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Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq)
ChIP-Seq bietet ein genomweites Profiling von DNA-Zielen für Histonmodifikationen, Transkriptionsfaktoren und andere DNA-assoziierte Proteine.Es kombiniert die Selektivität der Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) zur Gewinnung spezifischer Protein-DNA-Komplexe mit der Leistungsfähigkeit der Sequenzierung der nächsten Generation (NGS) für die Hochdurchsatz-Sequenzierung der gewonnenen DNA.Da die Protein-DNA-Komplexe außerdem aus lebenden Zellen gewonnen werden, können Bindungsstellen in verschiedenen Zelltypen und Geweben oder unter verschiedenen Bedingungen verglichen werden.Die Anwendungen reichen von der Transkriptionsregulation über Entwicklungswege bis hin zu Krankheitsmechanismen und darüber hinaus.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
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Bisulfit-Sequenzierung des gesamten Genoms
Die DNA-Methylierung an der fünften Position in Cytosin (5-mC) hat einen grundlegenden Einfluss auf die Genexpression und zelluläre Aktivität.Abnormale Methylierungsmuster wurden mit mehreren Zuständen und Krankheiten wie Krebs in Verbindung gebracht.WGBS ist zum Goldstandard für die Untersuchung der genomweiten Methylierung mit Einzelbasenauflösung geworden.
Plattform: Illumina NovaSeq6000
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Assay für Transposase-zugängliches Chromatin mit Hochdurchsatz-Sequenzierung (ATAC-seq)
ATAC-seq ist eine Hochdurchsatz-Sequenzierungsmethode zur Analyse der genomweiten Chromatin-Zugänglichkeit, die für die globale epigenetische Kontrolle der Genexpression wichtig ist.Sequenzierungsadapter werden durch hyperaktive Tn5-Transposase in offene Chromatinregionen eingefügt.Nach der PCR-Amplifikation wird eine Sequenzbibliothek erstellt.Alle offenen Chromatinregionen können unter einer bestimmten Raum-Zeit-Bedingung erhalten werden, nicht nur beschränkt auf die Bindungsstellen eines Transkriptionsfaktors oder einer bestimmten Histon-modifizierten Region.
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Bisulfit-Sequenzierung mit reduzierter Darstellung (RRBS)
Die DNA-Methylierungsforschung war schon immer ein heißes Thema in der Krankheitsforschung und steht in engem Zusammenhang mit Genexpression und phänotypischen Merkmalen.RRBS ist eine genaue, effiziente und wirtschaftliche Methode für die DNA-Methylierungsforschung.Die Anreicherung von Promotor- und CpG-Inselregionen durch enzymatische Spaltung (Msp I) in Kombination mit Bisulfit-Sequenzierung ermöglicht einen hochauflösenden DNA-Methylierungsnachweis.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
