16S/18S/ITS amplikonsekventering-NGS
Servicefunktioner
● Sekventeringsplatform: Illumina NovaSeq.
● Amplifikation af korte regioner af 16S, 18S og ITS, blandt andre amplifikationsmål.
● Fleksible valg af amplikon.
● Tidligere projekterfaring med flere forstærkningsmål.
Servicefordele
●Isolationsfri:Hurtig identifikation af mikrobiel sammensætning i miljøprøver.
●Høj opløsningI komponenter med lav forekomst i miljøprøver.
●Bredt anvendeligDiverse studier af mikrobielle samfund.
●Omfattende bioinformatisk analyseDen seneste QIIME2-pakke (kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi) med forskellige analyser i form af database, annotation, OTU/ASV.
●Omfattende ekspertiseMed 150.000 amplikonsekventeringsprojekter, der udføres årligt, har BMKGENE over et årtis erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende support efter salg.
Servicespecifikationer
| Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalede data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (læsepar) |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet beløb (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1-2 g
● Tarmindhold - animalsk: 0,5-2 g
● Tarmindhold - insekt: 0,1-0,25 g
● Planteoverflade (beriget sediment): 0,1-0,5 g
● Sediment beriget med fermenteringsbouillon): 0,1-0,5 g
● Afføring (store dyr): 0,5-2 g
● Afføring (mus): 3-5 korn
● Pulmonal alveolær lavagevæske: filterpapir
● Vaginal podning: 5-6 podninger
● Hud-/kønsprøve/spyt-/mundsvæske-/svælg-/rektal-podning: 2-3 podninger
● Overflademikroorganismer: filterpapir
● Vandmasse/luft/biofilm: filterpapir
● Endofytter: 1-2 g
● Tandplak: 0,5-1 g
Servicearbejdsgang
Prøvelevering
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Inkluderer følgende analyse:
- Kvalitetskontrol af rådata
- OTU-klyngedannelse / støjreduktion (ASV)
- OTU-annotation
- Alfa-diversitetsanalyse: flere indekser, herunder Shannon, Simpson og ACE.
- Beta-diversitetsanalyse
- Intergruppeanalyse
- Korrelationsanalyse: mellem miljøfaktorer og OUT-sammensætning og -diversitet
- 16S funktionel genforudsigelse
Histogram over taksonomisk fordeling
taksonomisk overflodsklyngevarmekort
Alfa-diversitetsanalyse: fortyndingskurve
beta-diversitetsanalyse: NMDS
Intergruppeanalyse: Opdagelse af LEFSE-biomarkører
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes amplikonsekventeringstjenester med Illumina, gennem en kurateret samling af publikationer.
Dong, C. et al. (2022) 'Samling, kernemikrobiota og funktion af rhizosfærens jord- og barkmikrobiota i Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetisk bakteriel konsortietransplantation til behandling af Gardnerella vaginalis-induceret bakteriel vaginose hos mus', Microbiome, 11(1), s. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) 'Mikrobiomer af luftstøv indsamlet under det jordbaserede lukkede bioregenerative livsopretholdende eksperiment “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Råvareafhængig forekomst af funktionelle gener relateret til nitrogentransformation kontrolleret nitrogentab i kompostering', Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
