page_head_bg

Cynhyrchion

Dilyniannu Metagenomig (NGS)

Mae metagenome yn cyfeirio at gasgliad o ddeunydd genetig cyfan o gymuned gymysg o organebau, megis metagenom amgylcheddol, metagenom dynol, ac ati. Mae'n cynnwys genomau micro-organebau y gellir eu trin a rhai na ellir eu trin.Offeryn moleciwlaidd yw dilyniannu metagenomig a ddefnyddir i ddadansoddi'r deunyddiau genomig cymysg a dynnwyd o samplau amgylcheddol, sy'n darparu gwybodaeth fanwl am amrywiaeth a helaethrwydd rhywogaethau, strwythur poblogaeth, perthynas ffylogenetig, genynnau swyddogaethol a rhwydwaith cydberthynas â ffactorau amgylcheddol.

Platfform:Illumina NovaSeq6000


Manylion Gwasanaeth

Canlyniadau Demo

Astudiaeth Achos

Manteision Gwasanaeth

ØYnysu ac amaethu-rhad ac am ddim ar gyfer proffilio cymunedol microbaidd

ØCydraniad uchel wrth ganfod rhywogaethau isel eu niferoedd mewn samplau amgylcheddol

ØMae'r syniad o “meta-” yn integreiddio'r holl nodweddion biolegol ar lefel swyddogaethol, lefel rhywogaeth a lefel genynnau, sy'n adlewyrchu safbwynt deinamig sy'n agosach at realiti.

ØMae BMK yn cronni profiad enfawr mewn mathau amrywiol o samplau gyda thros 10,000 o samplau wedi'u prosesu.

Manylebau Gwasanaeth

DilyniannuPlatfform

Llyfrgell

Cynnyrch data a argymhellir

Amcangyfrif o amser troi o gwmpas

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Tagiau 50K/100K/300K

30 Diwrnod

Dadansoddiadau biowybodeg

üRheoli ansawdd data crai

üCydosod metagenom

üSet genynnau nad ydynt yn cael eu defnyddio ac anodi

üDadansoddiad amrywiaeth rhywogaethau

üDadansoddiad amrywiaeth swyddogaeth enetig

üDadansoddiad rhwng grwpiau

üDadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol

2

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Gofynion Sampl:

CanysEchdynion DNA:

Math Sampl

Swm

Crynodiad

Purdeb

Echdynion DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Ar gyfer samplau amgylcheddol:

Math o sampl

Y weithdrefn samplu a argymhellir

Pridd

Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw.

Feces

Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw.

Cynnwys y berfedd

Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP.

Llaid

Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw

Corff dwr

Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint.

Croen

Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint.

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.

Llif Gwaith Gwasanaeth

logo_02

Cyflwyno sampl

logo_04

Adeiladu llyfrgell

logo_05

Dilyniannu

logo_06

Dadansoddi data

logo_07

Gwasanaethau ôl-werthu


  • Pâr o:
  • Nesaf:

  • 1.Histogram: Dosbarthiad rhywogaethau

    3

    Genynnau 2.Functional wedi'u hanodi i lwybrau metabolaidd KEGG

    4

    Map 3.Heat: Swyddogaethau gwahaniaethol yn seiliedig ar ddigonedd genynnau cymharol54.Circos o genynnau ymwrthedd gwrthfiotig CARD

    6

    Achos BMK

    Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof

    Cyhoeddwyd:Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 2021

    Strategaeth ddilyniannu:

    Deunyddiau:Detholiadau DNA o bedwar darn o samplau sy'n gysylltiedig â gwreiddiau mangrof: pridd heb ei blannu, rhisosffer, adrannau episffer ac endosffer
    Llwyfan: Illumina HiSeq 2500
    Targedau: Metagenome
    16S rRNA genyn V3-V4 rhanbarth

    Canlyniadau allweddol

    Proseswyd dilyniannu metagenomig a phroffilio metabarcod ar gontinwwm gwreiddiau pridd glasbrennau mangrof er mwyn astudio lledaeniad genynnau ymwrthedd gwrthfiotig (ARGs) o bridd i blanhigion.Datgelodd data metagenomig fod 91.4% o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig yn gyffredin ym mhob un o’r pedair adran bridd a grybwyllwyd uchod, a oedd yn dangos ffasiwn barhaus.Cynhyrchodd dilyniannu amplicon rRNA 16S 29,285 o ddilyniannau, yn cynrychioli 346 o rywogaethau.Gan gyfuno â phroffilio rhywogaethau trwy ddilyniannu amplicon, canfuwyd bod y lledaeniad hwn yn annibynnol ar ficrobiota sy'n gysylltiedig â gwreiddiau, fodd bynnag, gellid ei hwyluso gan symudol o elfennau genetig.Nododd yr astudiaeth hon lif ARGs a phathogenau o'r pridd i'r planhigion trwy gontinwwm rhyng-gysylltiedig rhwng gwreiddiau'r pridd.

    Cyfeiriad

    Wang, C. , Hu, R. , Cryf, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof.Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 408, 124985.

    cael dyfynbris

    Ysgrifennwch eich neges yma a'i hanfon atom

    Anfonwch eich neges atom: