BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkte

Lange nichtkodierende Sequenzierung – Illumina

Lange nichtkodierende RNAs (lncRNAs) sind eine Art RNA-Moleküle mit einer Länge von mehr als 200 nt, die sich durch ein extrem geringes Kodierungspotential auszeichnen.LncRNA kommt als Schlüsselelement nicht-kodierender RNAs hauptsächlich im Zellkern und Plasma vor.Die Entwicklung in der Sequenzierungstechnologie und Bioinformatik ermöglicht die Identifizierung zahlreicher neuartiger lncRNAs und deren Verknüpfung mit biologischen Funktionen.Die zunehmenden Belege deuten darauf hin, dass lncRNA in hohem Maße an der epigenetischen Regulation, der Transkriptionsregulation und der Posttranskriptionsregulation beteiligt ist.


Servicedetails

Bioinformatik

Demo-Ergebnisse

Fallstudie

Servicevorteile

● Servicevorteile

● Zell- und gewebespezifisch

● Spezifische Phase bringt dynamische Ausdrucksveränderungen zum Ausdruck und präsentiert sie

● Präzise Muster des zeitlichen und räumlichen Ausdrucks

● Gemeinsame Analyse mit mRNA-Daten.

● BMKCloud-basierte Ergebnisbereitstellung: Maßgeschneidertes Data-Mining auf der Plattform verfügbar.

● Kundendienstleistungen gültig für 3 Monate nach Projektabschluss

Musteranforderungen und Lieferung

Bibliothek

Plattform

Empfohlene Daten

Daten-QC

rRNA-Depletion

Illumina PE150

10 GB

Q30≥85 %

Konz. (ng/μl)

Menge (μg)

Reinheit

Integrität

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrenzte oder keine Protein- oder DNA-Kontamination auf dem Gel sichtbar.

Für Pflanzen: RIN≥6,5;

Für Tiere: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrenzte oder keine Grundlinienhöhe

Nukleotide:

Gewebe: Gewicht (trocken): ≥1 g

*Für Gewebe mit weniger als 5 mg empfehlen wir, schockgefrorene (in flüssigem Stickstoff) Gewebeproben einzusenden.

Zellsuspension: Zellzahl = 3×107
*Wir empfehlen den Versand von gefrorenem Zelllysat.Für den Fall, dass die Zellenzahl kleiner als 5×10 ist5Es wird empfohlen, in flüssigem Stickstoff schockgefrostet zu werden.

Blutproben:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol und 2 ml Blut (TRIzol:Blut=3:1)

Empfohlene Musterlieferung
Behälter: 2 ml Zentrifugenröhrchen (Alufolie wird nicht empfohlen)
Probenbeschriftung: Gruppe+Replikation, z. B. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Sendung:
1. Trockeneis: Proben müssen in Beutel verpackt und in Trockeneis vergraben werden.
2.RNAstable-Röhrchen: RNA-Proben können in RNA-Stabilisierungsröhrchen (z. B. RNAstable®) getrocknet und bei Raumtemperatur versendet werden.

Service-Workflow

Proben-QC

Experimentdesign

Musterlieferung

Musterlieferung

Pilotversuch

RNA-Extraktion

Bibliotheksvorbereitung

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenanalyse

Kundendienst

Kundendienst


  • Vorherige:
  • Nächste:

  • Bioinformatik

    wps_doc_12

     

    1.LncRNA-Klassifizierung

    Die von den vier oben genannten Softwareprogrammen vorhergesagte LncRNA wurde in vier Kategorien eingeteilt: lincRNA, Antisense-LncRNA, intronic-LncRNA;Sense-LncRNA.Die LncRNA-Klassifizierung ist im folgenden Histogramm dargestellt.

    LncRNA-Klassifizierung

    LncRNA-Klassifizierung

    2.Cis-Zielgene der DE-lncRNA-Anreicherungsanalyse

    ClusterProfiler wurde in der GO-Anreicherungsanalyse von cis-zielgerichteten Genen differentiell exprimierter lncRNA (DE-lncRNA) im Hinblick auf biologische Prozesse, molekulare Funktionen und zelluläre Komponenten eingesetzt.Die GO-Anreicherungsanalyse ist ein Prozess zur Identifizierung von DEG-gesteuerten, signifikant angereicherten GO-Termen im Vergleich zum gesamten Genom.Die angereicherten Begriffe wurden im Histogramm, Blasendiagramm usw. dargestellt, wie unten gezeigt.

    Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chartCis-Zielgene der DE-lncRNA-Anreicherungsanalyse – Blasendiagramm

     

    3. Durch den Vergleich von Länge, Exon-Anzahl, ORF und Expressionsmenge von mRNA und lncRNA können wir die Unterschiede in Struktur, Sequenz usw. zwischen ihnen verstehen und auch überprüfen, ob die von uns vorhergesagte neue lncRNA den allgemeinen Merkmalen entspricht.

    wps_doc_13

    BMK-Fall

    Dereguliertes lncRNA-Expressionsprofil in Lungenadenokarzinomen der Maus mit KRAS-G12D-Mutation und P53-Knockout

    Veröffentlicht:Zeitschrift für Zelluläre und Molekulare Medizin,2019

    Sequenzierungsstrategie

    Illumina

    Beispielsammlung

    Die NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen (shRNA-2) und die Negativkontrollzellen (sh-Scr) wurden am Tag 6 einer spezifischen Virusinfektion erhalten.

    Wichtigste Ergebnisse

    Diese Studie untersucht die aberrant exprimierten lncRNAs im Lungenadenokarzinom der Maus mit P53-Knockout und der KrasG12D-Mutation.
    1,6424 lncRNAs wurden unterschiedlich exprimiert (≥ 2-fache Veränderung, P < 0,05).
    2. Von allen 210 lncRNAs (FC≥8) wurde die Expression von 11 lncRNAs durch P53, 33 lncRNAs durch KRAS und 13 lncRNAs durch Hypoxie in den primären KP-Zellen reguliert.
    3.NONMMUT015812, das im Lungenadenokarzinom der Maus deutlich hochreguliert und durch die P53-Reexpression negativ reguliert war, wurde zur Analyse seiner Zellfunktion entdeckt.
    4. Der Abbau von NONMMUT015812 durch shRNAs verringerte die Proliferations- und Migrationsfähigkeiten von KP-Zellen.NONMMUT015812 war ein potenzielles Onkogen.

    PB-Volllängen-RNA-Sequenzierungs-Fallstudie

    KEGG-Signalweganalyse der unterschiedlich exprimierten Gene in den NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen

    PB-Volllängen-RNA-Sequenzierungs-Fallstudie

    Genontologie-Analyse der unterschiedlich exprimierten Gene in den NONMMUT015812-Knockdown-KP-Zellen

    Referenz

    Dereguliertes lncRNA-Expressionsprofil in Lungenadenokarzinomen der Maus mit KRAS-G12D-Mutation und P53-Knockout[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    ein Angebot bekommen

    Schreiben Sie hier Ihre Nachricht und senden Sie sie an uns

    Senden Sie Ihre Nachricht an uns: