mae technoleg dilyniannu PacBio yn dibynnu ar ddilyniant moleciwlaidd sengl, amser real (SMRT), gan ddarparu mantais amlwg wrth ddal trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull arloesol hwn yn cynnwys defnyddio tonnau-dywysydd modd sero (ZMWs) a ffynhonnau micro-fabricated sy'n galluogi arsylwi amser real ar weithgaredd DNA polymeras yn ystod dilyniannu. O fewn y ZMWs hyn, mae polymeras DNA PacBio yn syntheseiddio llinyn cyflenwol o DNA, gan gynhyrchu darlleniadau hir sy'n rhychwantu trawsgrifiadau mRNA yn eu cyfanrwydd. Mae gweithrediad PacBio yn y modd dilyniannu Consensws Cylchlythyr (CCS) yn gwella cywirdeb trwy ddilyniannu'r un moleciwl dro ar ôl tro. Mae cywirdeb y darlleniadau HiFi a gynhyrchir yn debyg i NGS, gan gyfrannu ymhellach at ddadansoddiad cynhwysfawr a dibynadwy o nodweddion trawsgrifio cymhleth.

Llwyfan: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau dan Sylw

Nodweddion

● synthesis cDNA o mRNA poly-A wedi'i ddilyn gan baratoi'r llyfrgell

● Dilyniannu yn y modd CCS, gan gynhyrchu darlleniadau HiFi

● Dilyniannu'r trawsgrifiadau hyd llawn

● Nid yw'r dadansoddiad yn gofyn am genom cyfeirio; fodd bynnag, gall fod yn gyflogedig

● Mae dadansoddiad biowybodus yn galluogi dadansoddi trawsgrifiadau isoform lncRNA, ymasiadau genynnau, poly-adenylation, a strwythur genynnau

Manteision Gwasanaeth

●Cywirdeb Uchel: Mae HiFi yn darllen gyda chywirdeb > 99.9% (Q30), sy'n debyg i NGS

● Dadansoddiad Arwydd Amgen: mae dilyniannu'r trawsgrifiadau cyfan yn galluogi adnabod a nodweddu isoform

●Arbenigedd helaeth: gyda hanes o gwblhau dros 1100 o brosiectau trawsgrifio hyd llawn PacBio a phrosesu dros 2300 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.

●Cefnogaeth Ôl-werthu: mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Llyfrgell

Strategaeth ddilyniannu

Argymhellir data

Rheoli Ansawdd

PolyA cyfoethogi mRNA llyfrgell CCS

PacBio Sequel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

C30≥85%

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

● Planhigion:

Gwraidd, Coesyn neu Petal: 450 mg

Deilen neu Had: 300 mg

Ffrwythau: 1.2 g

● Anifail:

Calon neu Berfedd: 300 mg

Viscera neu Ymennydd: 240 mg

Cyhyr: 450 mg

Esgyrn, Gwallt neu Groen: 1g

● Arthropodau:

pryfed: 6g

Cramenogion: 300 mg

● Gwaed cyfan: 1 tiwb

● Celloedd: 10⁶celloedd

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Cyfyngedig neu ddim halogiad protein neu DNA a ddangosir ar gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥7.5;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd: Tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)

Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Cludo:

1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.

2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Dyluniad arbrawf

Cyflwyno sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: Dilyniannu mRNA ewcaryotig-NGS

Nesaf: Dilyniannu mRNA Hyd Llawn-Nanopor

Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:

● Rheoli ansawdd data crai

● Dadansoddiad Amgen Polyadenylation (APA)

● Dadansoddiad trawsgrifiad Cyfuno

● Dadansoddiad Arwydd Amgen

● Meincnodi Dadansoddiad Orthologau Copi Sengl Cyffredinol (BUSCO).

● Dadansoddiad trawsgrifiad nofel: rhagfynegiad o ddilyniannau codio (CDS) ac anodi swyddogaethol

● dadansoddiad lncRNA: rhagfynegi lncRNA a thargedau

● Adnabod MicroSatelite (SSR)

Dadansoddiad BUSCO

Dadansoddiad Amgen o Sbeisio

Dadansoddiad Polyadyleiddiad Amgen (APA)

Anodi swyddogaethol o drawsgrifiadau newydd

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu mRNA hyd llawn BMKGene Nanopore yn y cyhoeddiad hwn dan sylw.

Ma, Y. et al. (2023) 'Dadansoddiad cymharol o ddulliau dilyniannu RNA PacBio ac ONT ar gyfer adnabod gwenwyn Nemopilema Nomurai', Genomeg, 115(6), t. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dynameg datblygiadol trawsgrifiad coesyn Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), tt. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Newidiadau Dynamig mewn Cynnwys Asid Ascorbig yn ystod Datblygiad ac Aeddfediad Ffrwythau Actinidia latifolia (Cnwd Ffrwythau Cyfoethog Ascorbate) a'r Mecanweithiau Moleciwlaidd Cysylltiedig', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), t. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Rhagfynegiad effeithiol o genynnau llwybr biosynthetig sy'n ymwneud â polyffyllinau bioactif ym Mharis polyffylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), tt. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Mae Liu, M. et al. (2023) 'Dadansoddiad Cyfun PacBio Iso-Seq ac Illumina RNA-Seq o'r Trawsgrifiad Tuta absoluta (Meyrick) a'r Cytocrom P450 Genynnau', Pryfed, 14(4), t. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Arolwg o gymhlethdod trawsgrifio gan ddefnyddio dadansoddiad amser real un moleciwl PacBio wedi'i gyfuno â dilyniannu RNA Illumina i gael gwell dealltwriaeth o fiosynthesis asid ricinoleic yn Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), tt. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.