Cynhyrchion

Dilyniant Metagenomig-Nanopor

Dilyniannu Metagenomig-Delwedd Dan Sylw Nanopor

Offeryn moleciwlaidd yw metagenomeg a ddefnyddir i ddadansoddi'r deunyddiau genomig cymysg a dynnwyd o samplau amgylcheddol, sy'n darparu gwybodaeth fanwl am amrywiaeth a helaethrwydd rhywogaethau, strwythur poblogaeth, perthynas ffylogenetig, genynnau swyddogaethol a rhwydwaith cydberthynas â ffactorau amgylcheddol, ac ati. Mae llwyfannau dilyniannu Nanopore wedi cyflwyno'n ddiweddar i astudiaethau metagenomig.Roedd ei berfformiad rhagorol mewn hyd darllen yn gwella dadansoddiad metagenomig i lawr yr afon i raddau helaeth, yn enwedig cydosod metagenom.Gan fanteisio ar hyd darllen, mae astudiaeth metagenomig seiliedig ar Nanopore yn gallu cyflawni cydosod mwy parhaus o gymharu â metagenomeg dryll.Mae wedi cael ei gyhoeddi bod metagenomeg seiliedig ar Nanopore wedi llwyddo i gynhyrchu genomau bacteriol cyflawn a chaeedig o ficrobiomau (Moss, EL, et. al,Biotechnoleg Natur, 2020)

Platfform:Nanopore PromethION P48

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Canlyniadau Demo

Achos BMK

Manteision Gwasanaeth

● Cydosod o ansawdd uchel - Gwella cywirdeb adnabod rhywogaethau a rhagfynegi genynnau swyddogaethol

● Ynysu genom bacteriol caeedig

● Cymhwysiad mwy pwerus a dibynadwy mewn meysydd amrywiol, ee canfod micro-organebau pathogenig neu enynnau sy'n gysylltiedig ag ymwrthedd i wrthfiotigau

● Dadansoddiad metagenom cymharol

Manylebau Gwasanaeth

Platfform	Dilyniannu	Data a argymhellir	Amser Turnaround
Nanopore	ONT	6 G/10 G	65 diwrnod gwaith

Dadansoddiadau biowybodeg

● Rheoli ansawdd data crai

● cynulliad Metagenome

● Set genynnau nad ydynt yn cael eu defnyddio ac anodi

● Dadansoddiad amrywiaeth rhywogaethau

● Dadansoddi amrywiaeth swyddogaethau genetig

● Dadansoddiad rhwng grwpiau

● Dadansoddiad cysylltiad yn erbyn ffactorau arbrofol

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Gofynion sampl a chyflwyno

Gofynion Sampl:

CanysEchdynion DNA:

Math Sampl	Swm	Crynodiad	Purdeb
Echdynion DNA	1-1.5 μg	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Ar gyfer samplau amgylcheddol:

Math o sampl	Y weithdrefn samplu a argymhellir
Pridd	Swm samplu: tua.5 g;Mae angen tynnu'r sylwedd gwywo sy'n weddill o'r wyneb;Malu darnau mawr a phasio drwy hidlydd 2 mm;Sampl Aliquot mewn tiwb EP di-haint neu gyrotube i'w cadw.
Feces	Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli samplau mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w cadw.
Cynnwys berfeddol	Mae angen prosesu samplau o dan gyflwr aseptig.Golchwch feinwe a gasglwyd gyda PBS;Allgyrchu'r PBS a chasglu'r gwaddod mewn tiwbiau EP.
Llaid	Swm samplu: tua.5 g;Casglu a didoli sampl llaid mewn tiwb EP di-haint neu cryotube i'w gadw
Corff dwr	Ar gyfer sampl gyda swm cyfyngedig o ficrobaidd, megis dŵr tap, dŵr ffynnon, ac ati, Casglwch o leiaf 1 L dŵr a phasio trwy hidlydd 0.22 μm i gyfoethogi microbaidd ar y bilen.Storiwch y bilen mewn tiwb di-haint.
Croen	Crafu wyneb y croen yn ofalus gyda swab cotwm di-haint neu lafn lawfeddygol a'i roi mewn tiwb di-haint.

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor.Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Cyflwyno sampl

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: Dilyniant bisulfite genom cyfan

Nesaf: Dilyniannu Metagenomig -NGS

1.Heatmap: Clystyru cyfoeth rhywogaethauGenynnau 2.Functional wedi'u hanodi i lwybrau metabolaidd KEGGRhwydwaith cydberthynas 3.Species4.Circos o genynnau ymwrthedd gwrthfiotig CARD

Achos BMK

Mae metagenomeg Nanopore yn galluogi diagnosis clinigol cyflym o haint anadlol isaf bacteriol

Cyhoeddwyd:Biotechnoleg Natur, 2019

Uchafbwyntiau Technegol
Dilyniannu: MinION Nanopore
Biowybodeg metagenomeg glinigol: disbyddiad DNA gwesteiwr, dadansoddiad WIMP ac ARMA
Canfod cyflym: 6 awr
Sensitifrwydd uchel: 96.6%

Canlyniadau allweddol

Yn 2006, achosodd haint anadlol is (LR) 3 miliwn o farwolaethau dynol yn fyd-eang.Y dull nodweddiadol ar gyfer canfod pathogen LR1 yw amaethu, sydd â sensitifrwydd gwael, amser troi hir a diffyg arweiniad mewn therapi gwrthfiotig cynnar.Mae diagnosis microbaidd cyflym a chywir wedi bod yn angen brys ers tro.Llwyddodd Dr Justin o Brifysgol East Anglia a'i bartneriaid i ddatblygu dull metagenomig seiliedig ar Nanopor ar gyfer canfod pathogenau.Yn ôl eu llif gwaith, gall 99.99% o'r DNA gwesteiwr gael ei ddisbyddu.Gellir gorffen canfod pathogenau a genynnau sy'n gwrthsefyll gwrthfiotigau mewn 6 awr.

Cyfeiriad
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Mae metagenomeg Nanopore yn galluogi diagnosis clinigol cyflym o haint anadlol isaf bacteriol.Biotechnoleg Natur, 37(7), 1.