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circRNA-Sequenzierung-Illumina

Die zirkuläre RNA-Sequenzierung (circRNA-seq) dient der Profilierung und Analyse zirkulärer RNAs, einer Klasse von RNA-Molekülen, die aufgrund nichtkanonischer Spleißereignisse geschlossene Schleifen bilden und diesen RNAs eine erhöhte Stabilität verleihen.Während gezeigt wurde, dass einige circRNAs als microRNA-Schwämme fungieren, microRNAs binden und sie daran hindern, ihre Ziel-mRNAs zu regulieren, können andere circRNAs mit Proteinen interagieren, die Genexpression modulieren oder eine Rolle in zellulären Prozessen spielen.Die circRNA-Expressionsanalyse liefert Einblicke in die regulatorischen Rollen dieser Moleküle und ihre Bedeutung in verschiedenen zellulären Prozessen, Entwicklungsstadien und Krankheitszuständen und trägt zu einem tieferen Verständnis der Komplexität der RNA-Regulation im Kontext der Genexpression bei.


Servicedetails

Bioinformatik

Demo-Ergebnisse

Ausgewählte Veröffentlichungen

Merkmale

● rRNA-Depletion, gefolgt von gerichteter Bibliotheksvorbereitung, die strangspezifische Sequenzierungsdaten ermöglicht.

● Der bioinformatische Workflow ermöglicht die Vorhersage und Expressionsquantifizierung von circRNA

 

Servicevorteile

Umfassendere RNA-Bibliotheken:In unserer Vorbibliotheksvorbereitung verwenden wir die rRNA-Depletion anstelle der linearen RNA-Depletion und stellen so sicher, dass die Sequenzierungsdaten nicht nur circRNA, sondern auch mRNA und lncRNA umfassen, was eine gemeinsame Analyse dieser Datensätze ermöglicht

Optionale Analyse kompetitiver endogener RNA-Netzwerke (ceRNA).: Bereitstellung tieferer Einblicke in zelluläre Regulierungsmechanismen

Umfangreiches Fachwissen: Mit einer Erfolgsbilanz bei der Verarbeitung von über 20.000 Proben bei BMK, die sich über verschiedene Probentypen und lncRNA-Projekte erstreckt, bringt unser Team einen großen Erfahrungsschatz in jedes Projekt ein.

Strenge Qualitätskontrolle: Wir implementieren zentrale Kontrollpunkte in allen Phasen, von der Proben- und Bibliotheksvorbereitung bis hin zur Sequenzierung und Bioinformatik.Diese sorgfältige Überwachung gewährleistet die Lieferung gleichbleibend hochwertiger Ergebnisse.

● Post-Sales-Support: Unser Engagement geht über den Projektabschluss hinaus und umfasst einen 3-monatigen Kundendienstzeitraum.Während dieser Zeit bieten wir Projektnachverfolgung, Unterstützung bei der Fehlerbehebung und Frage-und-Antwort-Sitzungen an, um alle Fragen zu den Ergebnissen zu beantworten.

Musteranforderungen und Lieferung

Bibliothek

Plattform

Empfohlene Daten

Daten-QC

Poly A angereichert

Illumina PE150

16–20 GB

Q30≥85 %

Probenanforderungen:

Nukleotide:

Konz. (ng/μl)

Menge (μg)

Reinheit

Integrität

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel sichtbar.

Für Pflanzen: RIN≥6,5;

Für Tiere: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrenzte oder keine Grundlinienhöhe

● Pflanzen:

Wurzel, Stamm oder Blütenblatt: 450 mg

Blatt oder Samen: 300 mg

Frucht: 1,2 g

● Tier:

Herz oder Darm: 450 mg

Eingeweide oder Gehirn: 240 mg

Muskel: 600 mg

Knochen, Haare oder Haut: 1,5 g

● Arthropoden:

Insekten: 9g

Krebstiere: 450 mg

● Vollblut:2 Röhren

● Zellen: 106 Zellen

● Serum und Plasma: 6 ml

Empfohlene Musterlieferung

Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)

Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Sendung:

1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.

2. RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.

Service-Workflow

Proben-QC

Experimentdesign

Musterlieferung

Musterlieferung

Pilotversuch

RNA-Extraktion

Bibliotheksvorbereitung

Bibliotheksbau

Bibliotheksvorbereitung

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenanalyse

Kundendienst

Kundendienst


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  • Bioinformatik

    wps_doc_15

    circRNA-Vorhersage: Chromosomenverteilung

     36 Fotos

     

    Differenziell exprimierte circRNAs – Vulkandiagramm

     Bild 37

     

    Differentiell exprimierte circRNAs – hierarchische Clusterbildung

     图片38

     

    Funktionelle Anreicherung der Wirtsgene von circRNA

     图片39

     

     

    Entdecken Sie die Forschungsfortschritte, die durch die circRNA-Sequenzierungsdienste von BMKGene ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.

     

    Wang, X. et al.(2021) „CPSF4 reguliert die circRNA-Bildung und die durch microRNA vermittelte Gen-Stummschaltung bei hepatozellulärem Karzinom“, Oncogene 2021 40:25, 40(25), S. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.

    Xia, K. et al.(2023) „X oo-responsives Transkriptom enthüllt die Rolle der zirkulären RNA133 bei der Krankheitsresistenz durch Regulierung der Expression von OsARAB in Reis“, Phytopathology Research, 5(1), S. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.

    Y, H. et al.(2023) „CPSF3 moduliert das Gleichgewicht von zirkulären und linearen Transkripten beim hepatozellulären Karzinom.“doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

    Zhang, Y. et al.(2023) „Umfassende Bewertung von circRNAs bei zirrhotischer Kardiomyopathie vor und nach Lebertransplantation“, International Immunopharmacology, 114, S.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.

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