Platform | Bibliotekstørrelse | Teoretiske dataudbytte (pr. Celle) | Enkeltbaseret nøjagtighed | Applikationer |
Nanopore | 8 kb, 10 kb, 20 kb, ultralong, cDNA-PCR | 70-90 GB/celle | 85-92% | SV-opkald, de novo, sekventering i fuld længde, iso-seq, gennotation, påvisning af DNA-methylering |
● Over 5 års erfaring på Pacbio -sekventeringsplatform med tusinder af lukkede projekter med forskellige arter.
● BMKGENE er en officiel partner i Oxford Nanopore med dobbelt platform RNA/DNA -certificering.
● Der er mainstream -modeller af sequencere med komplet udstyr og tilstrækkelig sekventeringsgennemstrømning.
● Baseret på nanopore -platformen er der blevet offentliggjort mere end 10 dyre- og plante -Denovo -undersøgelser i internationalt anerkendte tidsskrifter.
Prøvetype | Beløb | Koncentrion (Qubit ®) | Bind | Renhed | Andre |
Genomisk DNA | Afhænger af datakrav | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1,5 ; Klar top ved 260 nm , ingen forureninger | Koncentration skal måles ved qubit og qubit/nanopore ≤ 2 |
Total RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Ingen forureninger | RIN -værdi ≥7,5 |
Vurdering af datakvalitet af DNA -prøve
Tabel 1. Statistik om rene data.
Bmkid | Rawseqnum | Rawsumbase | Cleanseqnum | CleanSumbase | Cleann50Len | Cleann90Len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Datakvalitetsvurdering af RNA -prøve
Tabel 1. Statistik om rene data.
Filnavn | ClientId | Readnum | Basenum | N50 | Middelængde | Maxlength | Middelværdi |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figur 1. Læs længdefordeling
Figur 2. Kvalitetsresultatfordeling af rene data
Figur 3. Længde og kvalitetsresultatfordeling af rene data