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Produkte

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics ist ein molekulares Werkzeug zur Analyse von gemischten genomischen Materialien, die aus Umweltproben extrahiert wurden und detaillierte Informationen zu Artenvielfalt und -häufigkeit, Populationsstruktur, phylogenetischer Beziehung, funktionellen Genen und Korrelationsnetzwerk mit Umweltfaktoren usw. liefern. Nanopore-Sequenzierungsplattformen wurden kürzlich eingeführt zu metagenomischen Studien.Seine herausragende Leistung in Bezug auf die Leselänge verbesserte die nachgelagerte metagenomische Analyse, insbesondere die Metagenom-Assemblierung, erheblich.Unter Ausnutzung der Leselänge ist die auf Nanoporen basierende metagenomische Studie in der Lage, im Vergleich zur Schrotflinten-Metagenomik eine kontinuierlichere Assemblierung zu erreichen.Es wurde veröffentlicht, dass Nanopore-basierte Metagenomik erfolgreich vollständige und geschlossene Bakteriengenome aus Mikrobiomen erzeugte (Moss, EL, et. al.,Natur Biotech, 2020)

Plattform:Nanopore PromethION P48


Servicedetails

Demo-Ergebnisse

BMK-Fall

Service-Vorteile

ØHochwertige Montage - Verbesserung der Genauigkeit der Artenidentifikation und der funktionellen Genvorhersage

ØGeschlossene Isolierung des Bakteriengenoms

ØStärkere und zuverlässigere Anwendung in verschiedenen Bereichen, zB Nachweis von pathogenen Mikroorganismen oder Genen, die mit Antibiotikaresistenzen in Zusammenhang stehen

ØVergleichende Metagenomanalyse

Servicespezifikationen

SequenzierungPlattform

Bücherei

Empfohlene Datenausbeute

Geschätzte Bearbeitungszeit

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50.000/100.000/300.000 Tags

30 Tage

Bioinformatische Analysen

üQualitätskontrolle der Rohdaten

üZusammenbau des Metagenoms

üNicht redundanter Gensatz und Annotation

üAnalyse der Artenvielfalt

üGenetische Funktionsdiversitätsanalyse

üIntergruppenanalyse

üAssoziationsanalyse gegen experimentelle Faktoren

2

Musteranforderungen und Lieferung

Musteranforderungen und Lieferung

Beispielanforderungen:   

FürDNA-Extrakte:

Beispielstyp

Menge

Konzentration

Reinheit

DNA-Extrakte

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Für Umweltproben:

Beispielstyp

Empfohlenes Probenahmeverfahren

Boden

Probenmenge: ca.5g;Verwelkte Reste müssen von der Oberfläche entfernt werden;Große Stücke mahlen und durch einen 2-mm-Filter passieren;Aliquotieren Sie die Proben zur Reservierung in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen.

Kot

Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie Proben in sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung.

Darminhalt

Proben müssen unter aseptischen Bedingungen verarbeitet werden.Gesammeltes Gewebe mit PBS waschen;Zentrifugieren Sie das PBS und sammeln Sie das Präzipitat in EP-Röhrchen.

Schlamm

Probenmenge: ca.5g;Sammeln und aliquotieren Sie die Schlammprobe in einem sterilen EP-Röhrchen oder Kryoröhrchen zur Reservierung

Gewässer

Für Proben mit begrenzter Menge an Mikroben, wie Leitungswasser, Brunnenwasser usw., sammeln Sie mindestens 1 l Wasser und passieren Sie es durch einen 0,22-μm-Filter, um die Mikroben auf der Membran anzureichern.Bewahren Sie die Membran in einem sterilen Röhrchen auf.

Haut

Schaben Sie die Hautoberfläche vorsichtig mit einem sterilen Wattestäbchen oder einer chirurgischen Klinge ab und legen Sie sie in ein steriles Röhrchen.

Empfohlene Musterlieferung

Frieren Sie die Proben für 3-4 Stunden in flüssigem Stickstoff ein und lagern Sie sie in flüssigem Stickstoff oder -80 Grad bis zur Langzeitreservierung.Probenversand mit Trockeneis ist erforderlich.

Service-Arbeitsablauf

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Musterlieferung

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Bibliotheksbau

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Sequenzierung

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Datenanalyse

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Kundendienst


  • Bisherige:
  • Nächste:

  • 1.Heatmap: Gruppierung des Artenreichtums32. Funktionelle Gene, die mit KEGG-Stoffwechselwegen annotiert sind43.Species Korrelationsnetzwerk54.Circos von CARD-Antibiotikaresistenzgenen
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    BMK-Fall

    Nanopore-Metagenomik ermöglicht eine schnelle klinische Diagnose von bakteriellen Infektionen der unteren Atemwege

    Veröffentlicht:Naturbiotechnologie, 2019

    Technische Highlights
    Sequenzierung: Nanopore MinION
    Klinische Metagenomik Bioinformatik: Wirts-DNA-Depletion, WIMP- und ARMA-Analyse
    Schnellerkennung: 6 Stunden
    Hohe Empfindlichkeit: 96,6 %

    Wichtige Ergebnisse

    Im Jahr 2006 verursachte eine Infektion der unteren Atemwege (LR) weltweit 3 ​​Millionen Todesfälle.Die typische Methode zum Nachweis von LR1-Erregern ist die Kultivierung, die eine geringe Empfindlichkeit, eine lange Bearbeitungszeit und einen Mangel an Leitlinien für eine frühe Antibiotikatherapie aufweist.Eine schnelle und genaue mikrobielle Diagnose ist seit langem ein dringender Bedarf.Dr. Justin von der University of East Anglia und seine Partner haben erfolgreich eine auf Nanoporen basierende metagenomische Methode zum Nachweis von Krankheitserregern entwickelt.Gemäß ihrem Arbeitsablauf können 99,99 % der Wirts-DNA abgereichert werden.Der Nachweis von Krankheitserregern und antibiotikaresistenten Genen kann in 6 Stunden abgeschlossen werden.

    Referenz
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. & O'Grady, J. .(2019).Nanopore-Metagenomik ermöglicht eine schnelle klinische Diagnose von bakteriellen Infektionen der unteren Atemwege.Naturbiotechnologie, 37(7), 1.

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