Produkter

DNA/RNA sekventering -PacBio Sequencer

PacBio sekventeringsplatform er en langlæst sekvenseringsplatform, som også er kendt som en af Third-Generation Sequencing (TGS) teknologierne.Kerneteknologien, single-molecule real-time (SMRT), giver mulighed for generering af læsninger med titusinder af kilo-base i længden.På basis af "Sequencing-by-Synthesis" opnås enkelt nukleotidopløsning ved hjælp af Zero-mode waveguide (ZMW), hvor kun begrænset volumen i bunden (stedet for molekylesyntese) er belyst.Derudover undgår SMRT-sekventering stort set sekvensspecifik bias i NGS-systemet, idet de fleste PCR-amplifikationstrin ikke er påkrævet i bibliotekskonstruktionsprocessen.

Platform: Sequel II, Revio

Kontakt os

Servicedetaljer

Demo resultater

Funktioner

To sekventeringstilstande på PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) og Circular Consensus Read (CCS)

Sekvenseringstilstand

Bibliotekets størrelse

Teoretiske dataUdbytte (pr. celle)

Enkelt-baseNøjagtighed

Ansøgninger

CLR

20Kb, 30Kb osv.

80 Gb til 130 Gb

Ca.85 %

De novo, SV-kald osv.

CCS

15-20 Kb

14 til 40 Gb/celle (Sequel II)

70 til 110 Gb/celle (Revio)

Afhænger af prøverne

Ca.99 %

De novo, SNP/Indel/SV-kald, Iso-Seq,

Sammenligning af ydeevnen og funktionerne i Revio og Sequel II

Betingelser	Sequel II-system	Revio system	Øge
Højere tæthed	8 millioner ZMW	25 millioner ZMW	3x
Uafhængige stadier	1	4	4x
Kortere køretider	30 timer	24 timer	1,25x
30X HiFi humane genomer / år	88	1.300	15x samlet

Service fordele

● Over 8 års erfaring på PacBio sekventeringsplatform med tusindvis af lukkede projekter med forskellige arter.

● Fuldt udstyret med de nyeste PacBio Sequencing platforme, Revio for at garantere tilstrækkelig sekventeringsgennemstrømning.

● Hurtigere ekspeditionstid, højere dataudbytte og mere nøjagtige data.

● Bidraget i hundredvis af storslåede PacBio-baserede publikationer.

Prøvekrav

Prøvetype

Beløb

Koncentration （Qubit®）

Bind

Renhed

Andre

Genomisk DNA

Afhænger af datakrav

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Klar top ved 260 nm，ingen forurening

Koncentration skal måles ved Qubit og Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Total RNA

≥1,2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;ingen forurening

RIN-værdi ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Service Workflow

Prøveforberedelse

Biblioteksbyggeri

Sekvensering

Dataanalyse

Projekt levering

Tidligere: OEM-producent Mrna Sequencing Service - Lang ikke-kodende sekventering-Illumina – Biomarker

Næste: Illumina og BGI

1.In-house dataudbytte

Data genereret fra 63 CCS-celler (fra 26 arter)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Gennemsnit	Maks	Min	Median
Udbytte - underlæsninger (Gb)	421,12	544,27	221,38	426,58
Yiled - CCS(Gb)	25,93	38,59	10,86	25.43
Polymerase N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Underlæser N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9.876	14.747
Gennemsnitlig længde - Polymerase	67.995	89.379	49.664	66.433
Gennemsnitlig længde-Subreads	15.866	21.036	11.657	16.012
Gennemsnitlig længde-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

Data genereret fra 16 CLR-celler (fra 76 arter)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Gennemsnit	Maks	Min	Median
Udbytte - underlæsninger (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polymerase N50	39.456	121.191	15.389	35.231
Underlæser N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Gennemsnitlig længde - Polymerase	22.063	48.886	8.747	21.555
Gennemsnitlig længde-Subreads	17.720	27.225	8.293	17.779

2. Data QC – DemoStatistik over dataudbytte

Prøve	ccs Læser Num	Samlet ccs-baser (bp)	ccs læser N50 (bp)	ccs middellængde (bp)	ccs længst læst (bp)	subreads Baser (bp)	ccs rate (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6,27