Vollständige mRNA-Sequenzierung – Nanopore
Merkmale
● Einfangen von Poly-A-mRNA, gefolgt von cDNA-Synthese und Bibliotheksvorbereitung
● Sequenzierung der vollständigen Transkripte
● Bioinformatische Analyse basierend auf der Ausrichtung auf ein Referenzgenom
● Die bioinformatische Analyse umfasst nicht nur die Expression auf Gen- und Isoformebene, sondern auch die Analyse von lncRNA, Genfusionen, Polyadenylierung und Genstruktur
Servicevorteile
●Quantifizierung der Expression auf Isoformenebene: Ermöglicht eine detaillierte und genaue Expressionsanalyse und deckt Veränderungen auf, die bei der Analyse der gesamten Genexpression möglicherweise maskiert werden
●Reduzierte Datenanforderungen:Im Vergleich zur Next-Generation-Sequenzierung (NGS) weist die Nanoporen-Sequenzierung geringere Datenanforderungen auf, was eine gleichwertige Sättigung der Genexpressionsquantifizierung mit kleineren Daten ermöglicht.
●Höhere Genauigkeit der Expressionsquantifizierung: sowohl auf Gen- als auch auf Isoformenebene
●Identifizierung zusätzlicher transkriptomischer Informationen: alternative Polyadenylierung, Fusionsgene und lcnRNA und ihre Zielgene
●Umfangreiches Fachwissen: Unser Team bringt einen großen Erfahrungsschatz in jedes Projekt ein, da es über 850 Nanopore-Transkriptomprojekte in voller Länge abgeschlossen und über 8.000 Proben verarbeitet hat.
●Post-Sales-Support: Unser Engagement geht über den Projektabschluss hinaus und umfasst einen dreimonatigen Kundendienstzeitraum. Während dieser Zeit bieten wir Projektnachverfolgung, Unterstützung bei der Fehlerbehebung und Frage-und-Antwort-Sitzungen an, um alle Fragen zu den Ergebnissen zu beantworten.
Musteranforderungen und Lieferung
| Bibliothek | Sequenzierungsstrategie | Daten empfohlen | Qualitätskontrolle |
| Poly A angereichert | Illumina PE150 | 6/12 GB | Durchschnittlicher Qualitätsfaktor: Q10 |
Probenanforderungen:
Nukleotide:
| Konz. (ng/μl) | Menge (μg) | Reinheit | Integrität |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Auf dem Gel wird nur eine begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination angezeigt. | Für Pflanzen: RIN≥7,0; Für Tiere: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenzte oder keine Grundlinienhöhe |
● Pflanzen:
Wurzel, Stamm oder Blütenblatt: 450 mg
Blatt oder Samen: 300 mg
Frucht: 1,2 g
● Tier:
Herz oder Darm: 300 mg
Eingeweide oder Gehirn: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knochen, Haare oder Haut: 1g
● Arthropoden:
Insekten: 6g
Krebstiere: 300 mg
● Vollblut: 1 Tube
● Zellen: 106 Zellen
Empfohlene Musterlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lieferung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
2. RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.
Service-Workflow
Nukleotide:
Musterlieferung
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
Service-Workflow
Gewebe:
Experimentdesign
Musterlieferung
RNA-Extraktion
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
● Rohdatenverarbeitung
● Transkriptidentifizierung
● Alternatives Spleißen
● Expressionsquantifizierung auf Genebene und Isoformenebene
● Differentialausdrucksanalyse
● Funktionsannotation und -anreicherung (DEGs und DETs)
Alternative Spleißanalyse
Alternative Polyadenylierungsanalyse (APA)
lncRNA-Vorhersage
Annotation neuer Gene
Clustering von DETs
Protein-Protein-Netzwerke in DEGs
Entdecken Sie die Fortschritte, die durch die Nanopore-mRNA-Sequenzierungsdienste in voller Länge von BMKGene ermöglicht werden, anhand einer kuratierten Sammlung von Veröffentlichungen.
Gong, B. et al. (2023) „Epigenetische und transkriptionelle Aktivierung der sekretorischen Kinase FAM20C als Onkogen bei Gliomen“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), S. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) „Die vollständige Transkriptomsequenzierung von Lymphozyten, die auf IFN-γ reagieren, zeigt eine Th1-verzerrte Immunantwort bei Flunder (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, S. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „Vergleichende Analyse der PacBio- und ONT-RNA-Sequenzierungsmethoden zur Identifizierung des Nemopilema Nomurai-Gifts“, Genomics, 115(6), S. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „Nano-seq-Analyse zeigt unterschiedliche funktionelle Tendenzen zwischen Exosomen und Mikrovesikeln, die von hUMSC abgeleitet sind“, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), S. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
