Dilyniannu Genom Cyfan Planhigion/Anifeiliaid

Mae ail-ddilyniant genom cyfan, a elwir hefyd yn WGS, yn galluogi datgelu treigladau cyffredin a phrin ar y genom cyfan gan gynnwys Amryffurfedd Niwcleotid Sengl (SNP), Dileu Mewnosodiad (InDel), Amrywiad Strwythur (SV), ac Amrywiad Rhif Copi (CNV). ).Mae SVs yn cyfrif am gyfran fwy o'r sylfaen amrywiad nag SNPs ac yn cael mwy o effaith ar y genom, sy'n cael effaith sylweddol ar organebau byw.Mae dilyniannu darllen hir yn caniatáu ar gyfer adnabod darnau mawr ac amrywiadau cymhleth yn fwy manwl gywir oherwydd bod darlleniadau hir yn ei gwneud hi'n llawer haws croesi cromosomaidd dros ranbarthau cymhleth fel ailddarllediadau tandem, rhanbarthau cyfoethog GC / AT, a rhanbarthau gor-newidiol.

Llwyfan: Illumina, PacBio, Nanopore

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Canlyniad Demo

Cyhoeddiad dan Sylw

Manteision 1.Service

Profiad helaeth mewn dilyniannu genomau ar gyfer dros 1000 o rywogaethau.

Dros 800 o achosion cyhoeddedig gyda ffactor effaith gronnol o dros 4000.

Dadansoddiad biowybodeg cynhwysfawr ar alw amrywiadau a dadansoddi swyddogaethau.

2. Manylebau Gwasanaeth

Platfform		Llyfrgell	Dyfnder seq a argymhellir
Illumina		PE 150	Ar gyfer SNP, InDel yn galw ≥ 10x Ar gyfer SV, CNY yn galw ≥ 30x
Nanopore		8 kb	Ar gyfer SV, CNY yn galw ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Ar gyfer SNP, InDel, SV, CNY yn galw ≥ 10x

3. Gofynion Sampl

Platfform		Conc.(ng/μL)	Swm (ng)	Purdeb		gel agarose
				OD260/280	OD260/230	1. Prif fand clir heb ddim neu gyfyngedigdiraddio a welwyd ar gel. 2. Dim neu gyfyngedig RNA neu halogiad protein
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Yn dibynnu ar gynnyrch data 10μg/gell	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Dadansoddiad Biowybodaeth

5. Llif Gwaith Gwasanaeth

Cyflwyno sampl

Echdynnu DNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Cyflwyno data

Pâr o: Trawsgrifiad Gofodol BMKMANU S1000

Nesaf: Dilyniannu RNA cnewyllyn sengl

1) Ystadegau Mapio Genom

Tabl 1 Ystadegau canlyniad mapio

Ffigur 1 Dosbarthiad maint mewnosod ac yn darllen cwmpas.

2) Canfod Amrywiad

Ffigur 2 Ystadegau ac anodi SNP/INDEL/SV ymhlith Samplau

Ffigur 3 Dosbarthiad genom-eang o vatiadau

3) Anodiad swyddogaethol o amrywiadau

2019	Cyfathrebu natur	Mae dilyniannu genom cyfan yn datgelu tarddiad napus Brassica a loci genetig sy'n ymwneud â'i wella
2020	PNAS	Tarddiad esblygiadol a hanes dofi pysgod aur (Carassius auratus)
2021	Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion	genomau Cyfeirnod y ddwy rywogaeth jiwt trin....
2021	Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion	Llofnodion genomig o alopolyploid llysiau a had olew Brassicajuncea a loci genetig sy'n rheoli cronni glwcosinolatau
2019	Planhigyn Moleciwlaidd	Mae dilyniant genom cyfan o gasgliad byd-eang o dderbyniadau had rêp yn datgelu sail enetig eu dargyfeiriad ecoteip
2022	Ymchwil Garddwriaeth	Mae dadansoddiad cysylltiad genom-eang yn darparu mewnwelediadau moleciwlaidd i'r amrywiad naturiol ym maint hadau watermelon
2021	Journal of Experimental Botany	Mae astudiaeth cysylltiad genom-eang yn nodi amrywiadau o GhSAD1 sy'n rhoi goddefgarwch oer mewn cotwm
2021	Journal of Experimental Botany	Mae astudiaeth cysylltiad genom-eang a chymhariaeth trawsgrifiad yn datgelu QTL newydd a genynnau ymgeisiol sy'n rheoli maint petalau mewn had rêp