Metagenomisk sekventering -ngs
Et metagenom er en samling af det samlede genetiske materiale i et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og humane metagenomer. Det indeholder genomer af både kultivatable og ukultivable mikroorganismer. Haglgeun metagenomisk sekventering med NGS muliggør undersøgelse af disse komplicerede genomiske landskaber indlejret i miljømæssige prøver ved at give mere end taksonomisk profilering, hvilket også giver granulær indsigt i artsdiversitet, overfloddynamik og komplekse populationsstrukturer. Ud over taksonomiske undersøgelser tilbyder haglgeværet Metagenomics også et funktionelt genomikperspektiv, der muliggør udforskning af kodede gener og deres formodede roller i økologiske processer. Endelig bidrager etablering af korrelationsnetværk mellem genetiske elementer og miljøfaktorer til en holistisk forståelse af det komplicerede samspil mellem mikrobielle samfund og deres økologiske baggrund. Afslutningsvis er metagenomisk sekventering som et centralt instrument til at afsløre de genomiske forviklinger i forskellige mikrobielle samfund, der belyser de mangefacetterede forhold mellem genetik og økologi inden for disse komplekse økosystemer.
Platforme: Illumina Novaseq og DNBSEQ-T7
Servicefordele
●Isolering og dyrkningsfri metode til mikrobiel samfundsprofilering: Aktivering af sekventering af genetisk materiale fra ukultiverbare organismer.
●Høj opløsning: Detekterer arter med lav overflod i miljøprøver.
●Omfattende bioinformatikanalyse:Fokuserede ikke kun på taksonomisk mangfoldighed, men også på den funktionelle mangfoldighed i samfundet.
●Omfattende erfaring:Med en track record med succesfuld lukning af flere metagenomiske projekter inden for forskellige forskningsdomæner og behandling af over 200.000 prøver, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.
Servicespecifikationer
| Sekventeringsplatform | Sekventeringsstrategi | Anbefalet data | Kvalitetskontrol |
| Illumina Novaseq eller DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µl) | Samlet beløb (NG) | Volumen (µl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jord/slam: 2-3g
● Intestinal Content-Animal: 0,5-2G
● Intestinalindhold-insekt: 0,1-0,25 g
● Planteoverflade (beriget sediment): 0,5-1g
● Fermentering Bouillon beriget sediment): 0,2-0,5 g
● fæces (store dyr): 0,5-2g
● fæces (mus): 3-5grains
● Pulmonal alveolær skylningsvæske: filterpapir
● Vaginal pind: 5-6 pinde
● Hud/kønsorgan
● Overflademikroorganisme: 5-6 pinde
● Waterbody/Air/Biofilm: Filterpapir
● Endofytter: 2-3g
● tandplak: 0,5-1g
Service Work Flow
Eksempel på levering
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Sekventering af datakvalitetskontrol
● Metagenome -samling og genforudsigelse
● Genanotation
● Taxonomisk alfa -mangfoldighedsanalyse
● Funktionel analyse af samfundet: biologisk funktion, metabolisk, antibiotikaresistens
● Analyse af både funktionel og taksonomisk mangfoldighed:
Beta -mangfoldighedsanalyse
Intergruppeanalyse
Korrelationsanalyse: Mellem miljøfaktorer og ud sammensætning og mangfoldighed
Funktionel analyse: kortantibiotikaresistens
Differentialanalyse af KEGG Metabolske veje: Varme kort af betydelige veje
Alfa -mangfoldighed af taksonomisk distribution: ACE -indeks
Beta mangfoldighed af taksonomisk distribution: PCOA
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs Metagenome -sekventeringstjenester med Illumina gennem en kurateret samling af publikationer.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomisk og metabolomisk analyse af ændringer i tarmindhold i regnbueørreder (Oncorhynchus mykiss) inficeret med infektiøs hæmatopoietisk nekrosevirus ved forskellige kulturvandstemperaturer',Frontiers in Microbiology, 14, s. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobielle samfund, resistensgener og resistomrisici i byøer i forskellige trofiske tilstande: interne forbindelser og eksterne påvirkninger',Tidsskrift for farlige materialer fremskridt, 9, s. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomisk analyse afslørede forskelle i sammensætning og funktion mellem væskeassocierede og solidassocierede mikroorganismer af fåremumre',Frontiers in Microbiology, 13, s. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Overvægtige Ningxiang Pig-afledte mikrobiota omstrømmer carnitinmetabolisme for at fremme muskelfedtsyreaflejring i magre dly svin',Innovationen, 4 (5), s. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomisk indsigt i de potentielle risici for repræsentativ bio/ikke-nedbrydelig plastik og ikke-plastisk affald i den øvre og nedre række af Haihe Estuary, Kina',Videnskab om det samlede miljø, 887, s. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
