Eukaryot mRNA-sekventering-Illumina
Fordele
ØMeget erfaren: Over 200.000 prøver er blevet behandlet i BMK, der dækker forskellige prøvetyper, herunder cellekultur, væv, kropsvæske osv. og over 7.000 mRNA-Seq-projekter lukket, der dækker forskellige forskningsområder.
ØStreng kvalitetskontrolsystem: Kernekvalitetskontrolpunkter gennem alle trin, inklusive prøveforberedelse, biblioteksforberedelse, sekventering og bioinformatik er under nøje overvågning for at levere resultater af høj kvalitet.
ØFlere databaser tilgængelige for funktionsannotering og berigelsesstudier for at opfylde forskellige forskningsmål.
ØEftersalgsservice: Eftersalgsservice gælder i 3 måneder efter projektafslutning, herunder projektopfølgning, fejlfinding, resultater Q&A mv.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontrol |
| Poly A beriget | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Prøvekrav:
Nukleotider:
| Renhed | Integritet | Beløb |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel. | For planter: RIN≥6,5;For dyr: RIN≥7;28S/18S≥1,0;begrænset eller ingen basislinjestigning | Konc.≥30 ng/μl;Volumen ≥ 10 μl;I alt ≥ 1,5 μg |
Væv: Vægt (tør):≥1 g
*For væv, der er mindre end 5 mg, anbefaler vi at sende lynfrosset (i flydende nitrogen) vævsprøve.
Cellesuspension:Celletal = 3×106- 1×107
*Vi anbefaler at sende frosset cellelysat.I tilfælde af at cellen tæller mindre end 5×105, anbefales flashfrosset i flydende nitrogen, hvilket er at foretrække til mikroekstraktion.
Blodprøver:Volumen≥1 ml
Mikroorganisme:Masse ≥ 1 g
Anbefalet prøvelevering
Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
- Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
- RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Prøve levering
RNA-ekstraktion
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Bioinformatik
Eukaryot mRNA-sekventeringsanalyse arbejdsgang
Bioinformatik
ØKvalitetskontrol af rådata
ØReferencegenomjustering
ØTransskriptionsstrukturanalyse
ØKvantificering af udtryk
ØDifferentialekspressionsanalyse
ØFunktionsanmærkning og berigelse
1.mRNA-datamætningskurve
2.Differentiel ekspressionsanalyse-Vulcano plot
3.KEGG annotation på DEG'er
4.GO-klassificering på DEG'er
