Mewngofnodi BMKCloud

Cynhyrchion

Dilyniannu mRNA Hyd Llawn-Nanopore

Dilyniannu mRNA Hyd Llawn - Delwedd Nodwedd Nanopore

Er bod dilyniannu mRNA sy'n seiliedig ar NGS yn offeryn amlbwrpas ar gyfer mesur mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei effeithiolrwydd mewn dadansoddiadau trawsgrifiadol cymhleth. Ar y llaw arall, mae dilyniannu nano-fandyllau yn defnyddio technoleg darllen hir, gan alluogi dilyniannu trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o ysbeilio amgen, cyfuno genynnau, poly-adenylation, a mesur isoffurfiau mRNA.

Mae dilyniannu nanobandwll, dull sy'n dibynnu ar signalau trydanol amser real moleciwl sengl nanobandwll, yn darparu canlyniadau mewn amser real. Wedi'i arwain gan broteinau modur, mae DNA llinyn dwbl yn rhwymo i broteinau nanobandwll sydd wedi'u hymgorffori mewn biofilm, gan ddad-ddirwyn wrth iddo basio trwy'r sianel nanobandwll o dan wahaniaeth foltedd. Mae'r signalau trydanol nodedig a gynhyrchir gan wahanol fasau ar y llinyn DNA yn cael eu canfod a'u dosbarthu mewn amser real, gan hwyluso dilyniannu niwcleotid cywir a pharhaus. Mae'r dull arloesol hwn yn goresgyn cyfyngiadau darllen byr ac yn darparu llwyfan deinamig ar gyfer dadansoddi genomig cymhleth, gan gynnwys astudiaethau trawsgrifio cymhleth, gyda chanlyniadau ar unwaith.

Platfform: Nanopore PromethION 48

Cysylltwch â Ni

Manylion y Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau Dethol

Nodweddion

● Cipio mRNA poly-A ac yna synthesis cDNA a pharatoi llyfrgell

● Dilyniannu'r trawsgrifiadau llawn

● Dadansoddiad biowybodegol yn seiliedig ar aliniad â genom cyfeirio

● Mae dadansoddiad biowybodegol nid yn unig yn cynnwys mynegiant ar lefel genynnau ac isoformau ond hefyd dadansoddiad o lncRNA, cyfuno genynnau, poly-adenylation a strwythur genynnau

Manteision Gwasanaeth

●Mesur mynegiant ar lefel yr isoform: galluogi dadansoddiad mynegiant manwl a chywir, gan ddatgelu newid a allai gael ei guddio wrth ddadansoddi'r mynegiant genynnau cyfan

●Gofynion Data Llai:O'i gymharu â Dilyniannu'r Genhedlaeth Nesaf (NGS), mae dilyniannu Nanopore yn arddangos gofynion data is, gan ganiatáu ar gyfer lefelau cyfatebol o ddirlawnder meintioli mynegiant genynnau gyda data llai.

●Cywirdeb uwch o ran meintioli mynegiant: ar lefel genynnau ac isoformau

●Adnabod gwybodaeth drawsgrifiadol ychwanegol: polyadenylation amgen, genynnau cyfuno ac lcnRNA a'u genynnau targed

●Arbenigedd helaethMae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect, ar ôl cwblhau dros 850 o brosiectau trawsgriftom hyd llawn Nanopore a phrosesu dros 8,000 o samplau.

●Cymorth Ôl-WerthuMae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Llyfrgell	Strategaeth dilyniannu	Data a argymhellir	Rheoli Ansawdd
Poly A wedi'i gyfoethogi	Nanopore PromethION 48	6/12 Gb	Sgôr ansawdd cyfartalog: C10

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

Crynodiad (ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Halogiad protein na DNA cyfyngedig neu ddim halogiad o gwbl i'w weld ar y gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥7.0;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

uchder gwaelodlin cyfyngedig neu ddim uchder gwaelodlin

● Planhigion:

Gwreiddyn, Coesyn neu Betal: 450 mg

Dail neu Hadau: 300 mg

Ffrwyth: 1.2 g

● Anifail:

Calon neu Goluddion: 300 mg

Ymennydd neu'r Organau: 240 mg

Cyhyr: 450 mg

Esgyrn, Gwallt neu Groen: 1g

● Arthropodau:

Pryfed: 6g

Cramenogion: 300 mg

● Gwaed cyflawn1 tiwb

● Celloedd: 10⁶celloedd

Dosbarthu Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd: tiwb allgyrchu 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)

Labelu sampl: Grŵp+atgynhyrchu e.e. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Cludo:

1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn iâ sych.

2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (e.e. RNAstable®) a'u cludo ar dymheredd ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Niwcleotidau:

Dosbarthu sampl

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Llif Gwaith Gwasanaeth

Meinwe:

Dyluniad arbrawf

Dosbarthu sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Blaenorol: Dilyniannu mRNA hyd llawn -PacBio

Nesaf: Dilyniannu Genom Cyfan Planhigion/Anifeiliaid

● Prosesu data crai

● Adnabod trawsgrifiad

● Ysbleisio amgen

● Mesur mynegiant ar lefel genynnau a lefel isoform

● Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol

● Anodiad a chyfoethogi ffwythiannau (DEGs a DETs)

Dadansoddiad clytio amgen Dadansoddiad Polyadenylation Amgen (APA)

rhagfynegiad lncRNA

Anodiad o enynnau newydd

Clwstrio DETs

Rhwydweithiau Protein-Protein mewn DEGs

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu mRNA hyd llawn Nanopore BMKGene trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.

Gong, B. et al. (2023) 'Gweithrediad epigenetig a thrawsgrifiadol y kinase secretory FAM20C fel oncogene mewn glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), tt. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

He, Z. et al. (2023) 'Mae dilyniannu trawsgrifiad llawn lymffocytau yn ymateb i IFN-γ yn datgelu ymateb imiwnedd â sgîl-Th1 mewn lleden (Paralichthys olivaceus)', Imiwnoleg Pysgod a Physgod Cregyn, 134, t. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Dadansoddiad cymharol o ddulliau dilyniannu RNA PacBio ac ONT ar gyfer adnabod gwenwyn Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), t. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Mae dadansoddiad nano-seq yn datgelu gwahanol dueddiadau swyddogaethol rhwng exosomau a microfesiglau sy'n deillio o hUMSC', Ymchwil a Therapi Celloedd Stam, 14(1), tt. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.