Dilyniannu Metagenomig (NGS)
Manteision Gwasanaeth
ØYnysu ac amaethu-rhad ac am ddim ar gyfer proffilio cymunedol microbaidd
ØCydraniad uchel wrth ganfod rhywogaethau isel eu niferoedd mewn samplau amgylcheddol
ØMae'r syniad o “meta-” yn integreiddio'r holl nodweddion biolegol ar lefel swyddogaethol, lefel rhywogaeth a lefel genynnau, sy'n adlewyrchu safbwynt deinamig sy'n agosach at realiti.
ØMae BMK yn cronni profiad enfawr mewn mathau amrywiol o samplau gyda thros 10,000 o samplau wedi'u prosesu.
Manylebau Gwasanaeth
| DilyniannuPlatfform | Llyfrgell | Cynnyrch data a argymhellir | Amcangyfrif o amser troi o gwmpas |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Tagiau 50K/100K/300K | 30 Diwrnod |
Dadansoddiadau biowybodeg
üRheoli ansawdd data crai
üCydosod metagenom
üSet genynnau nad ydynt yn cael eu defnyddio ac anodi
üDadansoddiad amrywiaeth rhywogaethau
üDadansoddiad amrywiaeth swyddogaeth enetig
üDadansoddiad rhwng grwpiau
üDadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
CanysEchdynion DNA:
| Math Sampl | Swm | Crynodiad | Purdeb |
| Echdynion DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ar gyfer samplau amgylcheddol:
| Math o sampl | Y weithdrefn samplu a argymhellir |
| Pridd | Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw. |
| Feces | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw. |
| Cynnwys y berfedd | Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP. |
| Llaid | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw |
| Corff dwr | Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint. |
| Croen | Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint. |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
1.Histogram: Dosbarthiad rhywogaethau
Genynnau 2.Functional wedi'u hanodi i lwybrau metabolaidd KEGG
Map 3.Heat: Swyddogaethau gwahaniaethol yn seiliedig ar ddigonedd genynnau cymharol
4.Circos o genynnau ymwrthedd gwrthfiotig CARD
Achos BMK
Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof
Cyhoeddwyd:Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 2021
Strategaeth ddilyniannu:
Deunyddiau:Detholiadau DNA o bedwar darn o samplau sy'n gysylltiedig â gwreiddiau mangrof: pridd heb ei blannu, rhisosffer, adrannau episffer ac endosffer
Llwyfan: Illumina HiSeq 2500
Targedau: Metagenome
16S rRNA genyn V3-V4 rhanbarth
Canlyniadau allweddol
Proseswyd dilyniannu metagenomig a phroffilio metabarcod ar gontinwwm gwreiddiau pridd glasbrennau mangrof er mwyn astudio lledaeniad genynnau ymwrthedd gwrthfiotig (ARGs) o bridd i blanhigion.Datgelodd data metagenomig fod 91.4% o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig yn gyffredin ym mhob un o’r pedair adran bridd a grybwyllwyd uchod, a oedd yn dangos ffasiwn barhaus.Cynhyrchodd dilyniannu amplicon rRNA 16S 29,285 o ddilyniannau, yn cynrychioli 346 o rywogaethau.Gan gyfuno â phroffilio rhywogaethau trwy ddilyniannu amplicon, canfuwyd bod y lledaeniad hwn yn annibynnol ar ficrobiota sy'n gysylltiedig â gwreiddiau, fodd bynnag, gellid ei hwyluso gan symudol o elfennau genetig.Nododd yr astudiaeth hon lif ARGs a phathogenau o'r pridd i'r planhigion trwy gontinwwm rhyng-gysylltiedig rhwng gwreiddiau'r pridd.
Cyfeiriad
Wang, C. , Hu, R. , Cryf, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof.Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 408, 124985.
