Metagenomisk sekventering -NGS
Et metagenom er en samling af det samlede genetiske materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og menneskelige metagenomer. Det indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Shotgun-metagenomisk sekventering med NGS muliggør studiet af disse indviklede genomiske landskaber indlejret i miljøprøver ved at give mere end taksonomisk profilering, men også give detaljeret indsigt i artsdiversitet, forekomstdynamik og komplekse populationsstrukturer. Ud over taksonomiske studier tilbyder shotgun-metagenomik også et funktionelt genomisk perspektiv, der muliggør udforskning af kodede gener og deres formodede roller i økologiske processer. Endelig bidrager etableringen af korrelationsnetværk mellem genetiske elementer og miljøfaktorer til en holistisk forståelse af det indviklede samspil mellem mikrobielle samfund og deres økologiske baggrund. Afslutningsvis står metagenomisk sekventering som et centralt instrument til at opklare de genomiske indviklede detaljer i forskellige mikrobielle samfund og belyse de mangesidede forhold mellem genetik og økologi inden for disse komplekse økosystemer.
Platforme: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
Servicefordele
●Isolerings- og dyrkningsfri metode til profilering af mikrobielle samfundMuliggør sekventering af genetisk materiale fra udyrkelige organismer.
●Høj opløsning: Detekter arter med lav forekomst i miljøprøver.
●Omfattende bioinformatisk analyse:Fokuseret ikke kun på taksonomisk diversitet, men også på samfundets funktionelle diversitet.
●Omfattende erfaring:Med en dokumenteret succesfuld lukning af adskillige metagenomprojekter inden for forskellige forskningsområder og behandling af over 200.000 prøver, bringer vores team en bred vifte af erfaring til hvert projekt.
Servicespecifikationer
| Sekventeringsplatform | Sekventeringsstrategi | Anbefalede data | Kvalitetskontrol |
| Illumina NovaSeq eller DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet beløb (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jord/slam: 2-3 g
● Tarmindhold - animalsk: 0,5-2 g
● Tarmindhold - insekt: 0,1-0,25 g
● Planteoverflade (beriget sediment): 0,5-1 g
● Fermenteringsbouillonberiget sediment): 0,2-0,5 g
● Afføring (store dyr): 0,5-2 g
● Afføring (mus): 3-5 korn
● Pulmonal alveolær lavagevæske: filterpapir
● Vaginal podning: 5-6 podninger
● Hud-/kønsprøve/spyt-/mundsvæske-/svælg-/rektal-podning: 2-3 podninger
● Overflademikroorganisme: 5-6 podninger
● Vandmasse/luft/biofilm: filterpapir
● Endofytter: 2-3 g
● Tandplak: 0,5-1 g
Servicearbejdsgang
Prøvelevering
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontrol af sekventeringsdata
● Metagenomsamling og genforudsigelse
● Genannotering
● Taksonomisk alfadiversitetsanalyse
● Funktionel analyse af samfundet: biologisk funktion, metabolisk, antibiotikaresistens
● Analyse af både funktionel og taksonomisk diversitet:
Beta-diversitetsanalyse
Intergruppeanalyse
Korrelationsanalyse: mellem miljøfaktorer og OUT-sammensætning og -diversitet
Funktionel analyse: CARD antibiotikaresistens
Differentiel analyse af KEGG-metaboliske veje: varmekort over signifikante veje
Alfa-diversitet af taksonomisk udbredelse: ACE-indeks
Beta-diversitet af taksonomisk distribution: PCoA
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes metagenomsekventeringstjenester med Illumina, gennem en kurateret samling af publikationer.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomisk og metabolomisk analyse af ændringer i tarmindholdet hos regnbueørred (Oncorhynchus mykiss) inficeret med infektiøs hæmatopoietisk nekrosevirus ved forskellige kulturvandtemperaturer',Grænser inden for mikrobiologi, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobielle samfund, resistensgener og resistomrisici i bysøer med forskellige trofiske tilstande: Interne forbindelser og eksterne påvirkninger',Tidsskrift for fremskridt inden for farlige materialer, 9, s. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomisk analyse afslørede forskelle i sammensætning og funktion mellem væskeassocierede og faststofassocierede mikroorganismer i fårevom',Grænser inden for mikrobiologi, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota afledt af overvægtige Ningxiang-grise omdanner carnitinmetabolisme for at fremme muskelfedtsyreaflejring hos magre, slanke, slanke grise',Innovationen4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomisk indsigt i de potentielle risici ved repræsentativ bio/ikke-nedbrydelig plast og ikke-plastisk affald i de øvre og nedre løb af Haihe-flodmundingen, Kina',Videnskaben om det samlede miljø, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
