Platform: Illumina NovaSeq platform, PE150
Bibliotekstype: 350bp insert cDNA-bibliotek (afhænger af peak distribution)
Sekvenseringsstrategi: Paired-End 150 bp
Anbefalet datamængde: 2 Gb rådata/sample
(1) Sekventeringsdatakvalitetskontrol: Nukleotidfordeling, Basekvalitetsfordeling, rRNA-forholdsvurdering;
(2) Sekvensjusteringsanalyse: Opstillingsresultatstatistik, Mætning af sekventering, Dækning af sekventering;
(3) Referencegenomannotation (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) Ekspressionsanalyse: Ekspressionsfordeling (Med to eller flere prøver), Analyse af ekspression mellem prøver (Venn-analyse, Korrelationsanalyse, PCA-analyse);
(5) Differentiel ekspressionsanalyse (med to eller flere prøver);
(6) Gensætanalyse: Venn-analyse, Cluster-analyse, Funktionsannotationsanalyse (COG, GO, KEGG), Funktionsberigelsesanalyse (GO, KEGG), Funktionsberigelse akkordgraf, Ipath-analyse;
(7) sRNA-analyse: sRNA-forudsigelse, sRNA-annotering (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), forudsigelse af sekundær sRNA-struktur, forudsigelse af sRNA-målgen;
(8) Transskriptionsstrukturanalyse: operonanalyse, forudsigelse af transkriptionsstart- og slutsteder, UTR-annotering og -analyse, promotorsekvensforudsigelse, SNP/InDel-analyse (SNP/InDel-annotering, SNP/InDel-regional fordeling, SNP-statistik).