DNA/RNA-sekventering – Nanopore-sekventering

DNA/RNA-sekventering – Nanopore Sequencer Udvalgt billede

ONT-sekventering er et enkelt molekyle i realtid elektrisk signalsekventeringsteknologi baseret på nanoporer, sekventeringsprincippet for hver platform er det samme.Dobbeltstrenget DNA/RNA vil binde til nanoporøst protein indlejret i biofilmen og afvikles under føring af motorprotein, under påvirkning af spændingsforskel fra begge sider af biofilmen passerer DNA/RNA-strenge gennem nanoporekanalproteinet på en vis sats.På grund af forskellene i de kemiske egenskaber af de forskellige baser på DNA/RNA-strengen, vil det, når en enkelt base eller DNA-molekyle passerer gennem nanoporekanalen, forårsage ændring af forskellige elektriske signaler.Ved at detektere og svare til disse signaler kan de tilsvarende basetyper beregnes, og realtidsdetekteringen af sekvensen kan fuldføres.

Kontakt os

Servicedetaljer

Demo resultat

Servicedetaljer Funktioner

Platform	Bibliotekets størrelse	Teoretisk dataudbytte (pr. celle)	Enkeltbaseret nøjagtighed	Ansøgninger
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, ultralang, cDNA-PCR	70-90 Gb/celle	85-92 %	SV-kald, De novo, Fuldlængde-sekventering, Iso-Seq, Genannotering, Detektion af DNA-methylering

Service fordele

● Over 5 års erfaring på PacBio sekventeringsplatform med tusindvis af lukkede projekter med forskellige arter.
● BMKGENE er en officiel partner for Oxford Nanopore, med dobbelt platform RNA/DNA certificering.
● Der er mainstream-modeller af sequencere med komplet udstyr og tilstrækkelig sekventeringsgennemstrømning.
● Baseret på Nanopore-platformen er mere end 10 dyre- og plante-Denovo-forskninger blevet publiceret i internationalt anerkendte tidsskrifter.

Prøvekrav

Prøvetype

Beløb

Koncentration (Qubit ®)

Bind

Renhed

Andre

Genomisk DNA

Afhænger af datakrav

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5；

Klar top ved 260 nm, ingen forurening

Koncentrationen skal måles med Qubit og Qubit/Nanopore ≤ 2

Total RNA

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5；ingen forurening

RIN-værdi ≥7,5

Service Workflow

Prøveforberedelse

Biblioteksbyggeri

Sekvensering

Dataanalyse

Projekt levering

Tidligere: DNA/RNA-sekventering – Illumina-sekventering

Næste: Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Datakvalitetsvurdering af DNA-prøve

Tabel 1. Statistik over rene data.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	renN50Len	renN90Len	cleanMeanLen	renMaxLen	cleanMeanQual
DNA_BMK01	1.218.239	26,37	1.121.736	25,90	28.014	15.764	23.090	143.181	9