BMKCloud Log in
条形 baner-03

Cynhyrchion

Dilyniannu-Illumina mRNA nad yw'n seiliedig ar gyfeiriadau

Mae dilyniannu mRNA yn mabwysiadu techneg dilyniannu cenhedlaeth nesaf (NGS) i ddal y negesydd RNA (mRNA) o Eukaryote ar gyfnod penodol y mae rhai swyddogaethau arbennig yn ei actifadu.Enw'r trawsgrifiad hiraf a oedd wedi'i rannu oedd 'Unigene' ac fe'i defnyddiwyd fel y dilyniant cyfeirio ar gyfer dadansoddiad dilynol, sy'n fodd effeithiol i astudio mecanwaith moleciwlaidd a rhwydwaith rheoleiddio'r rhywogaeth heb gyfeirio ato.

Ar ôl cydosod data trawsgrifio ac anodi swyddogaethol unigene

(1) Bydd dadansoddiad SSR, rhagfynegiad CDS a strwythur genynnau yn cael eu rhagffurfio.

(2) Bydd meintioli mynegiant unigene ym mhob sampl yn cael ei berfformio.

(3) Bydd unigeneau a fynegir yn wahaniaethol rhwng samplau (neu grwpiau) yn cael eu darganfod yn seiliedig ar fynegiant unigene

(4)Bydd clystyru, anodi swyddogaethol a dadansoddiad cyfoethogi o unigeneau a fynegir yn wahaniaethol yn cael eu perfformio


Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Astudiaeth Achos

Nodweddion

● Yn annibynnol ar unrhyw genom cyfeirio,

● Gellid defnyddio'r data i ddadansoddi strwythur a mynegiant trawsgrifiadau

● Nodi safleoedd torri amrywiol

Manteision Gwasanaeth

● Cyflwyno canlyniadau yn seiliedig ar BMKCloud: Cyflwynir canlyniadau fel ffeil ddata ac adroddiad rhyngweithiol trwy blatfform BMKCloud, sy'n caniatáu darllen allbynnau dadansoddi cymhleth yn hawdd i'w defnyddio a chloddio data wedi'i deilwra ar sail dadansoddiad biowybodeg safonol.

● Gwasanaethau ôl-werthu: Gwasanaethau ôl-werthu sy'n ddilys am 3 mis ar ôl cwblhau'r prosiect, gan gynnwys dilyniant prosiectau, datrys problemau, Holi ac Ateb canlyniadau, ac ati.

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Dangosir halogiad protein neu DNA cyfyngedig neu ddim o gwbl ar y gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥6.5;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

Meinwe: Pwysau (sych): ≥1 g
* Ar gyfer meinwe llai na 5 mg, rydym yn argymell anfon sampl meinwe wedi'i rewi â fflach (mewn nitrogen hylifol).

Ataliad celloedd: Cyfrif celloedd = 3×107
* Rydym yn argymell llongio lysate cell wedi'i rewi.Rhag ofn bod y gell honno'n cyfrif llai na 5 × 105, argymhellir fflach wedi'i rewi mewn nitrogen hylifol.

Samplau gwaed:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRizol a 2mL gwaed (TRIzol: Gwaed = 3:1)

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd:
Tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Cludo:
1.Dry-iâ: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
Tiwbiau 2.RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Sampl QC

Dyluniad arbrawf

cyflwyno sampl

Cyflwyno sampl

Arbrawf peilot

echdynnu RNA

Paratoi Llyfrgell

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dilyniannu

Dadansoddi data

Dadansoddi data

Gwasanaethau ar ôl gwerthu

Gwasanaethau ôl-werthu


  • Pâr o:
  • Nesaf:

  • Biowybodeg

    wps_doc_11

    1.mRNA(denovo) Egwyddor y Cynulliad

    Gan y Drindod, mae darlleniadau wedi'u rhannu'n ddarnau llai, a elwir yn K-mer.Mae'r K-mers hyn wedyn yn cael eu defnyddio fel hadau i'w hymestyn yn contigau ac yna cydran yn seiliedig ar orgyffwrdd contig.Yn olaf, cymhwyswyd De Bruijn yma i adnabod trawsgrifiadau yn y cydrannau.

    mRNA-(De-novo)-Trosolwg-o-Drindod

    mRNA (De novo) Trosolwg o'r Drindod

    2.mRNA (De novo) Dosbarthiad Lefel Mynegiad Genynnau

    Mae RNA-Seq yn gallu cyflawni amcangyfrif hynod sensitif o fynegiant genynnau.Fel arfer, mae'r ystod canfyddadwy o fynegiant trawsgrifiadau FPKM yn amrywio o 10 ^ - 2 i 10 ^ 6

    mRNA-(De-novo)-Dosbarthiad-o-FPKM-dwysedd-ym-bob-sampl

    mRNA (De novo) Dosbarthiad dwysedd FPKM ym mhob sampl

    3.mRNA (De novo) Dadansoddiad Cyfoethogi GO o DEGs

    Mae cronfa ddata GO (Gene Ontology) yn system anodi biolegol strwythuredig sy'n cynnwys geirfa safonol o swyddogaethau genynnau a chynhyrchion genynnau.Mae'n cynnwys lefelau lluosog, lle po isaf yw'r lefel, y mwyaf penodol yw'r swyddogaethau.

    mRNA-(De-novo)-GO-dosbarthiad-o-DEGs-ar-ail-lefel

    mRNA (De novo) Dosbarthiad DEGs ar gyfer ail lefel

    Achos BMK

    Dadansoddiad Trawsgrifiadol o Metabolaeth Swcros yn ystod Chwydd Bylbiau a Datblygiad mewn Nionyn (Allium cepa L.)

    Cyhoeddwyd: ffiniau mewn gwyddor planhigion, 2016

    Strategaeth ddilyniannu

    Illumina HiSeq2500

    Casgliad sampl

    Defnyddiwyd cyltifar Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” yn yr astudiaeth hon.Roedd nifer y samplau a gasglwyd
    15fed diwrnod ar ôl chwyddo (DAS) bwlb (diamedr 2-cm a phwysau 3-4 g), 30fed DAS (diamedr 5-cm a phwysau 100-110 g), a ∼3 ar y 40fed DAS (diamedr 7-cm a 260-300 gram).

    Canlyniadau allweddol

    1. yn y diagram Venn, canfuwyd cyfanswm o 146 DEG ar draws y tri phâr o gamau datblygiadol
    2.Cynrychiolwyd “cludo a metaboledd carbohydrad” gan 585 unigene yn unig (hy, 7% o'r COG anodedig).
    3. Dosbarthwyd Unigenes a gafodd ei anodi'n llwyddiannus i gronfa ddata GO yn dri phrif gategori ar gyfer y tri cham gwahanol o ddatblygu bylbiau.Y rhan fwyaf a gynrychiolir yn y prif gategori “proses fiolegol” oedd “proses metabolig”, ac yna “proses gellog”.Yn y prif gategori o “swyddogaeth foleciwlaidd” y ddau gategori a gynrychiolwyd fwyaf oedd “rhwymo” a “gweithgaredd catalytig”.

    PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

    Histogram o ddosbarthiad clystyrau o grwpiau orthologaidd (COG).

    PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

    Dosbarthiad histogram ontoleg genynnau (GO) ar gyfer unigeneau sy'n deillio o fylbiau mewn tri cham datblygiadol

    PB-hyd-llawn-RNA-Dilyniannu-astudiaeth achos

    Diagram Venn yn dangos genynnau wedi'u mynegi'n wahaniaethol mewn unrhyw ddau gam o ddatblygiad bylbiau nionyn

    Cyfeiriad

    Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Dadansoddiad Trawsgrifiadol o Metabolaeth Swcros yn ystod Chwydd Bylbiau a Datblygiad mewn Nionyn (Allium cepa L.)[J].Ffiniau mewn Gwyddor Planhigion, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425

    cael dyfynbris

    Ysgrifennwch eich neges yma a'i hanfon atom

    Anfonwch eich neges atom: