Cynulliad Genome Seiliedig ar Hi-C
Mae Hi-C yn ddull a gynlluniwyd i gofnodi cyfluniad cromosomau trwy gyfuno rhyngweithiadau sy'n seiliedig ar agosrwydd archwiliol a dilyniannu trwybwn uchel. Credir bod dwyster y rhyngweithiadau hyn yn gysylltiedig yn negyddol â phellter corfforol ar gromosomau. Felly, defnyddir data Hi-C i arwain clystyru, trefnu a chyfeirio dilyniannau wedi'u cydosod mewn genom drafft ac angori'r rheini ar nifer penodol o gromosomau. Mae'r dechnoleg hon yn grymuso cydosod genom ar lefel cromosom yn absenoldeb map genetig sy'n seiliedig ar boblogaeth. Mae angen Hi-C ar bob genom sengl.
Nodweddion y Gwasanaeth
● Dilyniannu ar Illumina NovaSeq gyda PE150.
● Mae'r gwasanaeth yn gofyn am samplau meinwe, yn lle asidau niwclëig wedi'u tynnu, i groesgysylltu â fformaldehyd a chadw'r rhyngweithiadau DNA-protein.
● Mae'r arbrawf Hi-C yn cynnwys cyfyngu ac atgyweirio pennau gludiog gyda biotin, ac yna cylchdroi'r pennau pŵl sy'n deillio o hyn wrth gadw'r rhyngweithiadau. Yna caiff y DNA ei dynnu i lawr gyda gleiniau streptavidin a'i buro ar gyfer paratoi llyfrgell wedi hynny.
Manteision Gwasanaeth
Trosolwg o Hi-C
(Lieberman-Aiden E ac eraill,Gwyddoniaeth, 2009)
●Dileu'r Angen am Ddata Poblogaeth Genetig:Mae Hi-C yn amnewid y wybodaeth hanfodol sydd ei hangen ar gyfer angori contig.
●Dwysedd marciwr uchel:gan arwain at gymhareb angori contig uchel uwchlaw 90%.
●Arbenigedd helaeth a chofnodion cyhoeddi:Mae gan BMKGene brofiad helaeth gyda mwy na 2000 o achosion o Gydosod Genom Hi-C o 1000 o wahanol rywogaethau ac amrywiol batentau. Mae gan dros 200 o achosion cyhoeddedig ffactor effaith cronnus o dros 2000.
●Tîm biowybodeg medrus iawn:gyda phatentau mewnol a hawlfreintiau meddalwedd ar gyfer arbrofion Hi-C a dadansoddi data, mae'r feddalwedd data delweddu a ddatblygwyd ganddyn nhw eu hunain yn galluogi symud, gwrthdroi, dirymu ac ailwneud blociau â llaw.
●Cymorth Ôl-Werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
●Anodiad CynhwysfawrRydym yn defnyddio cronfeydd data lluosog i anodi'r genynnau gydag amrywiadau a nodwyd yn swyddogaethol a chynnal y dadansoddiad cyfoethogi cyfatebol, gan ddarparu mewnwelediadau i brosiectau ymchwil lluosog.
Manylebau Gwasanaeth
| Paratoi llyfrgell | Strategaeth dilyniannu | Allbwn data a argymhellir | Rheoli ansawdd |
| Llyfrgell Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Gofynion Sampl
| Meinwe | Swm gofynnol |
| Organau Anifeiliaid | ≥ 2 g |
| Cyhyr Anifeiliaid | |
| Gwaed Mamaliaid | ≥ 2 mL |
| Gwaed Dofednod/Pysgod | |
| Planhigyn - Dail Ffres | ≥ 3 g |
| Celloedd wedi'u Diwyllio | ≥ 1x107 |
| Pryfed | ≥ 2 g |
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Dosbarthu sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
1) QC data crai
2) QC llyfrgell Hi-C: amcangyfrif rhyngweithiadau Hi-C dilys
3) Cynulliad Hi-C: clystyru contigau mewn grwpiau, ac yna trefnu contigau o fewn pob grŵp a neilltuo cyfeiriadedd contigau
4) Gwerthusiad Hi-C
QC Llyfrgell Hi-C – amcangyfrif parau rhyngweithio dilys Hi-C
Cynulliad Hi-C – ystadegau
Gwerthusiad ôl-ymgynnull – map gwres o ddwyster signal rhwng biniau
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau cydosod Hi-C BMKGene trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Tian, T. et al. (2023) 'Cydosod genom a dyrannu genetig germplasm corn amlwg sy'n gwrthsefyll sychder', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), tt. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Cynulliad ar Raddfa Cromosom o Genom Gwenynen Fêl Asiaidd Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, t. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Datgelu esblygiad biosynthesis alcaloid tropan drwy ddadansoddi dau genom yn y teulu Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), tt. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Mae Genomau'r Goeden Banyan a'r Gwenynen Beilliwr yn Rhoi Mewnwelediad i Gyd-esblygiad Ffig-Gwenynen', Cell, 183(4), tt. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
