Bulked Segregant-Analyse
Servicevorteile
Takagi et al., Das Pflanzenjournal, 2013
● Genaue Lokalisierung: Mischen von Massen mit 30+30 bis 200+200 Personen, um Hintergrundgeräusche zu minimieren;Nicht-synonyme Mutatanten-basierte Vorhersage von Kandidatenregionen.
● Umfassende Analyse: Detaillierte Annotation der Funktion von Kandidatengenen, einschließlich NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG usw.
● Schnellere Bearbeitungszeit: Schnelle Genlokalisierung innerhalb von 45 Arbeitstagen.
● Umfangreiche Erfahrung: BMK hat zur Lokalisierung Tausender Merkmale beigetragen und dabei verschiedene Arten wie Nutzpflanzen, Wasserprodukte, Wälder, Blumen, Früchte usw. abgedeckt.
Leistungsbeschreibung
Bevölkerung:
Trennung der Nachkommen von Eltern mit gegensätzlichen Phänotypen.
z. B. F2-Nachkommen, Rückkreuzung (BC), rekombinante Inzuchtlinie (RIL)
Mischbecken
Für qualitative Merkmale: 30 bis 50 Individuen (mindestens 20)/Masse
Für quantitative Tratis: Top 5 % bis 10 % der Individuen mit einem der extremen Phänotypen in der Gesamtpopulation (mindestens 30+30).
Empfohlene Sequenzierungstiefe
Mindestens 20X/Elternteil und 1X/Nachkommen-Individuum (z. B. für einen Nachkommen-Mischpool von 30+30 Individuen beträgt die Sequenzierungstiefe 30X pro Bulk)
Bioinformatische Analysen
● Resequenzierung des gesamten Genoms
● Datenverarbeitung
● SNP/Indel-Aufruf
● Überprüfung der Kandidatenregion
● Annotation der Funktion des Kandidatengens
Musteranforderungen und Lieferung
Probenanforderungen:
Nukleotide:
| gDNA-Probe | Gewebeprobe |
| Konzentration: ≥30 ng/μl | Pflanzen: 1-2 g |
| Menge: ≥2 μg (Volumen ≥15 μl) | Tiere: 0,5-1 g |
| Reinheit: OD260/280= 1,6-2,5 | Vollblut: 1,5 ml |
Service-Workflow
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
1. Assoziationsanalyse basierend auf der euklidischen Distanz (ED) zur Identifizierung der Kandidatenregion.In der folgenden Abbildung
X-Achse: Chromosomenzahl;Jeder Punkt repräsentiert einen ED-Wert eines SNP.Die schwarze Linie entspricht dem angepassten ED-Wert.Ein höherer ED-Wert weist auf eine signifikantere Assoziation zwischen der Stelle und dem Phänotyp hin.Die rote gestrichelte Linie stellt die Schwelle einer signifikanten Assoziation dar.
2. Assoziationsanalyse basierend auf keinem SNP-Index
X-Achse: Chromosomenzahl;Jeder Punkt stellt den SNP-Indexwert dar.Die schwarze Linie steht für den angepassten SNP-Indexwert.Je größer der Wert ist, desto aussagekräftiger ist die Assoziation.
BMK-Fall
Der Hauptwirkungs-Quantitätsmerkmalslocus Fnl7.1 kodiert für ein in der späten Embryogenese reichlich vorhandenes Protein, das mit der Fruchthalslänge bei Gurken assoziiert ist
Veröffentlicht: Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie, 2020
Sequenzierungsstrategie:
Eltern (Jin5-508, YN): Neusequenzierung des gesamten Genoms für 34× und 20×.
DNA-Pools (50 Langhals- und 50 Kurzhals-DNAs): Neusequenzierung für 61× und 52×
Wichtigste Ergebnisse
In dieser Studie wurde eine segregierende Population (F2 und F2:3) durch Kreuzung der Langhalsgurkenlinie Jin5-508 und der Kurzhalsgurkenlinie YN erzeugt.Zwei DNA-Pools wurden von 50 Individuen mit extrem langen Hälsen und 50 Individuen mit extrem kurzen Hälsen erstellt.QTL mit Haupteffekt wurde auf Chr07 durch BSA-Analyse und traditionelle QTL-Kartierung identifiziert.Die Kandidatenregion wurde durch Feinkartierung, Quantifizierung der Genexpression und transgene Experimente weiter eingegrenzt, wodurch das Schlüsselgen für die Kontrolle der Halslänge, CsFnl7.1, entdeckt wurde.Darüber hinaus wurde festgestellt, dass Polymorphismus in der CsFnl7.1-Promotorregion mit einer entsprechenden Expression verbunden ist.Weitere phylogenetische Analysen legten nahe, dass der Fnl7.1-Locus höchstwahrscheinlich aus Indien stammt.
 QTL-Mapping in der BSA-Analyse zur Identifizierung der Kandidatenregion, die mit der Halslänge der Gurke assoziiert ist |  LOD-Profile von Gurkenhals-QTL, identifiziert auf Chr07 |
Xu, X., et al.„Der Hauptwirkungs-Quantitätsmerkmals-Locus Fnl7.1 kodiert ein in der späten Embryogenese reichlich vorhandenes Protein, das mit der Fruchthalslänge bei Gurken verbunden ist.“Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
