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Metagenomische Sequenzierung (NGS)

Metagenom bezieht sich auf eine Sammlung des gesamten genetischen Materials einer gemischten Gemeinschaft von Organismen, wie z. B. Umweltmetagenom, menschliches Metagenom usw. Es enthält Genome sowohl von kultivierbaren als auch von nicht kultivierbaren Mikroorganismen.Die metagenomische Sequenzierung ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse der aus Umweltproben extrahierten gemischten genomischen Materialien, das detaillierte Informationen über die Artenvielfalt und -häufigkeit, die Populationsstruktur, die phylogenetische Verwandtschaft, funktionelle Gene und das Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren liefert.

Plattform:Illumina NovaSeq6000


Servicedetails

Demo-Ergebnisse

Fallstudie

Service-Vorteile

ØIsolations- und kultivierungsfrei für die Profilerstellung mikrobieller Gemeinschaften

ØHohe Auflösung beim Nachweis von Arten mit geringer Häufigkeit in Umweltproben

ØDie Idee von „Meta-“ integriert alle biologischen Merkmale auf Funktionsebene, Artebene und Genebene, was eine realitätsnähere dynamische Sichtweise widerspiegelt.

ØBMK sammelt mit über 10.000 verarbeiteten Proben umfangreiche Erfahrungen mit verschiedenen Probenarten.

Servicespezifikationen

SequenzierungPlattform

Bücherei

Empfohlene Datenausbeute

Geschätzte Bearbeitungszeit

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50.000/100.000/300.000 Tags

30 Tage

Bioinformatische Analysen

üQualitätskontrolle der Rohdaten

üZusammenbau des Metagenoms

üNicht redundanter Gensatz und Annotation

üAnalyse der Artenvielfalt

üGenetische Funktionsdiversitätsanalyse

üIntergruppenanalyse

üAssoziationsanalyse gegen experimentelle Faktoren

2

Musteranforderungen und Lieferung

Beispielanforderungen:

FürDNA-Extrakte:

Beispielstyp

Menge

Konzentration

Reinheit

DNA-Extrakte

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Für Umweltproben:

Beispielstyp

Empfohlenes Probenahmeverfahren

Boden

Probenmenge: ca.5g;Verwelkte Reste müssen von der Oberfläche entfernt werden;Große Stücke mahlen und durch einen 2-mm-Filter passieren;Aliquotieren Sie die Proben zur Reservierung in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen.

Kot

Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie Proben in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung.

Darminhalt

Proben müssen unter aseptischen Bedingungen verarbeitet werden.Gesammeltes Gewebe mit PBS waschen;Zentrifugieren Sie das PBS und sammeln Sie das Präzipitat in EP-Röhrchen.

Schlamm

Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie die Schlammprobe in einem sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung

Gewässer

Für Proben mit begrenzter Menge an Mikroben, wie Leitungswasser, Brunnenwasser usw., sammeln Sie mindestens 1 l Wasser und passieren Sie es durch einen 0,22-μm-Filter, um die Mikroben auf der Membran anzureichern.Bewahren Sie die Membran in einem sterilen Röhrchen auf.

Haut

Schaben Sie die Hautoberfläche vorsichtig mit einem sterilen Wattestäbchen oder einer chirurgischen Klinge ab und legen Sie sie in ein steriles Röhrchen.

Empfohlene Musterlieferung

Frieren Sie die Proben für 3-4 Stunden in flüssigem Stickstoff ein und lagern Sie sie in flüssigem Stickstoff oder -80 Grad bis zur Langzeitreservierung.Probenversand mit Trockeneis ist erforderlich.

Service-Arbeitsablauf

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Musterlieferung

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Bibliotheksbau

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Sequenzierung

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Datenanalyse

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Kundendienst


  • Bisherige:
  • Nächste:

  • 1.Histogramm: Artenverteilung

    3

    2. Funktionelle Gene, die mit KEGG-Stoffwechselwegen annotiert sind

    4

    3.Heatmap: Differentialfunktionen basierend auf der relativen Genhäufigkeit54.Circos von CARD-Antibiotikaresistenzgenen

    6

    BMK-Fall

    Prävalenz von Antibiotikaresistenzgenen und bakteriellen Pathogenen entlang des Boden-Mangroven-Wurzelkontinuums

    Veröffentlicht:Zeitschrift für Gefahrstoffe, 2021

    Sequenzierungsstrategie:

    Materialien: DNA-Extrakte von vier Fragmenten von Mangrovenwurzel-assoziierten Proben: unbepflanzter Boden, Rhizosphären-, Episphären- und Endosphärenkompartimente
    Plattform: Illumina HiSeq 2500
    Ziele: Metagenom
    16S-rRNA-Gen-V3-V4-Region

    Wichtige Ergebnisse

    Metagenomische Sequenzierung und Metabarcoding-Profilierung auf dem Boden-Wurzel-Kontinuum von Mangrovensetzlingen wurden durchgeführt, um die Verbreitung von Antibiotikaresistenzgenen (ARGs) aus dem Boden in Pflanzen zu untersuchen.Metagenomische Daten zeigten, dass 91,4 % der Antibiotikaresistenzgene gemeinsam in allen vier oben erwähnten Bodenkompartimenten identifiziert wurden, was eine kontinuierliche Mode zeigte.Die 16S-rRNA-Amplikonsequenzierung erzeugte 29.285 Sequenzen, die 346 Arten repräsentieren.In Kombination mit der Artenprofilierung durch Amplikonsequenzierung wurde festgestellt, dass diese Verbreitung unabhängig von wurzelassoziierten Mikrobiota ist, jedoch durch mobile genetische Elemente erleichtert werden könnte.Diese Studie identifizierte den Fluss von ARGs und Krankheitserregern aus dem Boden in die Pflanzen durch ein miteinander verbundenes Boden-Wurzel-Kontinuum.

    Referenz

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L. .(2020).Prävalenz von Antibiotikaresistenzgenen und bakteriellen Pathogenen entlang des Boden-Mangroven-Wurzel-Kontinuums.Zeitschrift für Gefahrstoffe, 408, 124985.

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