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PacBio-Volllängen-Transkriptom (keine Referenz)
Die Amplicon (16S/18S/ITS)-Plattform wurde mit jahrelanger Erfahrung in der Projektanalyse der mikrobiellen Vielfalt entwickelt, die standardisierte Basisanalysen und personalisierte Analysen enthält: Die Basisanalyse deckt den Mainstream-Analyseinhalt der aktuellen Mikrobenforschung ab, der Analyseinhalt ist reichhaltig und umfassend, und Analyseergebnisse werden in Form von Projektberichten präsentiert;Die Inhalte der personalisierten Analyse sind vielfältig.Je nach Basisanalysebericht und Forschungszweck können Proben ausgewählt und Parameter flexibel eingestellt werden, um individuelle Anforderungen zu erfüllen.Windows-Betriebssystem, einfach und schnell.
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PacBio-Volllängen-Transkriptom (keine Referenz)
Unter Verwendung der Isoform-Sequenzierungsdaten von Pacific Biosciences (PacBio) als Eingabe ist diese App in der Lage, Transkriptsequenzen in voller Länge (ohne Assemblierung) zu identifizieren.Durch Kartierung von Sequenzen in voller Länge gegen Referenzgenom können Transkripte durch bekannte Gene, Transkripte, codierende Regionen usw. optimiert werden. In diesem Fall kann eine genauere Identifizierung von mRNA-Strukturen, wie z. B. alternatives Spleißen usw., erreicht werden.Die gemeinsame Analyse mit NGS-Transkriptom-Sequenzierungsdaten ermöglicht eine umfassendere Annotation und genauere Quantifizierung der Expression auf Transkriptebene, was in hohem Maße nachgelagerten differenziellen Expressions- und Funktionsanalysen zugute kommt.
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Werkzeugsätze
BMKCloud ist eine führende Bioinformatik-Plattform, die eine One-Stop-Lösung für genomische Programme bietet, der Forscher in verschiedenen Bereichen, einschließlich Medizin, Landwirtschaft, Umwelt usw., weithin vertrauen , Computerressourcen, öffentliche Datenbank, bioinformatische Online-Kurse usw. BMKCloud verfügt über verschiedene häufig verwendete bioinformatische Tools, darunter Genannotation, evolutionäre genetische Tools, ncRNA, Datenqualitätskontrolle, Assemblierung, Ausrichtung, Datenextraktion, Mutationen, Statistiken, Zahlengenerator, Sequenz Analyse usw.
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kleine RNA
Kleine RNAs sind kurze nicht-kodierende RNAs mit einer durchschnittlichen Länge von 18-30 nt, einschließlich miRNA, siRNA und piRNA.Es wurde massiv berichtet, dass diese kleinen RNAs an verschiedenen biologischen Prozessen wie mRNA-Abbau, Translationshemmung, Heterochromatinbildung usw. beteiligt sind. Die SmallRNA-Sequenzierungsanalyse wurde in großem Umfang in Studien zur Entwicklung von Tieren/Pflanzen, Krankheiten, Viren usw. angewendet. Kleine RNA Die Sequenzierungsanalyseplattform besteht aus Standardanalysen und erweitertem Data Mining.Auf der Grundlage von RNA-seq-Daten kann die Standardanalyse miRNA-Identifizierung und -Vorhersage, miRNA-Zielgenvorhersage, Annotation und Expressionsanalyse erreichen.Die erweiterte Analyse ermöglicht die benutzerdefinierte miRNA-Suche und -Extraktion, die Erstellung von Venn-Diagrammen, den Aufbau von miRNA- und Zielgennetzwerken.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ist eine Analyseplattform für die Resequenzierung des gesamten Genoms, die auf der Grundlage umfangreicher Erfahrungen mit Biomarker-Technologien entwickelt wurde.Diese benutzerfreundliche Plattform ermöglicht die schnelle Übermittlung eines integrierten Analyse-Workflows durch einfaches Einstellen einiger grundlegender Parameter, die für DNA-Sequenzierungsdaten geeignet sind, die sowohl von der Illumina-Plattform als auch von der BGI-Sequenzierungsplattform generiert werden.Diese Plattform wird auf einem Hochleistungs-Computing-Server bereitgestellt, der eine hocheffiziente Datenanalyse in sehr begrenzter Zeit ermöglicht.Personalisiertes Data Mining ist auf Basis von Standardanalysen verfügbar, einschließlich mutierter Genabfrage, PCR-Primer-Design usw.
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mRNA (Referenz)
Das Transkriptom ist das Bindeglied zwischen der genomischen Erbinformation und dem Proteom der biologischen Funktion.Die Regulation auf Transkriptionsebene ist der wichtigste und am besten untersuchte Regulationsmodus von Organismen.Die Transkriptomsequenzierung kann das Transkriptom zu jedem Zeitpunkt und unter jeder Bedingung mit einer auf ein einzelnes Nukleotid genauen Auflösung sequenzieren. Sie kann den Grad der Gentranskription dynamisch widerspiegeln, seltene und normale Transkripte gleichzeitig identifizieren und quantifizieren und die strukturellen Informationen von liefern beispielspezifische Transkripte.
Gegenwärtig wird die Transkriptom-Sequenzierungstechnologie in großem Umfang in der Agronomie, Medizin und anderen Forschungsbereichen eingesetzt, einschließlich der Regulierung der Tier- und Pflanzenentwicklung, der Umweltanpassung, der Immuninteraktion, der Genlokalisierung, der genetischen Evolution von Arten und der Erkennung von Tumoren und genetischen Krankheiten.
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Metagenomik (NGS)
Diese Analyseplattform wurde auf der Grundlage jahrelanger Erfahrung für die Analyse von Shotgun-metagenomischen Daten entwickelt.Es besteht aus einem integrierten Arbeitsablauf, der verschiedene häufig benötigte Metagenomanalysen enthält, einschließlich Datenverarbeitung, Studien auf Artenebene, Studien auf Genfunktionsebene, Metagenom-Binning usw. Darüber hinaus sind kundenspezifische Data-Mining-Tools für den Standardanalyse-Arbeitsablauf verfügbar, einschließlich Gen- und Artenabfrage , Parametereinstellung, personalisierte Figurengenerierung usw.
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LncRNA
Lange nicht-codierende RNAs (lncRNA) sind eine Art von Transkripten mit einer Länge von mehr als 200 nt, die keine Proteine codieren können.Anhäufungen von Beweisen deuten darauf hin, dass die meisten lncRNAs sehr wahrscheinlich funktionsfähig sind.Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und bioinformatische Analysewerkzeuge ermöglichen es uns, lncRNA-Sequenzen und Positionierungsinformationen effizienter aufzudecken und führen uns zur Entdeckung von lncRNAs mit entscheidenden regulatorischen Funktionen.BMKCloud ist stolz darauf, unseren Kunden eine lncRNA-Sequenzierungsanalyseplattform zur Verfügung zu stellen, um eine schnelle, zuverlässige und flexible lncRNA-Analyse zu erreichen.
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GWAS
Die genomweite Assoziationsstudie (GWAS) zielt darauf ab, genetische Varianten (Genotyp) zu identifizieren, die mit bestimmten Merkmalen (Phänotyp) assoziiert sind.GWA-Studien untersuchen genetische Marker über das gesamte Genom einer großen Anzahl von Individuen und sagen Genotyp-Phänotyp-Assoziationen durch statistische Analyse auf Bevölkerungsebene voraus.Die Resequenzierung des gesamten Genoms kann potenziell alle genetischen Varianten entdecken.In Verbindung mit phänotypischen Daten können GWAS verarbeitet werden, um phänotypbezogene SNPs, QTLs und Kandidatengene zu identifizieren, was die moderne Tier-/Pflanzenzüchtung stark unterstützt.SLAF ist eine selbst entwickelte vereinfachte Genomsequenzierungsstrategie, die genomweit verteilte Marker, SNP, entdeckt.Diese SNPs können als molekulargenetische Marker für Assoziationsstudien mit gezielten Merkmalen verarbeitet werden.Es ist eine kostengünstige Strategie zur Identifizierung komplexer Merkmale, die mit genetischen Variationen verbunden sind.
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Nanopore Transkriptomik in voller Länge
Komplexe und variable alternative Isoformen in Organismen sind wichtige genetische Mechanismen zur Regulierung der Genexpression und Proteindiversität.Die genaue Identifizierung von Transkriptstrukturen ist die Grundlage für eine eingehende Untersuchung von Regulationsmustern der Genexpression.Die Nanopore-Sequenzierungsplattform hat Transkriptomstudien erfolgreich auf Isoform-Ebene gebracht.Diese Analyseplattform wurde entwickelt, um RNA-Seq-Daten zu analysieren, die auf der Nanopore-Plattform auf der Basis des Referenzgenoms generiert wurden, wodurch qualitative und quantitative Analysen sowohl auf Genebene als auch auf Transkriptebene durchgeführt werden.
