16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Service fordele
● Isolationsfri og hurtig identifikation af mikrobiel sammensætning i miljøprøver
● Høj opløsning i lav-abundant komponenter i miljøprøver
● Seneste QIIME2-analyseflow med forskellige analyser i form af database, annotering, OTU/ASV.
● Høj gennemstrømning, højere nøjagtighed
● Anvendelig til forskellige mikrobielle samfundsstudier
● BMK har stor erfaring med over 100.000 prøver/år, der dækker jord, vand, gas, slam, afføring, tarme, skind, gæringsbouillon, insekter, planter mv.
● BMKCloud faciliterede datafortolkning indeholdende 45 personaliserede analyseværktøjer
Service specifikationer
| SekvenseringPlatform | Bibliotek | Anbefalet dataudbytte | Estimeret ekspeditionstid |
| Illumina NovaSeq platform | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 dage |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● OTU-anmærkning
● Alfa-diversitet
● Beta-diversitet
● Inter-gruppe analyse
● Associationsanalyse mod eksperimentelle faktorer
● Forudsigelse af funktionsgen
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Prøvetype | Beløb | Koncentration | Renhed |
| DNA-ekstrakter | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalet prøveudtagningsprocedure |
| Jord | Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation. |
| Afføring | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation. |
| Tarmindhold | Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør. |
| Slam | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation |
| Vandlegeme | For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg det i et sterilt rør. |
Anbefalet prøvelevering
Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1.Artsfordeling
2.Heat map: Artsrigdom klynge
3. Sjælden fraktionskurve
4.NMDS-analyse
5.Lefse analyse
BMK sag
Overvægtige personer med og uden type 2-diabetes viser forskellig tarmmikrobiel funktionsevne og sammensætning
Udgivet:Cellevært og mikrobe, 2019
Sekvenseringsstrategi:
Mager ikke-diabetes (n=633);Overvægtige ikke-diabetes (n=494);Overvægtig type 2-diabetes (n=153);
Målområde: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-baseret amplikon sekventering)
Undersæt af DNA-ekstrakter blev udsat for metagenomisk sekventering på Illumina Hiseq
Nøgleresultater
Mikrobielle profileringer af disse metaboliske sygdomme blev med succes differentieret.
Ved at sammenligne mikrobielle træk genereret af 16S-sekventering, blev fedme fundet forbundet med ændringer i mikrobiel sammensætning, individuelle træk, især signifikant fald i Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes osv. Derudover blev T2D fundet forbundet med stigning i Escherichia/shigella .
Reference
Thingholm, LB, et al."Fedme individer med og uden type 2-diabetes viser forskellig tarmmikrobiel funktionel kapacitet og sammensætning."Cellevært og mikrobe26.2 (2019).
