Dilyniannu Metagenomig -NGS
Manteision Gwasanaeth
● Ynysu ac amaethu yn rhydd ar gyfer proffilio cymunedol microbaidd
● Cydraniad uchel wrth ganfod rhywogaethau isel eu niferoedd mewn samplau amgylcheddol
● Mae'r syniad o “meta-” yn integreiddio'r holl nodweddion biolegol ar lefel swyddogaethol, lefel rhywogaeth a lefel genynnau, sy'n adlewyrchu safbwynt deinamig sy'n agosach at realiti.
● Mae BMK yn cronni profiad enfawr mewn mathau amrywiol o samplau gyda thros 10,000 o samplau wedi'u prosesu.
Manylebau Gwasanaeth
| Platfform | Dilyniannu | Data a argymhellir | Amser troi |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Diwrnod gwaith |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Rheoli ansawdd data crai
● cynulliad metagenome
● Set genynnau nad ydynt yn cael eu defnyddio ac anodi
● Dadansoddiad amrywiaeth rhywogaethau
● Dadansoddi amrywiaeth swyddogaethau genetig
● Dadansoddiad rhwng grwpiau
● Dadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
CanysEchdynion DNA:
| Math Sampl | Swm | Crynodiad | Purdeb |
| Echdynion DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ar gyfer samplau amgylcheddol:
| Math o sampl | Y weithdrefn samplu a argymhellir |
| Pridd | Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw. |
| Feces | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw. |
| Cynnwys berfeddol | Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP. |
| Llaid | Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw |
| Corff dwr | Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint. |
| Croen | Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint. |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
1.Histogram: Dosbarthiad rhywogaethau
Genynnau 2.Functional wedi'u hanodi i lwybrau metabolaidd KEGG
Map 3.Heat: Swyddogaethau gwahaniaethol yn seiliedig ar ddigonedd genynnau cymharol
4.Circos o genynnau ymwrthedd gwrthfiotig CARD
Achos BMK
Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof
Cyhoeddwyd:Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 2021
Strategaeth ddilyniannu:
Deunyddiau:Detholiadau DNA o bedwar darn o samplau sy'n gysylltiedig â gwreiddiau mangrof: pridd heb ei blannu, rhisosffer, adrannau episffer ac endosffer
Llwyfan: Illumina HiSeq 2500
Targedau: Metagenome
16S rRNA genyn V3-V4 rhanbarth
Canlyniadau allweddol
Proseswyd dilyniannu metagenomig a phroffilio metabarcod ar gontinwwm gwreiddiau pridd glasbrennau mangrof er mwyn astudio lledaeniad genynnau ymwrthedd gwrthfiotig (ARGs) o bridd i blanhigion.Datgelodd data metagenomig fod 91.4% o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig yn gyffredin ym mhob un o'r pedair adran bridd a grybwyllwyd uchod, a oedd yn dangos ffasiwn barhaus.Cynhyrchodd dilyniannu amplicon rRNA 16S 29,285 o ddilyniannau, yn cynrychioli 346 o rywogaethau.Gan gyfuno â phroffilio rhywogaethau trwy ddilyniannu amplicon, canfuwyd bod y lledaeniad hwn yn annibynnol ar ficrobiota sy'n gysylltiedig â gwreiddiau, fodd bynnag, gellid ei hwyluso gan elfennau genetig symudol.Nododd yr astudiaeth hon lif ARGs a phathogenau o'r pridd i'r planhigion trwy gontinwwm rhyng-gysylltiedig rhwng gwreiddiau'r pridd.
Cyfeiriad
Wang, C. , Hu, R. , Cryf, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Nifer yr achosion o enynnau ymwrthedd gwrthfiotig a phathogenau bacteriol ar hyd y continwwm gwreiddiau pridd-mangrof.Cylchgrawn Deunyddiau Peryglus, 408, 124985.
