10x Genomics Visium Spatial Transkriptom
Merkmale
● Auflösung: 100 µM
● Spotdurchmesser: 55 µM
● Anzahl der Spots: 4992
● Aufnahmebereich: 6,5 x 6,5 mm
● Jeder Barcode-Spot ist mit Primern beladen, die aus 4 Abschnitten bestehen:
- Poly(dT)-Schwanz für mRNA-Priming und cDNA-Synthese
- Unique Molecular Identifier (UMI) zur Korrektur von Amplifikationsfehlern
- Räumlicher Barcode
- Bindungssequenz des Teil-Read-1-Sequenzierungsprimers
● H&E-Färbung von Schnitten
Vorteile
●Service aus einer Hand: Integriert alle erfahrungs- und kompetenzbasierten Schritte, einschließlich Kryoschnitt, Färbung, Gewebeoptimierung, räumliches Barcodeing, Bibliotheksvorbereitung, Sequenzierung und Bioinformatik.
● Hochqualifiziertes technisches Team: mit Erfahrung in über 250 Gewebetypen und über 100 Arten, darunter Menschen, Mäuse, Säugetiere, Fische und Pflanzen.
●Echtzeit-Update des gesamten Projekts: mit voller Kontrolle über den experimentellen Fortschritt.
●Umfassende Standard-Bioinformatik:Das Paket umfasst 29 Analysen und über 100 hochwertige Zahlen.
●Maßgeschneiderte Datenanalyse und Visualisierung: verfügbar für verschiedene Forschungsanfragen.
●Optionale gemeinsame Analyse mit Einzelzell-mRNA-Sequenzierung
Spezifikationen
| Beispielanforderungen | Bibliothek | Sequenzierungsstrategie | Daten empfohlen | Qualitätskontrolle |
| OCT-eingebettete Kryoproben, FFPE-Proben (Optimaler Durchmesser: ca. 6x6x6 mm3) 3 Blöcke pro Probe | 10X Visium cDNA-Bibliothek | Illumina PE150 | 50.000 PE-Lesevorgänge pro Spot (60 GB) | RIN>7 |
Für weitere Informationen zur Anleitung zur Probenvorbereitung und zum Service-Workflow wenden Sie sich bitte an aBMKGENE-Experte
Service-Workflow
In der Probenvorbereitungsphase wird zunächst ein Massen-RNA-Extraktionsversuch durchgeführt, um sicherzustellen, dass eine qualitativ hochwertige RNA erhalten werden kann.In der Gewebeoptimierungsphase werden die Schnitte gefärbt und sichtbar gemacht und die Permeabilisierungsbedingungen für die mRNA-Freisetzung aus dem Gewebe optimiert.Das optimierte Protokoll wird dann beim Bibliotheksaufbau angewendet, gefolgt von der Sequenzierung und Datenanalyse.
Der gesamte Service-Workflow umfasst Echtzeitaktualisierungen und Kundenbestätigungen, um eine reaktionsfähige Feedbackschleife aufrechtzuerhalten und eine reibungslose Projektabwicklung sicherzustellen.
Beinhaltet die folgende Analyse:
Datenqualitätskontrolle:
o Datenausgabe und Qualitätsbewertungsverteilung
o Generkennung pro Spot
o Gewebeabdeckung
Inner-Probe-Analyse:
o Genreichtum
o Spot-Clustering, einschließlich Analyse reduzierter Dimensionen
o Differenzielle Expressionsanalyse zwischen Clustern: Identifizierung von Markergenen
o Funktionelle Annotation und Anreicherung von Markergenen
Intergruppenanalyse
o Rekombination von Spots aus beiden Proben (z. B. erkrankte und Kontrollproben) und erneutes Clustern
o Identifizierung von Markergenen für jeden Cluster
o Funktionelle Annotation und Anreicherung von Markergenen
o Differentialausdruck desselben Clusters zwischen Gruppen
Inner-Sample-Analyse
Spot-Clustering
Identifizierung und räumliche Verteilung von Markergenen
Intergruppenanalyse
Datenkombination aus beiden Gruppen und Re-Cluster
Markergene neuer Cluster
Entdecken Sie die Fortschritte, die der räumliche Transkriptomikdienst von BMKGene durch 10X Visium ermöglicht. In diesen vorgestellten Veröffentlichungen:
Chen, D. et al.(2023) „mthl1, ein potenzielles Drosophila-Homolog von Säugetier-Adhäsions-GPCRs, ist an Antitumorreaktionen auf injizierte onkogene Zellen in Fliegen beteiligt“, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), S.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) „STEEL ermöglicht eine hochauflösende Darstellung spatiotemporaler transkriptomischer Daten“, Briefings in Bioinformatics, 24(2), S. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) „Ein spatiotemporaler Atlas der Organogenese in der Entwicklung von Orchideenblüten“, Nucleic Acids Research, 50(17), S. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) „Die Integration räumlicher Transkriptomik und Einzelkern-RNA-Sequenzierung enthüllt die potenziellen therapeutischen Strategien für Uterus-Leiomyome“, International Journal of Biological Sciences, 19(8), S. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
