Metatranskriptom-sekventering
Servicefunktioner
● rRNA-depletering efterfulgt af retningsbestemt mRNA-biblioteksforberedelse.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
Service fordele
●Undersøg ændringerne af komplekse mikrobielle samfund:Dette sker på transkriptionsniveau og udforske potentielle nye gener.
●Forklaring af mikrobielle fællesskabsinteraktioner med værten eller miljøet.
●Omfattende bioinformatisk analyse: Dette giver indsigt i samfundets taksonomiske og funktionelle sammensætninger samt differentiel genekspressionsanalyse.
●Omfattende genanmærkning:Brug af opdaterede genfunktionsdatabaser til informativ genekspressionsinformation om mikrobielle samfund.
●Support efter salg:Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.
Service specifikationer
| Sekvenseringsplatform | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Datakvalitetskontrol |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 Gb | Q30≥85 % |
Prøvekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet mængde (µg) | Volumen (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Indeholder følgende analyse:
● Sekventering af datakvalitetskontrol
● Udskriftssamling
● Taksonomisk annotation og overflod
● Funktionel annotering og overflod
● Udtrykskvantificering og differentialanalyse
Taksonomisk fordeling af hver prøve:
Beta diversitetsanalyse: UPGMA
Funktionel annotation – GO overflod
Differentialtaksonomioverflod – LEFSE
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGenes meta transcriptomics-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Lu, Z. et al. (2023) 'Syretolerance af laktat-udnyttende bakterier af ordenen Bacteroidales bidrager til forebyggelse af ruminal acidose hos geder tilpasset en højkoncentreret kost',Dyrenæring, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) 'Optrævling af kernefunktionel mikrobiota i traditionel faststoffermentering ved hjælp af amplikoner med høj gennemstrømning og metatranskriptomisk sekventering',Grænser i mikrobiologi8 (JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULD.
Wang, W. et al. (2022) 'Novel Mycoviruses Discovered from a Metatranscriptomics Survey of the Phytopathogenic Alternaria Fungus',Virus14(11), p. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) 'Parallel metatranskriptomanalyse afslører nedbrydning af plantesekundære metabolitter af biller og deres tarmsymbiioner',Molekylær Økologi, 31(15), s. 3999-4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
