De novo svampegenomforsamling
Bmkgene tilbyder alsidige opløsninger til svampegenomer, der serverer forskellige forskningsbehov og ønsket genom fuldstændighed. Brug af kortlæst Illumina-sekventering alene tillader generering af et udkast til genom. Kortlæsninger og langlæst sekventering ved anvendelse af nanopore eller pacbio kombineres for et mere raffineret svampegenom med længere contigs. Desuden forbedrer integrering af HI-C-sekventering yderligere kapaciteterne, hvilket muliggør opnåelse af et komplet genom på kromosomniveau.
Servicefunktioner
Med tre mulige muligheder at vælge imellem afhængigt af den ønskede grad af genomudvikling:
● Udkast til genomindstilling: Kortlæst sekventering med Illumina Novaseq PE150.
● Fungal fin genomindstilling:
Genomundersøgelse: Illumina Novaseq PE150.
Genomforsamling: Pacbio Revio (HiFi læser) eller Nanopore Promethion 48.
● Kromosomniveau svampe genom:
Genomundersøgelse: Illumina Novaseq PE150.
Genomforsamling: Pacbio Revio (HiFi læser) eller Nanopore Promethion 48.
Contig forankring med HI-C-samling.
Servicefordele
●Flere sekventeringsstrategier tilgængelige: For forskellige forskningsmål og krav til genomudvikling
●Komplet bioinformatik Workflow:Dette inkluderer genomsamling og forudsigelse af flere genomiske elementer, funktionel gennotation og Contig forankring.
●Omfattende ekspertise: Med over 12.000 mikrobielle genomer samlet, bringer vi over et årti med erfaring, et meget dygtigt analyseteam, omfattende indhold og fremragende support efter salget.
●Support efter salg:Vores forpligtelse strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
Servicespecifikationer
| Service | Sekventeringsstrategi | Kvalitetskontrol |
| Udkast til genom | Illumina PE150 100X | Q30≥85% |
| Fin genom | Genomundersøgelse: Illumina PE150 50 x Samling: Pacbio Hifi 30x eller Nanopore 100x | Contig N50 ≥1mb （Pacbio Unicellular） Contig N50 ≥2mb （ont Unicellular） Contig N50 ≥500kb （Andre） |
| Genom på kromosomniveau | Genomundersøgelse: Illumina PE150 50 x Samling: Pacbio Hifi 30x eller Nanopore 100x HI-C Assembly 100x | Contig forankringsforhold> 90%
|
Servicekrav
| Koncentration (ng/µl) | Samlet beløb (µg) | Volumen (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Unicellulær svamp: ≥3,5x1010 celler
Makrostvamp: ≥10 g
Service Work Flow
Eksempel på levering
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Inkluderer følgende analyse:
Genomundersøgelse:
- Sekventering af datakvalitetskontrol
- Genomestimering: Størrelse, heterozygositet, gentagne elementer
Fin genomforsamling:
- Sekventering af datakvalitetskontrol
- De novoForsamling
- Genomkomponentanalyse: Forudsigelse af cd'er og flere genomiske elementer
- Funktionel annotation med flere generelle databaser (GO, KEGG osv.) Og avancerede databaser (kort, VFDB osv.)
Hi-C-samling:
- Hi-C Biblioteksvurdering.
- Contigs forankre klynger, bestilling og orientering
- Evaluering af HI-C-samling: Baseret på referencegenom og varmekort
Genomundersøgelse: K-MER-distribution
Genomforsamling: Genhomolog annotation (NR -database)
Genomforsamling: Funktionel gennotation (GO)
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs svampegenommonteringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Hao, J. et al. (2023) 'Integreret OMIC -profilering af den medicinske svampe Inonotus obliquus under nedsænkede forhold',BMC Genomics, 24 (1), s. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figurer/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genomsekvensering af genome afslører udviklingen og patogene mekanismer for Wheat Sharp Eyespot Pathogen Rhizoctonia Crealis', ',Crop Journal, 11 (2), s. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomressourcer til fire Clarireedia -arter, der forårsager dollarplet på forskellige turfgrasser',Plantesygdom, 107 (3), s. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetisk og molekylær bevis for et tetrapolært parringssystem i den spiselige svampe Grifola Frondosa',Journal of Fungi, 9 (10), s. 959. doi: 10.3390/jof9100959/s1.
