BMKCloud Log in
条形banner-03

Nyheder

GENOMEVOLUTION

Genom De novo
Forsamling|Kønsbestemmelse Hele sekventeringsarbejdet og delvise bioinformatiske tjenester blev leveret af Biomarker Techonologies.

Abstrakt

Den ikoniske fænotype af havdrager inkluderer bladlignende vedhæng, en tandløs rørformet mund og mandlig graviditet, der involverer inkubation af befrugtede æg på et åbent "brodplet".Vi de novo-sekventerede mandlige og kvindelige genomer af den almindelige havdrage (Phyllopteryx taeniolatus) og dens nært beslægtede arter, alligatorrørfisken (Syngnathoides biaculeatus).Transskriptionsprofiler fra en evolutionær nyhed, de bladlignende vedhæng, viser, at et sæt gener, der typisk er involveret i finneudvikling, er blevet co-opteret såvel som en berigelse af transkripter til potentielle vævsreparations- og immunforsvarsgener.Zebrafiskmutanterne for scpp5, som går tabt i alle syngnathider, viste sig at mangle eller have deformerede svælgetænder, hvilket understøtter hypotesen om, at tabet af scpp5 har bidraget til tabet af tænder hos syngnathider.Et formodet kønsbestemmende locus, der koder for et han-specifikt amhr2y-gen, der deles af almindelig havdrage- og alligatorrørfisk, blev identificeret. 

Materialer og metoder:

Materialer

Fvores fælles havdrage (P. taeniolatus) og to alligatorrørfisk (S. biaculeatus) prøver.To almindelige havdrage (en han og en hun) og to alligator rørfisk (en han og en hun) individer blev brugt til hel-genom sekventering, og to andre mandlige almindelige havdrage individer blev brugt til genom sekventering.

Genom sekventeringsstrategi

270/350 bp bibliotek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) eller Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). sekventering, og to andre mandlige almindelige havdrage-individer blev brugt til genom-resekventering.

Transkriptom sekventering

Feller almindelig havdrage, hjerne, øje, gælle, lever, hjerte, nyre, mesenterium, tarm, muskler, finne, hud, bladlignende vedhæng, testikler og æggestok blev indsamlet.

Genome de novo samlingsstrategi

Canu (Korrektion) + WTDBG2 (Samling) + Pilon (polsk) + Lachesis (Hi-C).

Hovedresultater

Fig.-1.-Nøgletræk-af-den-almindelige-havdrage-P.-taeniolatus-og-alligator-pipefish-S

Fig. 1. Nøgletræk ved den almindelige havdrage (P. taeniolatus) og alligatorrørfisken (S. biaculeatus) og deres fylogenetiske positioner.

Fig.-2.-Morfologi-og-genetisk-sammensætning-af-de-bladlignende-vedhæng-i-den-almindelige-havdrage-P

Fig. 2. Morfologi og genetisk sammensætning af de bladlignende vedhæng i den almindelige havdrage (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Formodet-kønsbestemmelse-gen-i-den-almindelige-havdrage-P.-taeniolatus-og-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Fig. 3. Formodet kønsbestemmelsesgen i den almindelige havdrage (P. taeniolatus) og alligatorrørfisken (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Pharyngeale tandfænotyper i zebrafisk scpp5 homozygote mutanter.


Indlægstid: Jan-08-2022

Send din besked til os: