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Sequenzierung des gesamten pflanzlichen/tierischen Genoms

Die Neusequenzierung des gesamten Genoms, auch WGS genannt, ermöglicht die Aufdeckung sowohl häufiger als auch seltener Mutationen im gesamten Genom, einschließlich Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) und Copy Number Variation (CNV). ).SVs machen einen größeren Teil der Variationsbasis aus als SNPs und haben einen größeren Einfluss auf das Genom, was erhebliche Auswirkungen auf lebende Organismen hat.Die Long-Read-Resequenzierung ermöglicht eine präzisere Identifizierung großer Fragmente und komplizierter Variationen, da Long-Reads die chromosomale Kreuzung über komplizierte Regionen wie Tandem-Wiederholungen, GC/AT-reiche Regionen und hypervariable Regionen erheblich erleichtern.

Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore

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Servicedetails

Demo-Ergebnis

Empfohlene Veröffentlichung

1.Servicevorteile

Umfangreiche Erfahrung in der Genomsequenzierung für über 1000 Arten.

Über 800 veröffentlichte Fälle mit einem kumulativen Impact-Faktor von über 4000.

Umfassende bioinformatische Analyse zu Variation Calling und Funktionsanalyse.

2. Leistungsbeschreibung

Plattform		Bibliothek	Empfohlene seq-Tiefe
Illumina		PE 150	Für SNP ruft InDel ≥ 10x auf Für SV ruft CNY ≥ 30x auf
Nanopore		8 KB	Für SV ruft CNY ≥ 20x auf
Pacbio	CCS	15 KB	Für SNP, InDel, SV, CNY Calling ≥ 10x

3. Probenanforderungen

Plattform		Konz.(ng/μL)	Menge (ng)	Reinheit		Agarosegel
				OD260/280	OD260/230	1. Löschen Sie das Hauptband ohne oder mit begrenztem ZugriffAbbau am Gel beobachtet. 2. Keine oder begrenzte RNA- oder Proteinkontamination
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Hängt von der Datenausbeute ab 10 μg/Zelle	1,7-2,2	≥1,5
Pacbio	CCS	≥50		1,7-2,2	1,8-2,5

4. Bioinformationsanalyse

5. Service-Workflow

Musterlieferung

DNA-Extraktion

Bibliotheksbau

Sequenzierung

Datenanalyse

Datenlieferung

Vorherige: BMKMANU S1000 räumliches Transkriptom

Nächste: Einzelkern-RNA-Sequenzierung

1) Statistik der Genomkartierung

Tabelle 1 Statistik des Kartierungsergebnisses

Abbildung 1 Verteilung der Einfügungsgröße und Leseabdeckung.

2) Variablenerkennung

Abbildung 2 Statistik und Annotation von SNP/INDEL/SV unter den Proben

Abbildung 3 Genomweite Verteilung der Variationen

3) Funktionale Annotation von Variationen

2019	Naturkommunikation	Die Neusequenzierung des gesamten Genoms enthüllt den Ursprung von Brassica napus und die an seiner Verbesserung beteiligten Genorte
2020	PNAS	Der evolutionäre Ursprung und die Domestikationsgeschichte des Goldfisches (Carassius auratus)
2021	Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie	Referenzgenome der beiden kultivierten Jutearten
2021	Zeitschrift für Pflanzenbiotechnologie	Genomische Signaturen von allopolyploiden Pflanzen- und Ölsamen-Brassicajuncea und genetische Loci, die die Anreicherung von Glucosinolaten steuern
2019	Molekulare Pflanze	Die vollständige Genom-Resequenzierung einer weltweiten Sammlung von Raps-Akzessionen enthüllt die genetische Grundlage ihrer Ökotyp-Divergenz
2022	Gartenbauforschung	Die genomweite Assoziationsanalyse liefert molekulare Einblicke in die natürliche Variation der Wassermelonenkerngröße
2021	Zeitschrift für experimentelle Botanik	Genomweite Assoziationsstudie identifiziert Varianten von GhSAD1, die Baumwolle Kältetoleranz verleihen
2021	Zeitschrift für experimentelle Botanik	Genomweite Assoziationsstudie und Transkriptomvergleich enthüllen neue QTL- und Kandidatengene, die die Blütenblattgröße bei Raps steuern