16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Service fordele
● Langlæsninger, der afslører en sekvens i fuld længde af 16S/18S/ITS
● Meget nøjagtige baseopkald med PacBio CCS-tilstand sekventering
● Opløsning på artsniveau i OTU/ASV-annotering
● Seneste QIIME2-analyseflow med forskellige analyser i form af database, annotering, OTU/ASV.
● Anvendelig til forskellige mikrobielle samfundsstudier
● BMK har stor erfaring med over 100.000 prøver/år, der dækker jord, vand, gas, slam, afføring, tarme, skind, gæringsbouillon, insekter, planter mv.
● BMKCloud faciliterede datafortolkning indeholdende 45 personaliserede analyseværktøjer
Service specifikationer
| SekvenseringPlatform | Bibliotek | Anbefalede data | Ekspeditionstid |
| PacBio Sequel II | SMRT-klokke | 5K/10K/20K tags | 44 arbejdsdage |
Bioinformatiske analyser
● Rådatakvalitetskontrol
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● OTU-anmærkning
● Alfa-diversitet
● Beta-diversitet
● Inter-gruppe analyse
● Associationsanalyse mod eksperimentelle faktorer
● Forudsigelse af funktionsgen
Prøvekrav og levering
Prøvekrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Prøvetype | Beløb | Koncentration | Renhed |
| DNA-ekstrakter | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalet prøveudtagningsprocedure |
| Jord | Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation. |
| Afføring | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation. |
| Tarmindhold | Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør. |
| Slam | Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation |
| Vandlegeme | For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg det i et sterilt rør. |
Anbefalet prøvelevering
Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
1. Annotationshastighed for V3+V4(Illumina)-baseret mikrobiel fællesskabsprofilering vs. fuldlængde (PacBio)-baseret profilering.
(Data fra 30 tilfældigt udvalgte projekter blev anvendt til statistik)
2. Annotationshastighed af amplikonsekvensering i fuld længde på artsniveau i forskellige prøvetyper
3.Artsfordeling
4.Fylogenetisk træ
BMK sag
Arseneksponering inducerer tarmbarriereskader og deraf følgende aktivering af tarm-lever-aksen, hvilket fører til betændelse og pyroptose i leveren hos ænder
Udgivet:Videnskab om det samlede miljø,2021
Sekvenseringsstrategi:
Prøver: Kontrol vs 8 mg/kg ATO-eksponeret gruppe
Sekvenseringsdataudbytte: 102.583 rå CCS-sekvenser i alt
Kontrol: 54.518 ± 747 effektive CCS
ATO-eksponeret: 45.050 ± 1675 effektiv CCS
Nøgleresultater
Alfa mangfoldighed:ATO-eksponering ændrede markant tarmens mikrobielle rigdom og mangfoldighed i ænderne.
Metastatanalyse:
I phylum niveau: 2 bakterielle phyla kun påvist i kontrolgrupper
I slægtsniveau: 6 slægter blev fundet signifikant forskellige i relativ overflod
På artsniveau: 36 arter blev identificeret i alt, hvoraf 6 af dem var signifikant forskellige i relaviv forekomst
Reference
Thingholm, LB, et al."Fedme individer med og uden type 2-diabetes viser forskellig tarmmikrobiel funktionel kapacitet og sammensætning."Cellevært og mikrobe26.2 (2019).
