Dilyniannu Metagenomig -NGS
Mae metagenom yn gasgliad o gyfanswm deunydd genetig cymuned gymysg o organebau, fel metagenomau amgylcheddol a dynol. Mae'n cynnwys genomau o ficro-organebau y gellir eu tyfu a'r rhai na ellir eu tyfu. Mae dilyniannu metagenomig gwn saethu gyda NGS yn galluogi astudio'r tirweddau genomig cymhleth hyn sydd wedi'u hymgorffori mewn samplau amgylcheddol trwy ddarparu mwy na phroffilio tacsonomig, gan roi mewnwelediadau manwl hefyd i amrywiaeth rhywogaethau, dynameg helaethrwydd, a strwythurau poblogaeth cymhleth. Y tu hwnt i astudiaethau tacsonomig, mae metagenomig gwn saethu hefyd yn cynnig persbectif genomig swyddogaethol, gan alluogi archwilio genynnau wedi'u hamgodio a'u rolau tybiedig mewn prosesau ecolegol. Yn olaf, mae sefydlu rhwydweithiau cydberthynas rhwng elfennau genetig a ffactorau amgylcheddol yn cyfrannu at ddealltwriaeth gyfannol o'r rhyngweithio cymhleth rhwng cymunedau microbaidd a'u cefndir ecolegol. I gloi, mae dilyniannu metagenomig yn sefyll fel offeryn allweddol ar gyfer datrys cymhlethdodau genomig cymunedau microbaidd amrywiol, gan oleuo'r berthnasoedd amlochrog rhwng geneteg ac ecoleg o fewn yr ecosystemau cymhleth hyn.
Llwyfannau: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
Manteision Gwasanaeth
●Dull Ynysu a Thyfu Heb Ei Ddefnyddio ar gyfer Proffilio Cymuned MicrobaiddGalluogi dilyniannu deunydd genetig o organebau na ellir eu tyfu.
●Datrysiad UchelCanfod rhywogaethau niferus iawn mewn samplau amgylcheddol.
●Dadansoddiad Biowybodeg Cynhwysfawr:Yn canolbwyntio nid yn unig ar amrywiaeth tacsonomig ond hefyd ar amrywiaeth swyddogaethol y gymuned.
●Profiad Helaeth:Gyda hanes o gwblhau nifer o brosiectau metagenomeg yn llwyddiannus mewn amrywiol feysydd ymchwil a phrosesu dros 200,000 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.
Manylebau Gwasanaeth
| Platfform dilyniannu | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir | Rheoli ansawdd |
| Illumina NovaSeq neu DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad (ng/µL) | Cyfanswm (ng) | Cyfaint (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Pridd/slwtsh: 2-3g
● Cynnwys berfeddol - anifail: 0.5-2g
● Cynnwys y coluddyn - pryfed: 0.1-0.25g
● Wyneb y planhigyn (gwaddod wedi'i gyfoethogi): 0.5-1g
● Gwaddod wedi'i gyfoethogi â broth eplesu): 0.2-0.5g
● Ysgarthion (anifeiliaid mawr): 0.5-2g
● Ysgarthion (llygoden): 3-5 grawn
● Hylif golchi alfeolaidd ysgyfeiniol: papur hidlo
● Swab fagina: 5-6 swab
● Swab croen/rheol organau cenhedlu/poer/meinwe meddal y geg/swab ffaryngol/swab rectwm: 2-3 swab
● Micro-organeb arwyneb: 5-6 swab
● Corff dŵr/aer/bioffilm: papur hidlo
● Endoffytau: 2-3g
● Plac Deintyddol: 0.5-1g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dosbarthu sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
● Rheoli ansawdd data dilyniannu
● Cydosod metagenome a rhagfynegi genynnau
● Anodiad genynnau
● Dadansoddiad amrywiaeth alffa tacsonomig
● Dadansoddiad swyddogaethol o'r gymuned: swyddogaeth fiolegol, metabolig, ymwrthedd i wrthfiotigau
● Dadansoddiad o amrywiaeth swyddogaethol a thacsonomig:
Dadansoddiad amrywiaeth beta
Dadansoddiad rhyng-grŵp
Dadansoddiad cydberthynas: rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth OUT
Dadansoddiad swyddogaethol: ymwrthedd gwrthfiotig CARD
Dadansoddiad gwahaniaethol o lwybrau metabolaidd KEGG: map gwres o lwybrau arwyddocaol
Amrywiaeth alffa dosbarthiad tacsonomig: mynegai ACE
Amrywiaeth beta dosbarthiad tacsonomig: PCoA
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu metagenome BMKGene gydag Illumina trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Hai, Q. et al. (2023) 'Dadansoddiad metagenomig a metabolomig o newidiadau yng nghynnwys berfeddol brithyll yr enfys (Oncorhynchus mykiss) sydd wedi'i heintio â firws necrosis hematopoietig heintus ar dymheredd dŵr diwylliant gwahanol',Ffiniau mewn Microbioleg, 14, t. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Cymunedau microbaidd, genynnau ymwrthedd, a risgiau ymwrthedd mewn llynnoedd trefol o wahanol gyflyrau troffig: Cysylltiadau mewnol a dylanwadau allanol',Cylchgrawn Datblygiadau Deunyddiau Peryglus, 9, t. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Datgelodd Dadansoddiad Metagenomig Wahaniaethau mewn Cyfansoddiad a Swyddogaeth Rhwng Micro-organebau sy'n Gysylltiedig â Hylif a Micro-organebau sy'n Gysylltiedig â Solet mewn Rwmen Defaid',Ffiniau mewn Microbioleg, 13, t. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mae microbiota sy'n deillio o fochyn Ningxiang gordew yn ailweirio metaboledd carnitin i hyrwyddo dyddodiad asid brasterog cyhyrau mewn moch DLY main',Yr Arloesedd, 4(5), t. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Mewnwelediadau metagenomig i'r risgiau posibl o blastig bio/an-ddiraddadwy cynrychioliadol a malurion di-blastig yn rhannau uchaf ac isaf Aber Haihe, Tsieina',Gwyddoniaeth yr Amgylchedd Cyfan, 887, t. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
