-
MRNA-sekventering i fuld længde - Nanopore
RNA-sekventering har været et uvurderligt værktøj til omfattende transkriptomanalyse.Uden tvivl opnåede traditionel kortlæst sekvensering adskillige vigtige udviklinger her.Ikke desto mindre støder det ofte på begrænsninger i fuld-længde isoform identifikationer, kvantificering, PCR bias.
Nanopore-sekventering adskiller sig fra andre sekventeringsplatforme ved, at nukleotiderne aflæses direkte uden DNA-syntese og genererer lang læsning ved titusvis af kilobaser.Dette giver mulighed for direkte udlæsning, der krydser fuldlængde transskriptioner og tackler udfordringerne i undersøgelser på isoformniveau.
Platform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
De novo Transkriptom-sekventering i fuld længde -PacBio
De novotranskriptomsekventering i fuld længde, også kendt somDe novoIso-Seq udnytter fordelene ved PacBio sequencer i læselængde, som muliggør sekventering af cDNA-molekyler i fuld længde uden nogen pauser.Dette undgår fuldstændigt eventuelle fejl genereret i transskriptionssamlingstrin og konstruerer unigen sæt med opløsning på isoformniveau.Dette unigen-sæt giver kraftfuld genetisk information som "referencegenom" på transkriptom-niveau.Derudover, kombineret med næste generations sekventeringsdata, giver denne service mulighed for en nøjagtig kvantificering af udtryk på isoformniveau.
Platform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT klokkebibliotek -
Eukaryot mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering muliggør profilering af alle mRNA'er transskripteret fra celler under specifikke betingelser.Det er en kraftfuld teknologi til at afsløre genekspressionsprofil, genstrukturer og molekylære mekanismer for visse biologiske processer.Hidtil har mRNA-sekventering i vid udstrækning været anvendt i grundforskning, klinisk diagnostik, lægemiddeludvikling osv.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Ikke-referencebaseret mRNA-sekventering-Illumina
mRNA-sekventering vedtager næste generations sekventeringsteknik (NGS) til at fange messenger-RNA (mRNA) fra eukaryot i en bestemt periode, som nogle specielle funktioner aktiverer.Det længste transkript splejsede blev kaldt 'Unigene' og brugt som referencesekvens for efterfølgende analyse, hvilket er et effektivt middel til at studere artens molekylære mekanisme og regulatoriske netværk uden reference.
Efter transkriptomdatasamling og unigen funktionel annotering
(1)SNP-analyse, SSR-analyse, CDS-forudsigelse og genstruktur vil blive udført.
(2) Kvantificering af unigen ekspression i hver prøve vil blive udført.
(3) Differentielt udtrykte unigener mellem prøver (eller grupper) vil blive opdaget baseret på unigen ekspression
(4) Clustering, funktionel annotering og berigelsesanalyse af differentielt udtrykte unigener vil blive udført
-
Lang ikke-kodende sekventering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) er en type RNA-molekyler med en længde på over 200 nt, som er karakteriseret ved ekstremt lavt kodningspotentiale.LncRNA, som et nøglemedlem i ikke-kodende RNA'er, findes hovedsageligt i kerne og plasma.Udviklingen inden for sekventeringsteknologi og bioinformtik muliggør identifikation af talrige nye lncRNA'er og associerer dem med biologiske funktioner.Akkumulative beviser tyder på, at lncRNA er bredt involveret i epigenetisk regulering, transkriptionsregulering og post-transkriptionsregulering.
-
Lille RNA-sekventering-Illumina
Lille RNA refererer til en klasse af ikke-kodende RNA-molekyler, der normalt er mindre end 200 nt i længden, inklusive mikro-RNA (miRNA), lille interferens-RNA (siRNA) og piwi-interagerende RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) er en klasse af endogene små RNA med en længde på omkring 20-24nt, som spiller en række vigtige regulatoriske roller i celler.miRNA involveret i mange livsprocesser, som afslører væv – specifikt og stadiespecifikt udtryk og meget konserveret i forskellige arter.
-
circRNA-sekventering-Illumina
Hele transkriptomsekventering er designet til at profilere alle typer RNA-molekyler, inklusive kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA'er (inklusive lncRNA, circRNA og miRNA), som transskriberes af specifikke celler på et bestemt tidspunkt.Hele transkriptomsekventering, også kendt som "total RNA-sekventering" sigter mod at afsløre omfattende regulatoriske netværk på transkriptomniveau.Ved at udnytte NGS-teknologien er sekvenser af hele transkriptomprodukter tilgængelige til ceRNA-analyse og fælles RNA-analyse, hvilket giver det første skridt mod funktionel karakterisering.Afslørende regulatorisk netværk af circRNA-miRNA-mRNA-baseret ceRNA.
-
Hele transkriptomsekventering – Illumina
Hele transkriptomsekventering er designet til at profilere alle typer RNA-molekyler, inklusive kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA'er (inklusive lncRNA, circRNA og miRNA), som transskriberes af specifikke celler på et bestemt tidspunkt.Hele transkriptomsekventering, også kendt som "total RNA-sekventering" sigter mod at afsløre omfattende regulatoriske netværk på transkriptomniveau.Ved at udnytte NGS-teknologien er sekvenser af hele transkriptomprodukter tilgængelige til ceRNA-analyse og fælles RNA-analyse, hvilket giver det første skridt mod funktionel karakterisering.Afslørende regulatorisk netværk af circRNA-miRNA-mRNA-baseret ceRNA.
-
Prokaryot RNA-sekventering
Prokaryot RNA-sekventering bruger næste generations sekventering (NGS) til at afsløre tilstedeværelsen og mængden af RNA på et givet tidspunkt ved at analysere det skiftende cellulære transkriptom.Vores virksomheds prokaryote RNA-sekventering retter sig specifikt mod prokaryoter med referencegenomer, hvilket giver dig transkriptomprofilering, genstrukturanalyse osv. Det er blevet bredt anvendt til grundlæggende videnskabelig forskning, lægemiddelforskning og -udvikling og mere.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptom-sekventering
Metatranskriptom-sekventering identificerer genekspression af mikrober (både eukaryoter og prokaryoter) i naturlige omgivelser (dvs. jord, vand, hav, fæces og tarm). Specifikt giver denne service dig mulighed for at opnå hel genekspressionsprofilering af komplekse mikrobielle samfund, taksonomisk analyse af arter, funktionel berigelsesanalyse af forskelligt udtrykte gener med mere.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
