●Dull Ynysu a Thyfu ar gyfer Proffilio Cymunedol Microbaidd: Galluogi dilyniant deunydd genetig o organebau na ellir ei drin.
●Cydraniad uchel: Canfod rhywogaethau canolbwynt isel mewn samplau amgylcheddol.
●Dadansoddiad biowybodeg cynhwysfawr:Yn canolbwyntio nid yn unig ar amrywiaeth tacsonomig ond hefyd ar amrywiaeth swyddogaethol y gymuned.
●Profiad helaeth:Gyda hanes o gau prosiectau metagenomeg lluosog yn llwyddiannus mewn amryw o barthau ymchwil a phrosesu dros 200,000 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.
Llwyfan Dilyniannu | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir | Rheoli Ansawdd |
Illumina novaseq neu dnbseq-t7 | PE150 | 6-20GB | C30≥85% |
Crynodiad | Cyfanswm (ng) | Gyfaint |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Pridd/slwtsh: 2-3g
● Cynnwys berfeddol-animal: 0.5-2g
● Cynnwys berfeddol-Sect: 0.1-0.25g
● Arwyneb planhigion (gwaddod wedi'i gyfoethogi): 0.5-1g
● gwaddod wedi'i gyfoethogi cawl eplesu): 0.2-0.5g
● Baw (anifeiliaid mawr): 0.5-2g
● Baw (Llygoden): 3-5grwm
● Hylif Lavage alfeolaidd yr ysgyfaint: Papur hidlo
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● Swab croen/organau cenhedlu/poer/meinwe meddal llafar/swab pharyngeal/swab rhefrol: 2-3 swabiau
● Micro-organeb arwyneb: 5-6 Swabs
● Dŵr/aer/bioffilm: papur hidlo
● endoffytau: 2-3g
● Plac deintyddol: 0.5-1g
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
● Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
● Cynulliad metagenome a rhagfynegiad genynnau
● Anodi Gene
● Dadansoddiad amrywiaeth alffa tacsonomig
● Dadansoddiad swyddogaethol o'r gymuned: swyddogaeth fiolegol, metabolaidd, ymwrthedd gwrthfiotig
● Dadansoddiad ar amrywiaeth swyddogaethol a thacsonomig:
Dadansoddiad Amrywiaeth Beta
Dadansoddiad rhyng-grŵp
Dadansoddiad Cydberthynas: Rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth allan
Dadansoddiad Swyddogaethol: Gwrthiant Gwrthfiotig Cerdyn
Dadansoddiad gwahaniaethol o lwybrau metabolaidd kegg: map gwres llwybrau arwyddocaol
Amrywiaeth Alpha Dosbarthiad Tacsonomig: Mynegai ACE
Beta Amrywiaeth Dosbarthiad Tacsonomig: PCOA
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan wasanaethau dilyniannu metagenome BMKGENE gydag Illumina trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Hai, Q. et al. (2023) 'Dadansoddiad metagenomig a metabolig o newidiadau yng nghynnwys berfeddol brithyll seithliw (Oncorhynchus mykiss) wedi'i heintio â firws necrosis hematopoietig heintus ar wahanol ddiwylliant tymereddau dŵr',Ffiniau mewn microbioleg, 14, t. 1275649. DOI: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Cymunedau microbaidd, genynnau gwrthiant, a risgiau gwrthsefyll mewn llynnoedd trefol o wahanol wladwriaethau troffig: cysylltiadau mewnol a dylanwadau allanol',Journal of Heryglus Deunyddiau Datblygiadau, 9, t. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Datgelodd dadansoddiad metagenomig wahaniaethau mewn cyfansoddiad a swyddogaeth rhwng micro-organebau sy'n gysylltiedig â hylif ac sy'n gysylltiedig â solid o rwmen defaid',Ffiniau mewn microbioleg, 13, t. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mae microbiota microbiota sy'n deillio o fochyn ningxiang yn ailweirio metaboledd carnitine i hyrwyddo dyddodiad asid brasterog cyhyrau mewn moch dly heb lawer o fraster',Yr arloesi, 4 (5), t. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Mewnwelediadau metagenomig i risgiau posibl bio/malurion plastig a di-blastig cynrychioliadol Bio/anadferadwy yn rhannau uchaf ac isaf yr aber Haihe, China',Gwyddoniaeth Cyfanswm yr Amgylchedd, 887, t. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.