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Metagenomische Sequenzierung (NGS)
Metagenom bezieht sich auf eine Sammlung des gesamten genetischen Materials einer gemischten Gemeinschaft von Organismen, wie z. B. Umweltmetagenom, menschliches Metagenom usw. Es enthält Genome sowohl von kultivierbaren als auch von nicht kultivierbaren Mikroorganismen.Die metagenomische Sequenzierung ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse der aus Umweltproben extrahierten gemischten genomischen Materialien, das detaillierte Informationen über die Artenvielfalt und -häufigkeit, die Populationsstruktur, die phylogenetische Verwandtschaft, funktionelle Gene und das Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren liefert.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
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Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse von gemischten genomischen Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zu Artenvielfalt und -häufigkeit, Populationsstruktur, phylogenetischer Beziehung, funktionellen Genen und Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren usw. liefern. Nanopore-Sequenzierungsplattformen wurden kürzlich eingeführt zu metagenomischen Studien.Seine herausragende Leistung in Bezug auf die Leselänge verbesserte die nachgelagerte metagenomische Analyse, insbesondere die Metagenom-Assemblierung, erheblich.Unter Ausnutzung der Leselänge ist die auf Nanoporen basierende metagenomische Studie in der Lage, im Vergleich zur Schrotflinten-Metagenomik eine kontinuierlichere Assemblierung zu erreichen.Es wurde veröffentlicht, dass Nanopore-basierte Metagenomik erfolgreich vollständige und geschlossene Bakteriengenome aus Mikrobiomen erzeugte (Moss, EL, et. al.,Natur Biotech, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
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16S/18S/ITS-Amplikon-Sequenzierung-PacBio
Die Untereinheit auf 16S- und 18S-rRNA, die sowohl hochkonservierte als auch hypervariable Regionen enthält, ist ein perfekter molekularer Fingerabdruck für die Identifizierung prokaryotischer und eukaryotischer Organismen.Unter Ausnutzung der Sequenzierung können diese Amplikons basierend auf den konservierten Teilen zielgerichtet werden und die hypervariablen Regionen können vollständig für die mikrobielle Identifizierung charakterisiert werden, was zu Studien beiträgt, die die Analyse der mikrobiellen Diversität, Taxonomie, Phylogenie usw. abdecken. Einzelmolekül-Echtzeit (SMRT )-Sequenzierung der PacBio-Plattform ermöglicht den Erhalt hochgenauer langer Reads, die Amplifikate in voller Länge (ca. 1,5 Kb) abdecken könnten.Die erweiterte Sicht auf das genetische Feld verbesserte die Auflösung der Artannotation in Bakterien- oder Pilzgemeinschaften erheblich.
Plattform:PacBio-Fortsetzung II
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16S/18S/ITS-Amplikon-Sequenzierung-NGS
Die 16S/18S/ITS-Amplikonsequenzierung zielt darauf ab, die Phylogenie, Taxonomie und Artenhäufigkeit in einer mikrobiellen Gemeinschaft aufzudecken, indem PCR-Produkte von genetischen Haushaltsmarkern untersucht werden, die sowohl stark umgewandelte als auch hypervariable Teile enthalten.Die Einführung dieses perfekten molekularen Fingerabdrucks durch Woeses et al. (1977) ermöglicht die isolierungsfreie Mikrobiom-Profilierung.Die Sequenzierung von 16S (Bakterien), 18S (Pilze) und Internal Transcribed Spacer (ITS, Pilze) ermöglicht die Identifizierung sowohl von häufig vorkommenden Arten als auch von seltenen und nicht identifizierten Arten.Diese Technologie hat sich zu einem weit verbreiteten und wichtigen Werkzeug zur Identifizierung der unterschiedlichen mikrobiellen Zusammensetzung in verschiedenen Umgebungen entwickelt, wie z. B. im menschlichen Mund, Darm, Kot usw.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
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Bakterien- und Pilz-Gesamtgenom-Resequenzierung
Die Resequenzierung des gesamten Genoms von Bakterien und Pilzen ist ein entscheidendes Werkzeug, um die Genome bekannter Bakterien und Pilze zu vervollständigen sowie mehrere Genome zu vergleichen oder Genome neuer Organismen zu kartieren.Es ist von großer Bedeutung, ganze Genome von Bakterien und Pilzen zu sequenzieren, um genaue Referenzgenome zu generieren, eine mikrobielle Identifizierung und andere vergleichende Genomstudien durchzuführen.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
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Pilzgenom
Biomarker-Technologien bieten je nach spezifischem Forschungsziel eine Genomuntersuchung, ein feines Genom und ein vollständiges Pene-Genom von Pilzen.Genomsequenzierung, -assemblierung und funktionelle Annotation können durch die Kombination von Next-Generation-Sequencing + Third-Generation-Sequencing erreicht werden, um eine Genomassemblierung auf hohem Niveau zu erreichen.Die Hi-C-Technologie kann auch eingesetzt werden, um den Genomaufbau auf Chromosomenebene zu erleichtern.
Plattform:PacBio-Fortsetzung II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
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Bakterien komplettes Genom
Biomarker Technologies bietet einen Sequenzierungsservice für die Konstruktion eines vollständigen Bakteriengenoms ohne Lücken.Der Hauptarbeitsablauf der vollständigen Genomkonstruktion von Bakterien umfasst die Sequenzierung der dritten Generation, die Assemblierung, funktionelle Annotation und fortschrittliche bioinformatische Analysen, die spezifische Forschungsziele erfüllen.Eine umfassendere Profilerstellung des Bakteriengenoms ermöglicht die Aufdeckung grundlegender Mechanismen, die ihren biologischen Prozessen zugrunde liegen, was auch wertvolle Hinweise für die Genomforschung an höheren eukaryotischen Arten liefern könnte
Plattform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio-Fortsetzung II
