De novo Cynulliad Genom Ffwngaidd
Mae BMKGENE yn cynnig atebion amlbwrpas ar gyfer genomau ffwngaidd, gan ddarparu ar gyfer anghenion ymchwil amrywiol a chyflawnrwydd genom dymunol. Mae defnyddio dilyniannu Illumina darllen byr yn unig yn caniatáu cynhyrchu genom drafft. Mae dilyniannau darllen byr a darllen hir gan ddefnyddio Nanopore neu Pacbio yn cael eu cyfuno ar gyfer genom ffwngaidd mwy mireinio gyda contigau hirach. At hynny, mae integreiddio dilyniannu Hi-C yn gwella'r galluoedd ymhellach, gan alluogi cyflawni genom lefel cromosom cyflawn.
Nodweddion Gwasanaeth
Gyda thri opsiwn posibl i ddewis ohonynt yn dibynnu ar y graddau dymunol o gyflawnder genom:
● Opsiwn Genom Drafft: Dilyniant darllen byr gydag Illumina NovaSeq PE150.
● Opsiwn Genom Gain Ffwngaidd:
Arolwg Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Cynulliad Genom: PacBio Refio (HiFi yn darllen) neu Nanopore PromethION 48.
● Genom ffwngaidd lefel cromosom:
Arolwg Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Cynulliad Genom: PacBio Refio (HiFi yn darllen) neu Nanopore PromethION 48.
Contig yn angori gyda chynulliad Hi-C.
Manteision Gwasanaeth
●Strategaethau Dilyniannu Lluosog Ar Gael: Ar gyfer gwahanol nodau ymchwil a gofynion cyflawnder genom
●Llif Gwaith Biowybodeg Cyflawn:Mae hyn yn cynnwys cydosod genom a rhagfynegi elfennau genomig lluosog, anodi genynnau swyddogaethol, ac angori contig.
●Arbenigedd helaeth: Gyda dros 12,000 o genomau microbaidd wedi'u hymgynnull, rydym yn dod â dros ddegawd o brofiad, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chefnogaeth ôl-werthu ardderchog.
●Cefnogaeth Ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
Manylebau Gwasanaeth
| Gwasanaeth | Strategaeth Dilyniant | Rheoli Ansawdd |
| Genom drafft | Illumina PE150 100x | C30≥85% |
| Genom Gain | Arolwg genom: Illumina PE150 50 x Cynulliad: PacBio HiFi 30x neu Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb （Pacbio Ungellog） contig N50 ≥2Mb （ONT Ungellog） contig N50 ≥500kb （Eraill） |
| Genom lefel cromosom | Arolwg genom: Illumina PE150 50 x Cynulliad: PacBio HiFi 30x neu Nanopore 100x Cynulliad Hi-C 100x | Cymhareb angori contig> 90%
|
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad (ng/µL) | Cyfanswm (µg) | Cyfrol (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Ffwng Ungellog: ≥3.5x1010 celloedd
Ffwng Macro: ≥10 g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
Arolwg Genom:
- Dilyniannu rheoli ansawdd data
- Amcangyfrif genom: maint, heterosygosity, elfennau ailadroddus
Cynulliad Genom Gain:
- Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
- De novoCymanfa
- Dadansoddiad Cydran Genom: Rhagfynegiad o CDS ac elfennau genomig lluosog
- Anodi swyddogaethol gyda chronfeydd data cyffredinol lluosog (GO, KEGG, ac ati) a chronfeydd data uwch (CARD, VFDB, ac ati)
Cynulliad Hi-C:
- Asesiad Llyfrgell Hi-C.
- Contigs angori clystyru, archebu a chyfeiriannu
- Gwerthusiad o'r Cynulliad HI-C: Yn seiliedig ar genom cyfeirio a map gwres
Arolwg genom: dosbarthiad k-mer
Cydosod genom: anodiad homologaidd genyn (cronfa ddata NR)
Cydosod genom: anodi genynnau swyddogaethol (GO)
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau cydosod genomau ffwngaidd BMKGene trwy gasgliad o gyhoeddiadau wedi'u curadu.
Hao, J. et al. (2023) 'Proffilio omig integredig o'r madarch meddyginiaethol Inonotus obliquus o dan amodau tanddwr',Genomeg BMC, 24(1), tt 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FFIGURAU/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Mae dilyniannu genom yn datgelu esblygiad a mecanweithiau pathogenig y pathogen llygad miniog gwenith Rhizoctonia cerealis',Y Cyfnodolyn Cnwd, 11(2), tt. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Adnoddau Genom ar gyfer Pedair Rhywogaeth Clarireedia sy'n Achosi Smotyn Doler ar Glaswellt Amrywiol',Clefyd Planhigion, 107(3), tt. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Tystiolaeth Genetig a Moleciwlaidd o System Paru Tetrapolar yn y Madarch Bwytadwy Grifola frondosa',Cylchgrawn Ffyngau, 9(10), t. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
