Bakteriel og svampehelgenom-resekvensering
Projekter inden for resekvensering af bakterielle og svampehelgenomer er afgørende for at fremme mikrobiel genomik ved at muliggøre færdiggørelse og sammenligning af mikrobielle genomer. Dette letter fermenteringsteknik, optimering af industrielle processer og udforskning af sekundære metabolismeveje. Desuden er resekvensering af svampe og bakterier afgørende for at forstå miljøtilpasning, optimere stammer og afdække genetisk evolutionsdynamik, med brede implikationer inden for medicin, landbrug og miljøvidenskab.
Servicefordele
●Bioinformatisk analyse inkluderer variantberegning:Giver funktionel indsigt i de re-sekventerede genomer.
● Omfattende ekspertiseMed tusindvis af mikrobielle resekventeringsprojekter, der udføres årligt, bidrager vi med over et årtis erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende support efter salg.
●Support efter salg:Vores engagement rækker ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Servicespecifikationer
| Sekventeringsplatform | Sekventeringsstrategi | Anbefalede data | Kvalitetskontrol |
| Illumina NovaSeq | PE150 | Dybde på 100x | Q30≥85% |
Krav til prøve
| Koncentration (ng/µL) | Samlet beløb (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥60 | ≥20 |
Bakterier: ≥1x107 celler
Encellede svampe: ≥5x106-1x107 celler
Makrosvampe: ≥4g
Servicearbejdsgang
Prøvelevering
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Inkluderer følgende analyse:
- Kvalitetskontrol af sekventeringsdata
- Tilpasning til referencegenomet
- Variantkald: SNP og InDel
- Variantannotation
Variantkald: SNP-typer
Variantkald: InDel-længdefordeling
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes tjenester til resekventering af mikrobielle genomer, gennem en kurateret samling af publikationer.
Jia, Y. et al. (2023) 'Kombination af transkriptom- og helgenom-resekventering for at screene sygdomsresistensgener for hvede-dværg-bunta',Internationalt tidsskrift for molekylære videnskaber24(24). doi: 10.3390/IJMS242417356.
Jiang, M. et al. (2023) 'Ampicillin-kontrolleret glukosemetabolisme manipulerer overgangen fra tolerance til resistens hos bakterier',Videnskabelige fremskridt, 9(10). doi: 10.1126/SCIADV.ADE8582/SUPPL_FILE/SCIADV.ADE8582_SM.PDF.
Yang, M. et al. (2022) 'Aliidiomarina halalkaliphila sp. nov., en haloalkalifil bakterie isoleret fra en sodasø i den autonome region Indre Mongoliet, Kina', Int. J. Syst. Evol.Mikrobiologisk, 72, s. 5263. doi: 10.1099/ijsem.0.005263.
Zhu, Z., Wu, R. og Wang, G.-H. (2024) 'Genomsekvens af Staphylococcus nepalensis ZZ-2023a, isoleret fra Nasonia vitripennis',Meddelelser om mikrobiologiske ressourcerdoi: 10.1128/MRA.00802-23.
