Dilyniant hir di-godio-Illumina

Dilyniant hir di-godio-Delwedd dan Sylw Illumina

Mae RNAs di-godio hir (lncRNAs) yn fath o foleciwlau RNA gyda hyd yn fwy na 200 nt, sy'n cael eu nodweddu gan botensial codio hynod o isel.Mae LncRNA, fel aelod allweddol mewn RNAs di-godio, i'w gael yn bennaf mewn cnewyllyn a phlasma.Mae'r datblygiad mewn technoleg dilyniannu a biowybodeg yn galluogi adnabod nifer o lncRNAs newydd ac yn cysylltu'r rhai â swyddogaethau biolegol.Mae tystiolaeth gronnus yn awgrymu bod lncRNA yn ymwneud yn eang â rheoleiddio epigenetig, rheoleiddio trawsgrifio a rheoleiddio ôl-drawsgripsiwn.

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Astudiaeth Achos

Manteision Gwasanaeth

● Manteision Gwasanaeth

● Cellog a meinwe benodol

● Mae cam penodol yn mynegi ac yn cyflwyno newid mynegiant deinamig

● Patrymau manwl gywir o fynegiant amser a gofod

● Dadansoddiad ar y cyd â data mRNA.

● Cyflwyno canlyniadau seiliedig ar BMKCloud: Mwyngloddio data wedi'i deilwra ar gael ar y platfform.

● Gwasanaethau ôl-werthu yn ddilys am 3 mis ar ôl cwblhau'r prosiect

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Llyfrgell	Platfform	Data a argymhellir	Data QC
disbyddiad rRNA	Illumina PE150	10 Gb	C30≥85%

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Dangosir halogiad protein neu DNA cyfyngedig neu ddim o gwbl ar y gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥6.5;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

Niwcleotidau:

Meinwe: Pwysau (sych): ≥1 g

* Ar gyfer meinwe llai na 5 mg, rydym yn argymell anfon sampl meinwe wedi'i rewi â fflach (mewn nitrogen hylifol).

Ataliad celloedd: Cyfrif celloedd = 3×10⁷
* Rydym yn argymell llongio lysate cell wedi'i rewi.Rhag ofn bod y gell honno'n cyfrif llai na 5 × 10⁵, argymhellir fflach wedi'i rewi mewn nitrogen hylifol.

Samplau gwaed:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRizol a 2mL gwaed (TRIzol: Gwaed = 3:1)

Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Cludo:
1.Dry-iâ: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
Tiwbiau 2.RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Dyluniad arbrawf

Cyflwyno sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: Dilyniant RNA bach-Illumina

Nesaf: Dilyniannu-Illumina mRNA nad yw'n seiliedig ar gyfeiriadau

Biowybodeg

Dosbarthiad 1.LncRNA

Dosbarthwyd LncRNA a ragwelwyd gan y pedwar meddalwedd uchod yn 4 categori: lincRNA, gwrth-synnwyr-LncRNA, intronic-LncRNA;synnwyr-LncRNA.Dangoswyd dosbarthiad LncRNA yn yr histogram isod.

LncRNA-dosbarthiad

Dosbarthiad LncRNA

2.Cis-targedu genynnau dadansoddiad cyfoethogi DE-lncRNA

Cyflogwyd ClusterProfiler mewn dadansoddiad cyfoethogi GO ar enynnau cis-targedu o lncRNA (DE-lncRNA) a fynegwyd yn wahaniaethol, o ran prosesau biolegol, swyddogaethau moleciwlaidd a chydrannau cellog.Mae dadansoddiad cyfoethogi GO yn broses i nodi termau GO wedi'u cyfoethogi'n sylweddol wedi'u cyfeirio at DEG o'u cymharu â genom cyfan.Cyflwynwyd y termau cyfoethog mewn histogram, siart swigen, ac ati fel y dangosir isod.

Cis-targedu-genynnau-o-DE-lncRNA-cyfoethogi-dadansoddiad--Siart swigen Genynnau cis-targedu dadansoddiad cyfoethogi DE-lncRNA - Siart swigen

3. Trwy gymharu hyd, rhif exon, ORF a swm mynegiant mRNA a lncRNA, gallwn ddeall y gwahaniaethau mewn strwythur, dilyniant ac yn y blaen rhyngddynt, a hefyd wirio a yw'r lncRNA newydd a ragfynegir gennym ni yn cydymffurfio â'r nodweddion cyffredinol.

Achos BMK

Proffil mynegiant lncRNA wedi'i ddadreoleiddio yn adenocarcinomas ysgyfaint y llygoden gyda threiglad KRAS-G12D a knockout P53

Cyhoeddwyd:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019

Strategaeth ddilyniannu

Illumina

Casgliad sampl

Cafwyd y celloedd NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) a chelloedd rheolaeth negyddol (sh-Scr) ar ddiwrnod 6 o haint firaol penodol.

Canlyniadau allweddol

Mae'r astudiaeth hon yn ymchwilio i'r lncRNAs a fynegwyd yn afreolus yn adenocarsinoma ysgyfaint y llygoden gyda churiad P53 a threiglad KrasG12D.
Mynegwyd 1.6424 lncRNAs yn wahaniaethol (≥ newid deublyg, P < 0.05).
2.Ymhlith pob un o'r 210 lncRNAs (FC≥8), roedd mynegiant 11 lncRNAs 'ei reoleiddio gan P53, 33 lncRNAs gan KRAS a 13 lncRNAs gan hypocsia yn y celloedd KP cynradd, yn y drefn honno.
Canfuwyd 3.NONMMUT015812, a gafodd ei uwch-reoleiddio'n rhyfeddol yn adenocarcinoma ysgyfaint y llygoden a'i reoleiddio'n negyddol gan yr ail-fynegiant P53, i ddadansoddi ei swyddogaeth gellog.
Gostyngodd 4.Knockdown o NONMMUT015812 gan shRNAs amlhau a galluoedd mudo celloedd KP.Roedd NONMMUT015812 yn oncogene posibl.

PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

Dadansoddiad llwybr KEGG o'r genynnau a fynegwyd yn wahaniaethol yng nghelloedd KP NONMMUT015812-knockdown

Dadansoddiad Ontoleg Genynnau o'r genynnau a fynegwyd yn wahaniaethol yng nghelloedd KP NONMMUT015812-knockdown

Cyfeiriad

Proffil mynegiant lncRNA wedi'i ddadreoleiddio yn adenocarcinomas ysgyfaint y llygoden gyda threiglad KRAS-G12D a knockout P53[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584