BMKCloud Log ind

Produkter

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S og 18S rRNA-generne, sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, tjener som pivotale molekylære fingeraftryksmarkører på grund af deres kombination af meget konserverede og hypervariable regioner, hvilket gør dem til uvurderlige værktøjer til at karakterisere prokaryote og eukaryote organismer. Amplifikation og sekventering af disse regioner tilbyder en isolationsfri tilgang til undersøgelse af den mikrobielle sammensætning og diversitet på tværs af forskellige økosystemer. Mens Illumina-sekventering typisk er rettet mod korte hypervariable regioner som V3-V4 af 16S og ITS1, er det blevet påvist, at overlegen taksonomisk annotering kan opnås ved at sekventere den fulde længde af 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilgang resulterer i højere procenter af nøjagtigt klassificerede sekvenser, hvilket opnår et opløsningsniveau, der strækker sig til artsidentifikation. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekventeringsplatform skiller sig ud ved at levere meget nøjagtige lange læsninger (HiFi), der dækker amplikonerne i fuld længde, og konkurrerer med præcisionen af Illumina-sekventering. Denne evne giver forskere mulighed for at opnå en uovertruffen fordel - et panoramaudsigt over det genetiske landskab. Den udvidede dækning øger opløsningen i artsannotering betydeligt, især i bakterie- eller svampesamfund, hvilket muliggør en dybere forståelse af mikrobielle populationers forviklinger.

Kontakt os

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demo resultater

Udvalgte publikationer

Servicefunktioner

● Sekvenseringsplatform: PacBio Revio

● Sekvenseringstilstand: CCS (HiFi-læsning)

● Amplifikation af målregion efterfulgt af tandembinding af amplikoner før forberedelse af HiFi SMRT klokkebibliotek

Service fordele

●Højere taksonomisk opløsning: Than kort-amplicon sekventering,muliggør højere OTU-klassificeringsrater på artsniveau.

●Meget nøjagtige baseopkald: PacBio CCS-tilstand sekventering (HiFi-læsninger).

●Isolationsfri: Hurtig identifikation af mikrobiel sammensætning i miljøprøver.

●Bredt anvendelig: Diverse mikrobielle samfundsstudier.

●Omfattende bioinformatisk analyse: Den seneste QIIME2-pakke (kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi) med diverse analyser mht. database, annotering, OTU/ASV.

●Omfattende ekspertise: Med tusindvis af amplicon-sekventeringsprojekter, der udføres årligt, bringer BMKGENE over ti års erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende post-salg support.

Service specifikationer

Bibliotek	Sekvenseringsstrategi	Data anbefales
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 K-tags (CCS)

Prøvekrav

Koncentration (ng/µL)	Samlet mængde (µg)	Volumen (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Anbefalet prøvelevering

Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation. Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.

Service Work Flow

Prøve levering

Biblioteksbyggeri

Sekvensering

Dataanalyse

Eftersalgsservice

Tidligere: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Næste: Assay for Transposase-tilgængeligt kromatin med High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

Indeholder følgende analyse:

●Rådatakvalitetskontrol

●OTU-klynger/de-noise (ASV)

●OTU-anmærkning

●Alfa-diversitetsanalyse: flere indekser, herunder Shannon, Simpson og ACE.

●Beta diversitetsanalyse

●Inter-gruppe analyse

●Korrelationsanalyse: mellem miljøfaktorer og OUT sammensætning og diversitet

●16S funktionel gen forudsigelse

Histogram over taksonomisk fordeling

Fællesskabsfordeling fylogenetisk træ

Alfa-diversitetsanalyse: ACE

indeks

Beta diversitetsanalyse: PCoA

Intergruppeanalyse: ANOVA

Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGenes amplicon-sekventeringstjenester med PacBio gennem en kurateret samling af publikationer.

Gao, X. og Wang, H. (2023) 'Sammenlignende analyse af vombakterieprofiler og -funktioner under tilpasning til forskellige fænologier (Regreen vs. Grassy) hos alpine merinofår med to vækststadier på en alpine eng', Fermentation, 9( 1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Fangst af det mikrobielle mørke stof i ørkenjord ved hjælp af kulturomik-baseret metagenomik og højopløsningsanalyse', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1-14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effekter af fedtsyresalte på fermenteringsegenskaber, bakteriediversitet og aerob stabilitet af blandet ensilage tilberedt med lucerne, rishalm og hvedeklid', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Interaktionen mellem oxidativ stress-biomarkører og tarmmikrobiota i antioxidantvirkningerne af ekstrakter fra Sonchus brachyotus DC. i Oxazolon-induceret tarmoxidativ stress hos voksne zebrafisk', Antioxidants 2023, Vol. 12, side 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.