BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

circRNA-sekventering-Illumina

Cirkulær RNA-sekventering (circRNA-seq) er at profilere og analysere cirkulære RNA'er, en klasse af RNA-molekyler, der danner lukkede sløjfer på grund af ikke-kanoniske splejsningshændelser, hvilket giver disse RNA øget stabilitet.Mens nogle circRNA'er har vist sig at fungere som mikroRNA-svampe, sekvestrere mikroRNA'er og forhindre dem i at regulere deres mål-mRNA'er, kan andre circRNA'er interagere med proteiner, modulere genekspression eller have roller i cellulære processer.circRNA-ekspressionsanalyse giver indsigt i disse molekylers regulatoriske roller og deres betydning i forskellige cellulære processer, udviklingsstadier og sygdomstilstande, hvilket bidrager til en dybere forståelse af kompleksiteten af ​​RNA-regulering i sammenhæng med genekspression.


Servicedetaljer

Bioinformatik

Demo resultater

Udvalgte publikationer

Funktioner

● rRNA-depletering efterfulgt af retningsbestemt biblioteksforberedelse, hvilket muliggør sekventeringsdata, der er strengspecifikke.

● Bioinformatisk arbejdsgang muliggør circRNA-forudsigelse og ekspressionskvantificering

 

Service fordele

Mere omfattende RNA-biblioteker:vi bruger rRNA-depletering i stedet for lineær RNA-depletering i vores præ-biblioteksforberedelse, hvilket sikrer, at sekventeringsdataene ikke kun inkluderer circRNA, men også mRNA og lncRNA, hvilket muliggør fælles analyse på disse datasæt

Valgfri analyse af konkurrerende endogene RNA (ceRNA) netværk: Giver dybere indsigt i cellulære reguleringsmekanismer

Omfattende ekspertise: Med en track record med at behandle over 20.000 prøver hos BMK, der spænder over forskellige prøvetyper og lncRNA-projekter, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.

Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik.Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater.

● Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode.I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.

Prøvekrav og levering

Bibliotek

Platform

Anbefalede data

Data QC

Poly A beriget

Illumina PE150

16-20 Gb

Q30≥85 %

Prøvekrav:

Nukleotider:

Konc.(ng/μl)

Mængde (μg)

Renhed

Integritet

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel.

For planter: RIN≥6,5;

For dyr: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrænset eller ingen basislinjestigning

● Planter:

Rod, stilk eller kronblad: 450 mg

Blad eller frø: 300 mg

Frugt: 1,2 g

● Dyr:

Hjerte eller tarm: 450 mg

Indvolde eller hjerne: 240 mg

Muskel: 600 mg

Knogler, hår eller hud: 1,5 g

● Leddyr:

Insekter: 9g

Krebsdyr: 450 mg

● Fuldblod:2 rør

● Celler: 106 celler

● Serum og plasma: 6 ml

Anbefalet prøvelevering

Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)

Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Forsendelse:

1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.

2. RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.

Service Work Flow

Prøve QC

Eksperimentdesign

prøve levering

Prøve levering

Piloteksperiment

RNA-ekstraktion

Biblioteksforberedelse

Biblioteksbyggeri

Biblioteksforberedelse

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Eftersalgsservice

Eftersalgsservice


  • Tidligere:
  • Næste:

  • Bioinformatik

    wps_doc_15

    circRNA forudsigelse: kromosomfordeling

     billede 36

     

    Differentielt udtrykte circRNA'er - Vulkanplot

     billede 37

     

    Differentielt udtrykte circRNA'er - hierarkisk clustering

     billede 38

     

    Funktionel berigelse af circRNAs værtsgener

     billede 39

     

     

    Udforsk de forskningsfremskridt, der er lettet af BMKGene' circRNA-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.

     

    Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 regulerer cirRNA-dannelse og mikroRNA-medieret gendæmpning i hepatocellulært karcinom', Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.

    Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsivt transkriptom afslører rollen af ​​det cirkulære RNA133 i sygdomsresistens ved at regulere ekspression af OsARAB i ris', Phytopathology Research, 5(1), s. 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURE/6.

    Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulerer balancen mellem cirkulære og lineære transkripter i hepatocellulært karcinom'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

    Zhang, Y. et al.(2023) 'Omfattende evaluering af circRNA'er i cirrhotisk kardiomyopati før og efter levertransplantation', International Immunopharmacology, 114, s.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.

    få et citat

    Skriv din besked her og send den til os

    Send din besked til os: