Cynulliad Genom wedi'i seilio ar Hi-C
Manteision Gwasanaeth
Trosolwg o Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Gwyddoniaeth, 2009)
● Dim angen adeiladu poblogaeth enetig ar gyfer angori contig;
● Dwysedd marciwr uwch yn arwain at gymhareb angori contigs uwch yn uwch na 90%;
● Galluogi gwerthuso a chywiriadau ar gynulliadau genom presennol;
● Amser troi byrrach gyda chywirdeb uwch mewn cydosod genom;
● Profiad helaeth gyda dros 1000 o lyfrgelloedd Hi-C wedi'u hadeiladu ar gyfer dros 500 o rywogaethau;
● Dros 100 o achosion llwyddiannus gyda ffactor effaith cronnus wedi'i gyhoeddi o dros 760;
● Cynulliad genom seiliedig ar Hi-C ar gyfer genom polyploid, cyflawnwyd cyfradd angori 100% yn y prosiect blaenorol;
● Patentau mewnol a hawlfreintiau meddalwedd ar gyfer arbrofion Hi-C a dadansoddi data;
● Meddalwedd tiwnio data delweddedig hunanddatblygedig, sy'n galluogi symud blociau â llaw, bacio, dirymu ac ail-wneud.
Manylebau Gwasanaeth
|
Math o Lyfrgell
|
Platfform | Darllen Hyd | Argymell Strategaeth |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Rheoli ansawdd data crai
● Rheoli ansawdd llyfrgell Hi-C
● Cynulliad genom seiliedig ar Hi-C
● Gwerthusiad ar ôl y gwasanaeth
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
| Anifail | Ffwng | Planhigion
|
| Meinwe wedi'i rewi: 1-2g fesul llyfrgell Celloedd: 1x 10^7 cell fesul llyfrgell | Meinwe wedi'i rewi: 1g y llyfrgell | Meinwe wedi'i rewi: 1-2g fesul llyfrgell
|
| *Rydym yn argymell yn gryf eich bod yn anfon o leiaf 2 aliquot (1 g yr un) ar gyfer yr arbrawf Hi-C. | ||
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Ar gyfer y rhan fwyaf o samplau, rydym yn argymell peidio â chadw mewn ethanol.
Labelu sampl: Mae angen i samplau gael eu labelu'n glir ac yn union yr un fath â'r ffurflen gwybodaeth sampl a gyflwynwyd.
Cludo: Rhew sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Cyflwyno sampl
Echdynnu DNA
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
*Daw'r canlyniadau demo a ddangosir yma o genomau a gyhoeddwyd gyda Biomarker Technologies
Map gwres rhyngweithio 1.Hi-C oCamptotheca acuminatagenom.Fel y dangosir ar y map, mae dwyster y rhyngweithiadau yn cydberthyn yn negyddol â'r pellter llinol, sy'n dangos cydosodiad lefel cromosom hynod gywir.(cymhareb angori: 96.03%)
Kang M et al.,Cyfathrebu Natur, 2021
Hwylusodd 2.Hi-C ddilysu gwrthdroadau rhwngGossypium hirsutumL. TM-1 A06 aG. arborewmChr06
Yang Z et al.,Cyfathrebu Natur, 2019
3.Cynulliad a gwahaniaethu biallelic o'r genom casafa SC205.Map gwres Hi-C yn dangos hollt clir mewn cromosomau homologaidd.
Hu W et al.,Planhigyn Moleciwlaidd, 2021
Map gwres 4.Hi-C ar gynulliad genom dwy rywogaeth Ficus:F.microcarpa(cymhareb angori: 99.3%) aF.hispida (cymhareb angori: 99.7%)
Zhang X et al.,Cell, 2020
Achos BMK
Mae Genomau'r Goeden Banyan a Chacwn Peillio yn Rhoi Mewnwelediad I Gyd-esblygiad Cainc Fig
Cyhoeddwyd: Cell, 2020
Strategaeth ddilyniannu:
F. microcarpa genom: tua.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: tua.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: tua.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Canlyniadau allweddol
1.Crëwyd dau genom coed banyan ac un genom gwenyn meirch peillio gan ddefnyddio dilyniant PacBio, Hi-C a map cysylltu.
(1)F. microcarpagenom: Sefydlwyd cynulliad o 426 Mb (97.7% o faint amcangyfrifedig genom) gyda contig N50 o 908 Kb, sgôr BUSCO o 95.6%.Cafodd cyfanswm o 423 Mb o ddilyniannau eu hangori i 13 cromosom gan Hi-C.Rhoddodd anodiad genom 29,416 o enynnau codio protein.
(2)F. Hispidagenom: Cafwyd cynnyrch o 360 Mb (97.3% o faint amcangyfrifedig y genom) gyda contig N50 o 492 Kb a sgôr BUSCO o 97.4%.Angorwyd cyfanswm o ddilyniannau 359 Mb ar 14 cromosom gan Hi-C ac yn union yr un fath â map cysylltu dwysedd uchel.
(3)Eupristina verticillatagenom: Sefydlwyd cynulliad o 387 Mb (Maint genom amcangyfrifedig: 382 Mb) gyda contig N50 o 3.1 Mb a sgôr BUSCO o 97.7%.
Datgelodd dadansoddiad genomeg 2.Comparative nifer fawr o amrywiadau strwythur rhwng dauFicusgenomau, a ddarparodd adnodd genetig amhrisiadwy ar gyfer astudiaethau esblygiad ymaddasol.Darparodd yr astudiaeth hon, am y tro cyntaf, fewnwelediad i gyd-esblygiad gwenyn meirch ar lefel genomig.
 Diagram circos ar nodweddion genomig dauFicusgenomau, gan gynnwys cromosomau, dyblygiadau segmentol (SDs), trawsbonau (LTR, TEs, DNA TEs), mynegiant genynnau a synteni |  Adnabod y cromosom Y a genyn ymgeisydd penderfyniad rhyw |
Zhang, X. , et al.“Mae genomau’r Goeden Banyan a Chacwn Peillio yn Rhoi Mewnwelediad i Gyd-esblygiad Ffig-Wasp.”Cell 183.4(2020).
