● Indfangning af poly-mRNA før biblioteksfremstilling
● Valgfri forberedelse af retningsbestemt mRNA-bibliotek for at muliggøre opnåelse af strengspecifikke sekventeringsdata
● Bioinformatisk analyse af genekspression og transskriptionsstruktur
●Omfattende ekspertise: Vores team har behandlet over 600.000 prøver hos BMKgene, der spænder over forskellige prøvetyper såsom cellekulturer, væv og kropsvæsker. Vi bringer et væld af erfaring til hvert projekt og har med succes gennemført over 100.000 mRNA-Seq-projekter inden for forskellige forskningsdomæner.
●Strenge kvalitetskontrol: Vi implementerer centrale kontrolpunkter på tværs af alle stadier, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent højkvalitetsresultater, hvilket sikrer dig, at dit projekt er i pålidelige hænder.
●Omfattende anmærkning: Vi bruger flere databaser til funktionelt at annotere de differentielt udtrykte gener (DEG'er) og udføre tilsvarende berigelsesanalyser. Denne omfattende tilgang giver indsigt i de cellulære og molekylære processer, der ligger til grund for transkriptomresponset, og sikrer, at du er fuldt informeret om dit projekts resultater.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontrol |
Poly A beriget | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider:
Konc.(ng/μl) | Mængde (μg) | Renhed | Integritet | |
Standard bibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
Retningsbestemt bibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrænset eller ingen basislinjestigning |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
●Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Indvolde eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knogler, hår eller hud: 1g
● Leddyr:
Insekter: 6g
Krebsdyr: 300 mg
● Fuldblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. RNA-bordrør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Bioinformatik
Eukaryot mRNA-sekventeringsanalyse arbejdsgang
Bioinformatik
ØKvalitetskontrol af rådata
ØReferencegenomjustering
ØTransskriptionsstrukturanalyse
ØKvantificering af udtryk
ØDifferentiel ekspressionsanalyse
ØFunktionsanmærkning og berigelse
Reference Genome Alignment
Datamætning
Prøvekorrelation og vurdering af biologiske replikater
Differentielt udtrykte gener (DEG'er)
Funktionel annotering af DEG'er
Funktionel berigelse af DEG'er
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan og triclocarban svækker guldfiskens lugtekapacitet ved at begrænse lugtgenkendelse, forstyrre lugtsignaltransduktion og forstyrre lugtinformationsbehandling', Water Research, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaprer human p11 for at omdirigere svampeholdige fagosomer til ikke-nedbrydende vej', Cell Host & Microbe, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transcription Factors Involved in Shoot Development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifolium-genomet og den molekylære mekanisme, der ligger til grund for forskellige capitulum-typer', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'En kaskade nanoreaktor til forbedring af sonodynamisk terapi på kolorektal cancer via synergistisk ROS-forstærkning og autofagiblokering', Nano Today, 49, s. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.