-
Hi-C baseret Chromatin Interaction
Hi-C er en metode designet til at fange genomisk konfiguration ved at kombinere sonderende nærhedsbaserede interaktioner og high-throughput sekventering. Metoden er baseret på kromatintværbinding med formaldehyd, efterfulgt af fordøjelse og re-ligering på en måde, så kun fragmenter, der er kovalent bundet, vil danne ligeringsprodukter. Ved at sekventere disse ligeringsprodukter er det muligt at studere 3D-organiseringen af genomet. Hi-C gør det muligt at studere fordelingen af de dele af genomet, der er let pakket (A-rum, euchromatin) og mere tilbøjelige til at være transkriptionelt aktive, og de regioner, der er mere tætpakket (B-rum, Heterochromatin). Hi-C kan også bruges til at udpege topologisk associerede domæner (TAD'er), regioner af genomet, der har foldede strukturer og sandsynligvis har lignende ekspressionsmønstre, og til at identificere kromatinsløjfer, DNA-områder, der er forankret sammen af proteiner, og som er ofte beriget med regulatoriske elementer. BMKGenes Hi-C-sekventeringstjeneste giver forskere mulighed for at udforske de rumlige dimensioner af genomik, hvilket åbner nye veje til at forstå genomregulering og dens implikationer i sundhed og sygdom.
-
Chromatin Immunopræcipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) er en teknik, der udnytter antistoffer til selektivt at berige DNA-bindende proteiner og deres tilsvarende genomiske mål. Dens integration med NGS muliggør genom-dækkende profilering af DNA-mål forbundet med histonmodifikation, transkriptionsfaktorer og andre DNA-bindende proteiner. Denne dynamiske tilgang muliggør sammenligninger af bindingssteder på tværs af forskellige celletyper, væv eller tilstande. ChIP-Seqs applikationer spænder fra at studere transkriptionel regulering og udviklingsveje til at belyse sygdomsmekanismer, hvilket gør det til et uundværligt værktøj til at forstå genomiske reguleringslandskaber og fremme terapeutisk indsigt.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Helgenom-bisulfit-sekventering (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) står som guldstandardmetoden til dybdegående udforskning af DNA-methylering, specifikt den femte position i cytosin (5-mC), en pivotal regulator af genekspression og cellulær aktivitet. Princippet bag WGBS involverer bisulfitbehandling, hvilket inducerer omdannelsen af umethylerede cytosiner til uracil (C til U), mens methylerede cytosiner efterlades uændrede. Denne teknik tilbyder enkeltbase opløsning, hvilket giver forskere mulighed for omfattende at undersøge methylomet og afdække unormale methyleringsmønstre forbundet med forskellige tilstande, især kræft. Ved at anvende WGBS kan forskere få uovertruffen indsigt i genom-dækkende methyleringslandskaber, hvilket giver en nuanceret forståelse af de epigenetiske mekanismer, der ligger til grund for forskellige biologiske processer og sygdomme.
-
Assay for Transposase-tilgængeligt kromatin med High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq er en high-throughput sekventeringsteknik, der bruges til genom-dækkende kromatintilgængelighedsanalyse. Det giver en dybere forståelse af de komplekse mekanismer af global epigenetisk kontrol over genekspression. Metoden bruger en hyperaktiv Tn5-transposase til samtidigt at fragmentere og mærke åbne kromatinregioner ved at indsætte sekventeringsadaptere. Efterfølgende PCR-amplifikation resulterer i skabelsen af et sekventeringsbibliotek, som giver mulighed for omfattende identifikation af åbne kromatinregioner under specifikke rum-tid-betingelser. ATAC-seq giver et holistisk billede af tilgængelige kromatinlandskaber i modsætning til metoder, der udelukkende fokuserer på transkriptionsfaktorbindingssteder eller specifikke histonmodificerede regioner. Ved at sekventere disse åbne kromatinregioner afslører ATAC-seq regioner, der er mere tilbøjelige til aktive regulatoriske sekvenser og potentielle transkriptionsfaktorbindingssteder, hvilket giver værdifuld indsigt i den dynamiske modulering af genekspression på tværs af genomet.
-
Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) er dukket op som et omkostningseffektivt og effektivt alternativ til Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i DNA-methyleringsforskning. Mens WGBS giver omfattende indsigt ved at undersøge hele genomet ved enkeltbaseopløsning, kan dets høje omkostninger være en begrænsende faktor. RRBS afbøder strategisk denne udfordring ved selektivt at analysere en repræsentativ del af genomet. Denne metodologi er afhængig af berigelsen af CpG-ø-rige regioner ved MspI-spaltning efterfulgt af størrelsesudvælgelse af 200-500/600 bps fragmenter. Følgelig sekventeres kun regioner proksimalt i forhold til CpG-øer, mens dem med fjerne CpG-øer er udelukket fra analysen. Denne proces, kombineret med bisulfit-sekventering, giver mulighed for højopløsningsdetektion af DNA-methylering, og sekventeringstilgangen, PE150, fokuserer specifikt på enderne af indsatserne frem for midten, hvilket øger effektiviteten af methyleringsprofilering. RRBS er et uvurderligt værktøj, der muliggør omkostningseffektiv DNA-methyleringsforskning og fremmer viden om epigenetiske mekanismer.
