Dilyniant metagenomig -ngs
Mae metagenome yn gasgliad o gyfanswm deunydd genetig cymuned gymysg o organebau, megis metagenomau amgylcheddol a dynol. Mae'n cynnwys genomau o ficro -organebau y gellir eu trin ac na ellir eu trin. Mae dilyniant metagenomig gwn gyda NGS yn galluogi astudio’r tirweddau genomig cymhleth hyn sydd wedi’u hymgorffori mewn samplau amgylcheddol trwy ddarparu mwy na phroffilio tacsonomig, gan roi mewnwelediadau gronynnog hefyd i amrywiaeth rhywogaethau, dynameg digonedd, a strwythurau poblogaeth cymhleth. Y tu hwnt i astudiaethau tacsonomig, mae metagenomeg gwn saethu hefyd yn cynnig persbectif genomeg swyddogaethol, gan alluogi archwilio genynnau wedi'u hamgodio a'u rolau tybiedig mewn prosesau ecolegol. Yn olaf, mae sefydlu rhwydweithiau cydberthynas rhwng elfennau genetig a ffactorau amgylcheddol yn cyfrannu at ddealltwriaeth gyfannol o'r cydadwaith cymhleth rhwng cymunedau microbaidd a'u cefndir ecolegol. I gloi, mae dilyniant metagenomig yn sefyll fel offeryn canolog ar gyfer datgelu cymhlethdodau genomig cymunedau microbaidd amrywiol, gan oleuo'r perthnasoedd amlochrog rhwng geneteg ac ecoleg o fewn yr ecosystemau cymhleth hyn.
Llwyfannau: Illumina Novaseq a DNBSEQ-T7
Manteision gwasanaeth
●Dull Ynysu a Thyfu ar gyfer Proffilio Cymunedol Microbaidd: Galluogi dilyniant deunydd genetig o organebau na ellir ei drin.
●Cydraniad uchel: Canfod rhywogaethau canolbwynt isel mewn samplau amgylcheddol.
●Dadansoddiad biowybodeg cynhwysfawr:Yn canolbwyntio nid yn unig ar amrywiaeth tacsonomig ond hefyd ar amrywiaeth swyddogaethol y gymuned.
●Profiad helaeth:Gyda hanes o gau prosiectau metagenomeg lluosog yn llwyddiannus mewn amryw o barthau ymchwil a phrosesu dros 200,000 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.
Manylebau Gwasanaeth
| Llwyfan Dilyniannu | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir | Rheoli Ansawdd |
| Illumina novaseq neu dnbseq-t7 | PE150 | 6-20GB | C30≥85% |
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad | Cyfanswm (ng) | Gyfaint |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Pridd/slwtsh: 2-3g
● Cynnwys berfeddol-animal: 0.5-2g
● Cynnwys berfeddol-Sect: 0.1-0.25g
● Arwyneb planhigion (gwaddod wedi'i gyfoethogi): 0.5-1g
● gwaddod wedi'i gyfoethogi cawl eplesu): 0.2-0.5g
● Baw (anifeiliaid mawr): 0.5-2g
● Baw (Llygoden): 3-5grwm
● Hylif Lavage alfeolaidd yr ysgyfaint: Papur hidlo
● Swab Vaginal: 5-6 Swabs
● Swab croen/organau cenhedlu/poer/meinwe meddal llafar/swab pharyngeal/swab rhefrol: 2-3 swabiau
● Micro-organeb arwyneb: 5-6 Swabs
● Dŵr/aer/bioffilm: papur hidlo
● endoffytau: 2-3g
● Plac deintyddol: 0.5-1g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
● Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
● Cynulliad metagenome a rhagfynegiad genynnau
● Anodi Gene
● Dadansoddiad amrywiaeth alffa tacsonomig
● Dadansoddiad swyddogaethol o'r gymuned: swyddogaeth fiolegol, metabolaidd, ymwrthedd gwrthfiotig
● Dadansoddiad ar amrywiaeth swyddogaethol a thacsonomig:
Dadansoddiad Amrywiaeth Beta
Dadansoddiad rhyng-grŵp
Dadansoddiad Cydberthynas: Rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth allan
Dadansoddiad Swyddogaethol: Gwrthiant Gwrthfiotig Cerdyn
Dadansoddiad gwahaniaethol o lwybrau metabolaidd kegg: map gwres llwybrau arwyddocaol
Amrywiaeth Alpha Dosbarthiad Tacsonomig: Mynegai ACE
Beta Amrywiaeth Dosbarthiad Tacsonomig: PCOA
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan wasanaethau dilyniannu metagenome BMKGENE gydag Illumina trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Hai, Q. et al. (2023) 'Dadansoddiad metagenomig a metabolig o newidiadau yng nghynnwys berfeddol brithyll seithliw (Oncorhynchus mykiss) wedi'i heintio â firws necrosis hematopoietig heintus ar wahanol ddiwylliant tymereddau dŵr',Ffiniau mewn microbioleg, 14, t. 1275649. DOI: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Cymunedau microbaidd, genynnau gwrthiant, a risgiau gwrthsefyll mewn llynnoedd trefol o wahanol wladwriaethau troffig: cysylltiadau mewnol a dylanwadau allanol',Journal of Heryglus Deunyddiau Datblygiadau, 9, t. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Datgelodd dadansoddiad metagenomig wahaniaethau mewn cyfansoddiad a swyddogaeth rhwng micro-organebau sy'n gysylltiedig â hylif ac sy'n gysylltiedig â solid o rwmen defaid',Ffiniau mewn microbioleg, 13, t. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mae microbiota microbiota sy'n deillio o fochyn ningxiang yn ailweirio metaboledd carnitine i hyrwyddo dyddodiad asid brasterog cyhyrau mewn moch dly heb lawer o fraster',Yr arloesi, 4 (5), t. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Mewnwelediadau metagenomig i risgiau posibl bio/malurion plastig a di-blastig cynrychioliadol Bio/anadferadwy yn rhannau uchaf ac isaf yr aber Haihe, China',Gwyddoniaeth Cyfanswm yr Amgylchedd, 887, t. 164026. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
