page_head_bg

Produkter

Metagenomisk sekvensering (NGS)

Metagenom refererer til en samling af totalt genetisk materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømetagenom, humant metagenom osv. Det indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer.Metagenomisk sekventering er et molekylært værktøj, der bruges til at analysere de blandede genomiske materialer ekstraheret fra miljøprøver, som giver detaljerede oplysninger om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer.

Platform:Illumina NovaSeq6000


Servicedetaljer

Demo resultater

Casestudie

Service fordele

ØIsolering og dyrkningsfri til mikrobiel samfundsprofilering

ØHøj opløsning ved påvisning af arter med lav forekomst i miljøprøver

ØIdeen om "meta-" integrerer alle biologiske træk på funktionsniveau, artsniveau og genniveau, hvilket afspejler et dynamisk syn, der er tættere på virkeligheden.

ØBMK akkumulerer massiv erfaring i forskellige prøvetyper med over 10.000 behandlede prøver.

Servicespecifikationer

SekvenseringPlatform

Bibliotek

Anbefalet dataudbytte

Estimeret ekspeditionstid

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dage

Bioinformatiske analyser

üKvalitetskontrol af rådata

üMetagenom samling

üIkke-redundant gensæt og annotering

üartsdiversitetsanalyse

üGenetisk funktionsdiversitetsanalyse

üInter-gruppe analyse

üAssociationsanalyse mod eksperimentelle faktorer

2

Prøvekrav og levering

Prøvekrav:

TilDNA-ekstrakter:

Prøvetype

Beløb

Koncentration

Renhed

DNA-ekstrakter

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalet prøveudtagningsprocedure

Jord

Prøvemængde: ca.5 g;Resterende visnet stof skal fjernes fra overfladen;Slib store stykker og passer gennem 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube til reservation.

Afføring

Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube til reservation.

Tarmindhold

Prøver skal behandles under aseptisk tilstand.Vask opsamlet væv med PBS;Centrifuger PBS'en og opsaml præcipitanten i EP-rør.

Slam

Prøvemængde: ca.5 g;Saml og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryorør til reservation

Vandlegeme

For prøver med begrænset mængde mikrobiel, såsom postevand, brøndvand osv., Saml mindst 1 L vand og passer gennem 0,22 μm filter for at berige mikrobiel på membranen.Opbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrab forsigtigt hudoverfladen med en steril vatpind eller et kirurgisk blad og læg den i et sterilt rør.

Anbefalet prøvelevering

Frys prøverne i flydende nitrogen i 3-4 timer og opbevar dem i flydende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservation.Prøveforsendelse med tøris er påkrævet.

Service Work Flow

logo_02

Prøve levering

logo_04

Biblioteksbyggeri

logo_05

Sekvensering

logo_06

Dataanalyse

logo_07

Eftersalgsservice


  • Tidligere:
  • Næste:

  • 1. Histogram: Artsfordeling

    3

    2. Funktionelle gener annoteret til KEGG metaboliske veje

    4

    3. Varmekort: Differentielle funktioner baseret på relativ genoverflod54.Circos af CARD-antibiotikaresistensgener

    6

    BMK sag

    Forekomst af antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangrove-rodkontinuummet

    Udgivet:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sekvenseringsstrategi:

    Materialer: DNA-ekstrakter af fire fragmenter af mangroverodsassocierede prøver: uplantet jord, rhizosfære, episfære og endosfære
    Platform: Illumina HiSeq 2500
    Mål: Metagenom
    16S rRNA gen V3-V4 region

    Nøgleresultater

    Metagenomisk sekventering og metabarcoding profilering på jord-rod kontinuum af mangrovetræer blev behandlet for at studere spredningen af ​​antibiotikaresistensgener (ARG'er) fra jord til planter.Metagenomiske data afslørede, at 91,4% af antibiotikaresistensgener almindeligvis blev identificeret i alle fire ovennævnte jordrum, hvilket viste en kontinuerlig måde.16S rRNA amplikon sekventering genererede 29.285 sekvenser, der repræsenterer 346 arter.Kombineret med artsprofilering ved amplikon-sekventering blev denne formidling fundet at være uafhængig af rodassocieret mikrobiota, men den kunne lettes af mobile af genetiske elementer.Denne undersøgelse identificerede strømmen af ​​ARG'er og patogener fra jord til planterne gennem indbyrdes forbundne jord-rod kontinuum.

    Reference

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Forekomst af antibiotikaresistensgener og bakterielle patogener langs jord-mangroverodkontinuummet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    få et citat

    Skriv din besked her og send den til os

    Send din besked til os: