mRNA-sekvensering (NGS) – De novo

mRNA-sekventering muliggør profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold og er en udbredt teknologi inden for forskellige forskningsområder. BMKCloud De novo mRNA-seq-pipelinen er designet til at analysere poly-A-berigede sekventeringsbiblioteker, når der ikke er noget referencegenom tilgængeligt. Pipelinen starter med kvalitetskontrol, efterfulgt afpå nyTranskriptsamling og udvælgelse af unikensæt. Unigenstrukturanalysen forudsiger kodningssekvens (CDS) og simple sekvensgentagelser (SSR). Efterfølgende finder differentiel ekspressionsanalyse differentielt udtrykte gener (DEG'er) blandt de testede betingelser, efterfulgt af funktionel annotation og berigelse af DEG'er for at udtrække biologisk indsigt.