Plante/dyr hele genomsekventering
Servicefunktioner
● Biblioteksforberedelse kan være standard eller PCR-fri
● Fås i 4 sekventeringsplatforme: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eller Pacbio Revio.
● Bioinformatisk analyse fokuseret på påvisning af varianter: SNP, Indel, SV og CNV
Servicefordele
●Omfattende ekspertise og publikationsregistre: Akkumuleret erfaring med genomsekventering for over 1000 arter har resulteret i over 1000 offentliggjorte tilfælde med en kumulativ påvirkningsfaktor på over 5000.
●Omfattende bioinformatikanalyse: Inklusive variationopkald og funktionsnotation.
● Support efter salg:Vores forpligtelse strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
●Omfattende annotation: Vi bruger flere databaser til funktionelt at kommentere generne med identificerede variationer og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i flere forskningsprojekter.
Servicespecifikationer
| Varianter, der skal identificeres | Sekventeringsstrategi | Anbefalet dybde |
| SNP og Indel | Illumina Novaseq PE150 eller MGI T7 | 10x |
| SV og CNV (mindre nøjagtig) | 30x | |
| SV og CNV (mere nøjagtig) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP'er, indeller, SV og CNV | Pacbio Revio | 10x |
Prøvebehov
| Væv eller ekstraherede nukleinsyrer | Illumina/Mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Dyresiskancera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dyremuskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Pattedyrblod | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Fjerkræ/fiskeblod | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plante- frisk blad | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Dyrkede celler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekt blødt væv/individ | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstraheret DNA
| Koncentration: ≥ 1 ng/ µl Beløb: ≥ 30 ng Begrænset eller ingen nedbrydning eller forurening
| Koncentration Beløb
OD260/280
OD260/230
Begrænset eller ingen nedbrydning eller forurening
| ≥ 40 ng/ µl 4 ug/flowcelle/prøve
1,7-2.2
≥1,5 | Koncentration Beløb
OD260/280
OD260/230
Begrænset eller ingen nedbrydning eller forurening | ≥ 50 ng/ µl 10 ug/flowcelle/prøve
1,7-2.2
1,8-2,5 |
| PCR-fri biblioteksforberedelse: Koncentration≥ 40 ng/ µl Beløb ≥ 500 ng | |||||
Service Work Flow
Eksempel på levering
DNA -ekstraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Data levering
Inkluderer følgende analyse:
- Rå datakvalitetskontrol
- Statistik over tilpasning til referencen genom
- Variantidentifikation: SNP, Indel, SV og CNV
- Funktionel annotation af varianter
Statistik over tilpasning til referencen genom - sekventering af dybdefordeling
SNP -opkald blandt flere prøver
Indel-identifikation-Statistik over Indel-længden i CDS-regionen og den genom-dækkende region
Variant distribution over genomet - Circos plot
Funktionel annotering af gener med identificerede varianter - Gene Ontology
Chai, Q. et al. ) 433. doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. ) doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. ) doi: 10.1038/S42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analyse af genom- og methyleringsændringer i kinesiske oprindelige kyllinger over tid giver indsigt i artsbevaring', kommunikationsbiologi, 5 (1), s. 1–12. doi: 10.1038/S42003-022-03907-7.
