Metagenomische Sequenzierung (NGS)
Service-Vorteile
ØIsolations- und kultivierungsfrei für die Profilerstellung mikrobieller Gemeinschaften
ØHohe Auflösung beim Nachweis von Arten mit geringer Häufigkeit in Umweltproben
ØDie Idee von „Meta-“ integriert alle biologischen Merkmale auf Funktionsebene, Artebene und Genebene, was eine realitätsnähere dynamische Sichtweise widerspiegelt.
ØBMK sammelt mit über 10.000 verarbeiteten Proben umfangreiche Erfahrungen mit verschiedenen Probenarten.
Servicespezifikationen
| SequenzierungPlattform | Bücherei | Empfohlene Datenausbeute | Geschätzte Bearbeitungszeit |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50.000/100.000/300.000 Tags | 30 Tage |
Bioinformatische Analysen
üQualitätskontrolle der Rohdaten
üZusammenbau des Metagenoms
üNicht redundanter Gensatz und Annotation
üAnalyse der Artenvielfalt
üGenetische Funktionsdiversitätsanalyse
üIntergruppenanalyse
üAssoziationsanalyse gegen experimentelle Faktoren
Musteranforderungen und Lieferung
Beispielanforderungen:
FürDNA-Extrakte:
| Beispielstyp | Menge | Konzentration | Reinheit |
| DNA-Extrakte | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Für Umweltproben:
| Beispielstyp | Empfohlenes Probenahmeverfahren |
| Boden | Probenmenge: ca.5g;Verwelkte Reste müssen von der Oberfläche entfernt werden;Große Stücke mahlen und durch einen 2-mm-Filter passieren;Aliquotieren Sie die Proben zur Reservierung in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen. |
| Kot | Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie Proben in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung. |
| Darminhalt | Proben müssen unter aseptischen Bedingungen verarbeitet werden.Gesammeltes Gewebe mit PBS waschen;Zentrifugieren Sie das PBS und sammeln Sie das Präzipitat in EP-Röhrchen. |
| Schlamm | Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie die Schlammprobe in einem sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung |
| Gewässer | Für Proben mit begrenzter Menge an Mikroben, wie Leitungswasser, Brunnenwasser usw., sammeln Sie mindestens 1 l Wasser und passieren Sie es durch einen 0,22-μm-Filter, um die Mikroben auf der Membran anzureichern.Bewahren Sie die Membran in einem sterilen Röhrchen auf. |
| Haut | Schaben Sie die Hautoberfläche vorsichtig mit einem sterilen Wattestäbchen oder einer chirurgischen Klinge ab und legen Sie sie in ein steriles Röhrchen. |
Empfohlene Musterlieferung
Frieren Sie die Proben für 3-4 Stunden in flüssigem Stickstoff ein und lagern Sie sie in flüssigem Stickstoff oder -80 Grad bis zur Langzeitreservierung.Probenversand mit Trockeneis ist erforderlich.
Service-Arbeitsablauf
Musterlieferung
Bibliotheksbau
Sequenzierung
Datenanalyse
Kundendienst
1.Histogramm: Artenverteilung
2. Funktionelle Gene, die mit KEGG-Stoffwechselwegen annotiert sind
3.Heatmap: Differentialfunktionen basierend auf der relativen Genhäufigkeit
4.Circos von CARD-Antibiotikaresistenzgenen
BMK-Fall
Prävalenz von Antibiotikaresistenzgenen und bakteriellen Pathogenen entlang des Boden-Mangroven-Wurzelkontinuums
Veröffentlicht:Zeitschrift für Gefahrstoffe, 2021
Sequenzierungsstrategie:
Materialien: DNA-Extrakte von vier Fragmenten von Mangrovenwurzel-assoziierten Proben: unbepflanzter Boden, Rhizosphären-, Episphären- und Endosphärenkompartimente
Plattform: Illumina HiSeq 2500
Ziele: Metagenom
16S-rRNA-Gen-V3-V4-Region
Wichtige Ergebnisse
Metagenomische Sequenzierung und Metabarcoding-Profilierung auf dem Boden-Wurzel-Kontinuum von Mangrovensetzlingen wurden durchgeführt, um die Verbreitung von Antibiotikaresistenzgenen (ARGs) aus dem Boden in Pflanzen zu untersuchen.Metagenomische Daten zeigten, dass 91,4 % der Antibiotikaresistenzgene gemeinsam in allen vier oben erwähnten Bodenkompartimenten identifiziert wurden, was eine kontinuierliche Mode zeigte.Die 16S-rRNA-Amplikonsequenzierung erzeugte 29.285 Sequenzen, die 346 Arten repräsentieren.In Kombination mit der Artenprofilierung durch Amplikonsequenzierung wurde festgestellt, dass diese Verbreitung unabhängig von wurzelassoziierten Mikrobiota ist, jedoch durch mobile genetische Elemente erleichtert werden könnte.Diese Studie identifizierte den Fluss von ARGs und Krankheitserregern aus dem Boden in die Pflanzen durch ein miteinander verbundenes Boden-Wurzel-Kontinuum.
Referenz
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prävalenz von Antibiotikaresistenzgenen und bakteriellen Pathogenen entlang des Boden-Mangroven-Wurzel-Kontinuums.Zeitschrift für Gefahrstoffe, 408, 124985.
