Metatranscriptomsekventering
Servicefunktioner
● rRNA-udtømning efterfulgt af retningsbestemt mRNA-biblioteksforberedelse.
● Sekventering på Illumina NovaSeq.
Servicefordele
●Undersøg ændringerne i komplekse mikrobielle samfund:Dette sker på transkriptionelt niveau og udforsker potentielle nye gener.
●Forklaring af mikrobielle samfunds interaktioner med værten eller miljøet.
●Omfattende bioinformatisk analyseDette giver indsigt i samfundets taksonomiske og funktionelle sammensætninger, samt analyse af differentiel genekspression.
●Omfattende genannotation:Brug af opdaterede genfunktionsdatabaser til informativ information om genekspression i mikrobielle samfund.
●Support efter salg:Vores engagement rækker ud over projektets afslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I denne periode tilbyder vi projektopfølgning, assistance til fejlfinding og spørgerunde for at besvare eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Servicespecifikationer
| Sekventeringsplatform | Sekventeringsstrategi | Anbefalede data | Datakvalitetskontrol |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Krav til prøve
| Koncentration (ng/µL) | Samlet mængde (µg) | Volumen (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Servicearbejdsgang
Prøvelevering
Biblioteksbyggeri
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontrol af sekventeringsdata
● Transskriptionssamling
● Taksonomisk annotation og forekomst
● Funktionel annotation og abundans
● Ekspressionskvantificering og differentialanalyse
Taksonomisk fordeling af hver prøve:
Betadiversitetsanalyse: UPGMA
Funktionel annotation – GO-forekomst
Differentiel taksonomiforekomst – LEFSE
Udforsk de fremskridt, der er muliggjort af BMKGenes meta-transkriptomiske sekventeringstjenester, gennem en kurateret samling af publikationer.
Lu, Z. et al. (2023) 'Syretolerance hos laktatudnyttende bakterier af ordenen Bacteroidales bidrager til forebyggelse af vom-acidose hos geder, der er tilpasset en diæt med højt koncentreret foder',Dyreernæring, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) 'Afdækning af kernefunktionel mikrobiota i traditionel faststoffermentering ved hjælp af højkapacitetsamplikoner og metatranscriptomics-sekventering',Grænser inden for mikrobiologi, 8 (JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) 'Nye mykovirusser opdaget fra en metatranscriptomisk undersøgelse af den fytopatogene Alternaria-svamp',Virusser, 14(11), s. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) 'Parallel metatranscriptomanalyse afslører nedbrydning af sekundære plantemetabolitter af biller og deres tarmsymbionter',Molekylær Økologi, 31(15), s. 3999-4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
